На время пребывания императрицы и двора в Москве здесь были усилены меры безопасности. Как оказалось, не напрасно. У императрицы были враги, в том числе даже в ее собственном дворце. В июле по Москве пронесся слух, что против Елизаветы был составлен опасный заговор. Этот слух подтвердился, когда 15 июля на освящении церкви Московской духовной академии ее ректор Кирилл Флоринский прочел проповедь в защиту императрицы и ее дома и в осуждение ее врагов. Оказалось, что заговор составили люди, многим обязанные Елизавете. Ее камер-лакей Александр Турчанинов, прапорщик Преображенского полка Петр Ивашкин и сержант Измайловского полка Иван Сновидов собирались захватить и умертвить императрицу и герцога Голштинского и снова возвести на престол свергнутого Ивана Антоновича. Поводом к перевороту, как утверждали сами схваченные заговорщики, было то, что Елизавета и ее сестра Анна — незаконнорожденные дочери Петра I, а потому ни они сами, ни их дети не имеют прав на престол. За свое умышление на такое восстановление законности все трое были сурово наказаны. Их высекли кнутом и сослали в Сибирь, при этом у Турчанинова как у организатора заговора вырвали язык и ноздри, а у его сообщников — только ноздри.
Еще один подобный заговор вскрылся уже после возвращения двора в Петербург, в июле 1743 года. 21 июля по Петербургу пополз слух, что в столице происходит что-то нехорошее. Императрица отменила свою поездку в Петергоф, хотя лошади уже были запряжены в карету. Всю ночь по городу разъезжали патрули. Несколько дней население Петербурга пребывало в тягостной неизвестности. Под утро 25 июля был арестован дальний родственник Романовых подполковник Иван Степанович Лопухин, сын бывшего генерал-кригс-комиссара Степана Васильевича Лопухина, близкого к прежнему правительству. В тот же день арестовали и мать Ивана Лопухина, Наталью Федоровну, а их личную переписку опечатали. На полковника Лопухина донесли офицеры, бывавшие с ним в одной компании. Их донос вскоре на допросах и пытках подтвердил и сам Лопухин. Полковник, бывши во хмелю, неоднократно говорил, что Елизавета Петровна недостойна быть государыней. Она незаконнорожденная и ведет себя не так, как должно царице: ездит в Царское Село и там напивается английским пивом с непотребными людьми. А он, Иван Лопухин, и его мать не ездят на придворные маскарады, хоть их туда и приглашают, так как знают, что скоро будет новый переворот, и власть вернется к императору Ивану Антоновичу и его родителям. Лопухин бранил не только Елизавету, но и все ее окружение, говоря: «Нынешняя государыня больше любит простой народ, потому что сама просто живет, а большие все ее не любят».
Елизавета приказала арестовать всех, кто был близок к Ивану Лопухину, сочувственно слушал и передавал его речи, в том числе и женщин, среди которых была даже беременная жена дворцового камергера Лилиенфельда. Всех их допрашивали с пристрастием, некоторых пытали. Все признавались в неприязни к нынешнему правительству и желании восстановить старые порядки и вернуть к власти Ивана Антоновича. Многие ссылались на то, что их в этом поддерживал венгерский посланник маркиз Ботта. Но за Ботту заступилась его королева — Мария Терезия. А вот подданным Елизаветы Петровны пришлось сполна ответить за участие в политических интригах. Сначала почти все они были приговорены к смертной казни, но потом императрица их помиловала и заменила казнь ссылкой в Сибирь с содержанием там под караулом. При этом у Ивана Лопухина, его родителей и их приятельницы графини Анны Бестужевой «урезали языки».
Существующие в реальности или мнимые заговоры заставляли Елизавету принимать меры для обеспечения собственной безопасности. Как и ее предшественники, принц и принцесса Брауншвейгские, императрица никогда не ночевала в одной и той же комнате. Ее кровать вечно передвигали по дворцовым помещениям. Выезжала и приезжала в свои дворцы она также всегда в разные часы и пользовалась разными подъездами. В спальне императрицы постоянно дежурил верный лакей Чулков, обладавший чутким сном и просыпавшийся от каждого звука и даже малейшего шороха. Эта природная способность, а также умение не видеть и не слышать того, что не полагалось, принесли ему высокие придворные чины камергера и генерала и несметные богатства. Чулков оставался в спальне Елизаветы даже тогда, когда она проводила там время со своим морганатическим мужем Разумовским или с кем-то из очередных любовников.
В чем опальный Иван Лопухин был прав, так это в том, что Елизавета Петровна была женщина простая. Это качество и привлекало к ней людей разных сословий. Императрица любила много и вкусно поесть. Из блюд предпочитала национальные кушанья: жирные щи, кашу, буженину, блины с разными добавками. При этом спиртное она употребляла умеренно, в основном легкое венгерское вино и пиво. При необходимости императрица и сама не гнушалась приготовлением пищи, шла на кухню и стряпала свои любимые угощения на всю гостившую у нее компанию. Тяжелым временем для Елизаветы были многочисленные православные посты. Она терпеть не могла рыбу — обычное постное блюдо, и в пост питалась квасом и вареньем, что нарушало ее пищеварение. Придворные доктора ужасались, какой ущерб здоровью царицы приносит такое воздержание от скоромной пищи.
Как и Петр I, Елизавета любила быструю езду. Императрица доезжала до Москвы за одни сутки, загоняя лошадей и не боясь жуткой тряски экипажа, сопровождавшей их бешеную скачку. Словно ветер, носилась она верхом на горячих скакунах на охоте. От придворных требовала скорых действий и не терпела медлительности, за неповоротливость и нерасторопность била горничных. В гневе ругалась как извозчик и была знатоком площадной брани. Как простая русская барыня, императрица любила, чтобы в минуты отдыха особо приближенные фрейлины чесали ей пятки. Среди любимых Елизаветой «чесальщиц» были графиня Шувалова, сестра одного из ее фаворитов, и жена канцлера, графиня Воронцова. Эти дамы благодаря близости к государыне могли способствовать карьерам своих родственников и знакомых.
Императрица не упускала случая напомнить, что старается продолжить дело своего отца Петра Великого, но надежды некоторых горячих голов на развитие бурной реформаторской деятельности в ее царствование не оправдались. Зато Елизавете удавалось найти своеобразный баланс между ориентаций на Запад и старинными русскими традициями. При ней в Петербурге в большом количестве стали появляться европейские ученые, высококвалифицированные инженеры, музыканты, художники и военные профессионалы, внесшие большой вклад в европеизацию русской культуры. Вместе с тем Елизавета была необыкновенно набожной. Она постоянно заботилась о повышении престижа православной церкви и щедро жертвовала на храмы и монастыри. Епископы и архимандриты крупнейших монастырей в елизаветинское время, не стесняясь, стали носить рясы из дорогих тканей, шелковые чулки, кресты и панагии из ценных металлов с бриллиантами и морским жемчугом. Елизавета любила Москву и окружающие ее святые места. Она часто бывала в старой столице, а оттуда ездила в Александровскую слободу, в Успенский монастырь, в который в былые времена нередко постригались представительницы семьи Романовых, и там тщательно выполняла все уставные обряды. Как рядовая богомолка, в июле 1749 года императрица совершила пешее паломничество в Троице-Сергиев монастырь, преодолевая в день по пять верст. Этой обители она особенно благоволила, и при ней монастырская ризница пополнилась новыми роскошными богослужебными вещами.