Именно туда проникали банды савинковцев. Они уничтожали пограничные заставы, убивали партийных, профсоюзных и хозяйственных руководителей, захватывали поезда. Так, в городе Демянске Новгородской губернии, занятом бандой полковника Павловского, были убиты 192 человека.
Будучи сотрудником Гомельской губернской ЧК, Наум Эйтингон принимал участие в операции «Крот», в результате которой были арестованы около ста членов «Западного областного комитета» Савинковского «Народного союза защиты Родины и свободы». Заговор возглавлял губернский военный комиссар. О важности проведенной чекистами операции свидетельствует тот факт, что для ее реализации из Москвы в Гомель были направлены ответственные сотрудники Особого отдела ВЧК Сергей Пузицкий и Игнатий Сосновский.
В мае 1921 года Наум Эйтингон принимал активное участие в выявлении и аресте в Минске уполномоченного «Народного союза защиты Родины и свободы» Эдуарда Опперпута-Стауница. В том же 1921 году молодому чекисту не рез приходилось выезжать с оперативными группами на ликвидацию вооруженных банд террориста Савинкова. В ходе одной из таких операций в октябре 1921 года в местечке Давыдовка Гомельской губернии Наум Эйтингон был тяжело ранен в левую ногу.
Из госпиталя Наум Эйтингон вышел только в марте 1922 года. Он сразу был назначен членом коллегии Башкирского отдела ГПУ и вскоре выехал в Стерлитамак, являвшийся в то время столицей автономной республики.
В конце 1921 года в Башкирии возникла критическая ситуация. В республике сложились ненормальные отношения между местной ЧК и национальным башкирским руководством. Несмотря на то, что в Башкирии уже была установлена советская власть, некоторые местные советские работники, не разобравшись в обстановке, а иногда и отдавая дань пережиткам прошлого, проявляли открытое недоверие к башкирским руководителям. Ответной реакцией стали вспышки буржуазного национализма среди башкир. Обострилась национальная рознь между башкирами и татарами. Тяжело сказались на настроениях людей неурожай и голод.
Не все гладко шло в Башкирии и с созданием местного государственного аппарата, регулярно возникали разногласия на почве межнациональных отношений.
В целях исправления создавшегося положения ЦК РКП (б) принял решение сменить руководство ЧК автономной республики.
Положение в республике усугублялось еще и тем, что башкирское население оставалось крайне недовольно проведенной до революции столыпинской аграрной реформой, в результате которой переселенцы из Центральной России получили лучшие земельные наделы. Этим обстоятельством воспользовались башкирские националисты, которые выдвинули лозунг: «Всю землю Башкирии — только башкирам». Таким требованием, в свою очередь, были недовольны татары, являвшиеся более развитыми в экономическом отношении.
Лидером башкирских националистов стал 27-летний сын сельского муллы, получивший хорошее образование, Ахмет-Заки Валидов. В марте 1919 года была создана Башкирская Автономная Республика в составе РСФСР, столицей которой до июня 1922 года был город Стерлитамак. Валидов возглавил Башкирский ревком и вскоре вступил в РКП (6). Именно при нем начались гонения на лиц татарской и русской национальностей. Ситуация осложнилась еще и тем, что в 1920 году в Белебеевском, Бирском и Мензелинском уездах Башкирии вспыхнуло крестьянское восстание, получившее название «Черный орел» и проходившее под оригинальным лозунгом: «Долой коммунистов, да здравствуют большевики и свободная торговля».
В декабре 1921 года председателем Башкирской ЧК был назначен видный чекист Николай Волленберг.
В короткий срок Волленбергу и присланным ему в помощь чекистам, среди которых был Наум Эйтингон, удалось нормализовать обстановку в республике и создать необходимые условия для се развития.
