Будучи обыкновенным, хоть и коронованным, мужчиной, Франц Иосиф, конечно, находил себе «утешения» во время долгих разлук с Сиси. Примерно 10 лет продолжалась его связь с Анной Наговски — молодой женой железнодорожного чиновника, родившей двоих детей, которые были, скорее всего, детьми Франца Иосифа. Император косвенно сам признал свое отцовство, подарив Анне после рождения дочери Елены в 1883 г. очень большую сумму в 100 тысяч флоринов. Однако в 1886 г. встречи с Анной прекратились: у императора появилось новое увлечение — Катарина Шратт, остававшаяся подругой Франца Иосифа до конца его дней.
Катарина, происходившая из зажиточной мещанской семьи, родилась в 1853 г. — в год, когда молодой Франц Иосиф влюбился в Сиси. В юности она избрала театральную карьеру и к середине 70-х гг. стала одной из самых известных венских актрис. Император впервые увидел ее на сцене Бургтеатра в конце 1873 г.— в шекспировском «Укрощении строптивой». Шесть лет спустя Катарина, которая не отличалась ослепительной красотой, но была чрезвычайно обаятельна, а потому имела множество поклонников, неожиданно вышла замуж за одного из них — сидевшего по уши в долгах венгерского барона Николауса Киша фон Иттебе. Спустя год она родила сына, и вскоре брак распался, хотя формально Катарина оставалась супругой Киша еще долгие годы. В конце 1883 г. госпожа Шратт (она предпочитала называть себя девичьей фамилией) подписала выгодный контракт с венским придворным театром. Как полагалось в таких случаях, актриса испросила аудиенции у императора, чтобы поблагодарить его за высокую честь быть членом придворной труппы. Судя по всему, именно во время аудиенции симпатичная и раскрепощенная, но в то же время почтительная Катарина произвела сильное впечатление на Франца Иосифа. Он все чаще стал появляться в театре на спектаклях с ее участием.
С 1886г. их отношения перешли в новую стадию: император начал наносить актрисе частные визиты. В них не было ничего фривольного — просто разговоры за чашкой кофе, театральные и городские слухи и сплетни в живом изложении фрау Катарины, вообще жизнь с той ее стороны, которая оставалась закрытой для Франца Иосифа, погруженного в мир государственных дел, официальных мероприятий и рутинной чиновничьей работы за письменным столом. Елизавета не имела ничего против отношений своего мужа с молодой актрисой и даже «маскировала» эти отношения, так как мадам Шратт официально считалась подругой императрицы, и они действительно достаточно тепло относились друг к другу. Сиси не только не приходило в голову ревновать — наоборот, она была очень довольна тем, что во время ее продолжительных вояжей муж не чувствует себя одиноким и брошенным. Франц Иосиф же был просто счастлив: в доме Катарины Шратт в венском Хитцинге он нашел домашнее тепло, уют и спокойствие — все то, чего за 44 года брака так и не смогла дать ему его обожаемая Сиси.
Францу Иосифу и его окружению удалось придать связи императора и актрисы настолько приличный и благородный вид, что в обществе эту связь воспринимали как нечто само собой разумеющееся и не бросающее никакой тени на репутацию монарха и его семьи. Более того, детали отношений Франца Иосифа и Катарины были окутаны таким туманом, что по сей день неясно, была ли актриса всего лишь подругой и платоническим увлечением пожилого императора или же чем-то большим. Известно, что в 1888 г. они обменялись письмами, в которых вопрос об их дальнейших отношениях был затронут — и решен Францем Иосифом так: «Я люблю свою жену и не хотел бы злоупотреблять ее доверием и ее дружбой к Вам». Заметив, что он «слишком стар для чувств братской дружбы», император добавил, что хотел бы стать для Катарины «другом-отцом», но при этом не очень-mo по-отцовски признался, что «обожает» ее.
Последующие письма Франца Иосифа госпоже Шратт, особенно после размолвки, случившейся между ними в 1900 г., свидетельствуют о том, что «отцовская дружба» Франца Иосифа все-таки была поздней любовью, скрасившей довольно грустную старость императора. «Я думаю о Вас с такой тоской и так часто вспоминаю о былых, лучших временах... — писал он своей Подруге, покинувшей Вену после того, как Франц Иосиф не пошел Навстречу ее просьбам уволить директора Бургтеатра, с которым Катарина поссорилась. — По утрам первая моя мысль всегда принадлежала Вам... Надежда увидеть Вас, быть в Вашем милом обществе всегда была для меня утешением и придавала мне силы, а теперь на старости лет я вынужден оставаться в одиночестве... Не верю, чтобы Вы этого хотели, Ваше доброе сердце не позволит этого». Переписка Франца Иосифа с женщинами, которых он любил, Елизаветой и Катариной Шратт, производит странное впечатление: человек, имевший право приказывать 50 миллионам подданных, выступал по отношению к этим двум дамам в роли скромного просителя. Однако, к чести императора и его женщин, он никогда не позволял им оказывать влияние на политические решения — а они, за редчайшим исключением, к этому не стремились.
Между тем Сиси в последние годы жизни еще больше отдалилась от своего супруга. Они по-прежнему обменивались неясными письмами, иногда встречались, но в целом стали почти чужими людьми. Самоубийство кронпринца Рудольфа в 1889 г. потрясло и без того хрупкую психику Елизаветы; с тех пор ее поведение стало еще более странным, а тоска и мечты о смерти окончательно завладели душой императрицы. «Ад порой ждет человека уже на земле», — как-то заметила она. В последний раз супруги были вместе в июле 1898 г.— в том самом Ишле, где когда-то познакомились. Франц Иосиф был в штатском; привыкший к военной форме, он чувствовал себя не в своей тарелке. Они долго гуляли по аллеям парка — две фигуры в черном, грустные тени прошлого. Вскоре Сиси уехала в Швейцарию, к Женевскому озеру; Франц Иосиф вернулся в Вену. Обязанности монарха превыше всего — это Франц Иосиф твердо усвоил еще в ранней юности.
В половине пятого вечера 10 сентября 1898 г. генерал-адъютант императора граф Паар вошел в кабинет Франца Иосифа. Он принес телеграмму из Женевы, в которой значилось: «Ее Величество императрица тяжело ранена». Через несколько минут явился другой адъютант — со следующей телеграммой: «Ее Величество императрица скончалась». Франц Иосиф медленно опустился на стул и пробормотал: «Похоже, в этой жизни ничто меня не миновало...» Вскоре стали известны подробности случившегося: императрица в сопровождении придворной дамы направлялась на пароход, который должен был доставить ее в Монтрё. На набережной к ней подбежал бедно одетый, всклокоченный молодой человек, сильно ударил в грудь и тут же скрылся. Императрица упала, но быстро поднялась и, спросив фрейлину, чего же хотел «этот страшный человек», в недоумении продолжила путь. Лишь 15 минут спустя, уже на борту парохода, Елизавете стало плохо, она потеряла сознание и через некоторое время скончалась.
На груди императрицы, в области сердца, нашли небольшую, почти не кровоточившую ранку. Как оказалось, убийца, итальянский анархист Луиджи Луккени, ударил ее остро заточенным напильником. Целью Луккени не была именно австрийская императрица: на допросе итальянец, арестованный через несколько минут после покушения, признался, что хотел совершить «выдающийся поступок во имя освобождения человечества». Наиболее подходящим Луккени казалось убийство какой-нибудь высокопоставленной особы. Елизавета, оказавшаяся в Женеве в одно время с молодым анархистом, была в этом смысле наилучшей мишенью. Швейцарский суд приговорил Луккени к пожизненному заключению. В 1910 г. убийца Сиси повесился в тюремной камере.