Приходилось чекистам бороться и с бандитизмом, который в годы Гражданской войны в России расцвел махровым цветом по всем городам и весям обширного государства. В Башкирии также активно действовал филиал американской организации по оказанию помощи голодающим Поволжья «АРА», служившей «крышей» для американских разведчиков.
Напомним, что «АРА», или «Американская администрация помощи», была создана в США после Первой мировой войны с целью «оказания продовольственной и иной помощи народам Европы, пострадавшим от войны». Возглавлял ее министр торговли Герберт Гувер. Кадровый аппарат «АРА» в Советской России был полностью укомплектован американскими сотрудниками, которых насчитывалось более трехсот человек. Многие из них были кадровыми разведчиками. Директором «АРА» в России был полковник Хаскель, а его секретарем — разведчик Джон А. Лерс, являвшийся в прошлом консулом США в Петрограде. Установленными американскими разведчиками были также помощник директора «АРА» Мэтьюз Филипп, представлявший эту организацию на юго-востоке России, а также уполномоченные «АРА» в Казани Г. Бойд, на Украине — полковник Гров, в Белоруссии — армейский разведчик Харди, в Одессе — полковник Хайнес. В Башкирии эту организацию представлял Крейг, также являвшийся кадровым американским разведчиком.
В Башкирии Наум Эйтингон служил до мая 1923 года. Затем он был отозван в Москву и получил назначение на работу в Восточный отдел Секретно-оперативного управления ГПУ. Это подразделение являлось самостоятельной структурной единицей в составе ГПУ и занималось вопросами борьбы с контрреволюцией на Востоке. Решение о создании Восточного отдела было принято постановлением Политбюро ЦК РКП (б) в 1919 году по предложению Ф.Э. Дзержинского. 2 июня 1922 года Восточный отдел был подчинен Секретно-оперативному управлению ГПУ и его возглавил Владимир Стырне. Отдел был призван объединить работу чекистов на Кавказе, в Туркестане, Башкирии, Татарии и в Крыму, а также в Хивинской и Бухарской народных советских республиках в сфере «специфической восточной контрреволюции и шпионажа». Вскоре начальником Восточного отдела стал член коллегии ОГПУ Яков Христофорович Петерс.
Наум Эйтингон, которому не исполнилось еще и 24 лет, был назначен на должность помощника начальника отделения Восточного отдела. Но поскольку образования у него явно не хватало, руководством отдела было принято решение направить его на учебу на Восточный факультет Военной академии РККА, которую в то время возглавлял бывший генерал-майор царской армии Павел Лебедев. В апреле 1924 года его сменил Михаил Васильевич Фрунзе, являвшийся до того времени председателем Реввоенсовета СССР. Позже академия стала носить его имя. Начальником Восточного факультета в те годы был бывший морской офицер Борис Иванович Доливо-Добровольский, выдающийся лингвист. На Восточном факультете будущие разведчики изучали военные и общеобразовательные дисциплины, а также овладевали иностранными языками.
В 1925 году, после двухлетнего обучения в академии РККА, Наум Эйтингон был переведен в Иностранный отдел ОГПУ и вскоре получил назначение на пост заместителя руководителя резидентуры ИНО ОГПУ в Шанхае.
В Китае, раздираемом гражданской войной, после победы демократической революции в 1911 году правительство Сунь Ятсена контролировало только несколько южных провинций. Остальная часть территории была поделена между генералами-милитаристами, которые не подчинялись центральному правительству в Кантоне. В 1923 году было подписано советско-китайское соглашение о дружбе и сотрудничестве. В Кантон была направлена группа советских военных советников (135 человек) во главе со старым большевиком Михаилом Бородиным (Грузенбергом). Советский Союз поставлял оружие для армии центрального правительства Чан Кайши, возглавившего его после смерти Сунь Ятсена. На территории Китая нашли убежище многочисленные белогвардейские банды. В стране активно действовали японские спецслужбы. Именно они должны были стать главными объектами агентурною проникновения советской разведки в Китае.