С октября 1924 года Савченко — курсант Высшей пограничной школы (ВПШ) ОГПУ в Москве. После ее окончания служил на офицерских должностях в пограничных войсках. Прошел путь от уполномоченного комендатуры погранотряда ОГПУ до начальника погранотряда. В марте 1930 года вступил в члены ВКП(б).
В апреле 1932 года Савченко оканчивает курсы усовершенствования при ВПШ ОГПУ и более года преподает спеццисциплины в 3-й пограншколе ОГПУ в Москве. Затем снова служил на различных командных должностях в пограничных войсках. С июля 1938 года — начальник 24-го пограничного отряда в Олевске.
20 мая 1939 года Савченко был назначен начальником 5-го отдела и одновременно заместителем начальника Управления погранвойск НКВД УССР.
После освобождения Западной Украины в ноябре 1939 года он становится начальником УНКВД по Станиславской области, однако вскоре возвращается на прежнюю должность в Управление погранвойск НКВД УССР.
С 1 апреля 1941 года Савченко — заместитель наркома госбезопасности УССР и одновременно начальник 1-го (разведывательного) управления НКГБ УССР. При этом с середины сентября 1941 года он фактически возглавлял НКВД Украины, поскольку нарком В.Т. Сергиенко, попав в окружение под Киевом, проявил растерянность и трусость и более двух месяцев скрывался в оккупированном Харькове, прежде чем вышел в расположение советских войск.
С мая 1943 по август 1949 года Сергей Романович Савченко являлся наркомом (с марта 1946 года — министром) госбезопасности Украины. В июле 1945 года ему было присвоено звание генерал-лейтенант. В августе 1949 года его переводят на руководящую работу в центральный аппарат советской внешней разведки.
Здесь следует еще раз подчеркнуть, что в послевоенный период объем задач, поставленных перед внешней разведкой нашей страны, значительно возрос, география её деятельности расширилась. В новых условиях возросла и значимость добываемой разведкой информации. Крайне важно было вскрыть секретные военнополитические планы США и Англии в отношении Советского Союза, осветить ход англо-американских переговоров, касающихся действий на случай военного столкновения с СССР, разработку планов перевооружения, создания военно-политических блоков. Но главная задача внешней разведки в послевоенные годы, поставленная руководством страны, состояла в том, чтобы держать в поле зрения подготовку военного нападения на Советский Союз с применением ядерного оружия. А такие планы, как показывала полученная разведкой в те годы информация, активно разрабатывались военными кругами США и Англии.
Для решения столь важных задач требовалось совершенствование разведки, её структуры, организации управления её деятельностью и методов ведения работы. В 1947–1953 годах имела место структурная перестройка военной и политической разведок, направленная на повышение эффективности их деятельности и поиск оптимальных форм управления в условиях нарастания конфронтационных тенденций.
Как мы уже отмечали, 30 мая 1947 года Совет Министров СССР принял постановление о создании Комитета информации (КИ) при
Совете Министров СССР, на который возлагались задачи политической, военной и научно-технической разведки. Единый орган разведки возглавил В.М. Молотов, бывший в то время заместителем Председателя Совета Министров СССР и одновременно министром иностранных дел. Его заместителем, который занимался участком внешней разведки, был назначен опытный чекист, в прошлом руководивший работой разведывательных и контрразведывательных подразделений органов госбезопасности Петр Васильевич Федотов.
Однако время показало, что объединение столь специфичных по методам деятельности военной и внешнеполитической разведок в рамках одного органа, при всех преимуществах, затрудняло процесс управления их работой. Уже в январе 1949 года правительство приняло решение о выведении из Комитета информации военной разведки и возвращении её в Министерство обороны.
В августе 1949 года Комитет информации был передан под эгиду МИД СССР. Руководителем КИ при МИД СССР стал новый министр иностранных дел А.Я. Вышинсий, а позднее — заместитель министра иностранных дел В.А. Зорин.
19 сентября 1949 года первым заместителем председателя КИ, отвечавшим за текущую оперативную работу внешней разведки, был назначен Сергей Романович Савченко.
В ноябре 1951 года правительство приняло решение об объединении внешней разведки и внешней контрразведки под руководством Министерства государственной безопасности (МГБ) СССР и создании за границей единых резидентур. Комитет информации при МИД СССР перестал существовать. Внешняя разведка стала Первым главным управлением МГБ СССР, которое возглавил Савченко. Одновременно он стал заместителем министра госбезопасности и членом Коллегии МГБ СССР.
На период руководства С.Р. Савченко советской внешней разведкой приходится приобретение ею нескольких наиболее ценных источников информации послевоенных лет.
Так, в конце 1950 года в Германии был привлечен к сотрудничеству западный немец журналист Хайнц Фёльфе. На встрече с представителем Центра в августе 1951 года в Восточном Берлине перед ним была поставлена задача предпринять шаги по устройству на службу в организацию Гелена — разведывательную структуру, действовавшую на территории Германии с 1946 года и находившуюся под контролем США. Напомним, что в апреле 1956 года руководство ФРГ создало на базе организации Гелена самостоятельное ведомство — Федеральную разведывательную службу Германии (БНД).
Фёльфе успешно справился с заданием. Уже в октябре 1951 года его зачислили в генеральное представительство организации Гелена в Карлсруэ. Материалы, которые стали поступать от источника, представляли большой интерес для советской разведки. От него, в частности, были получены документы, раскрывавшие роль западногерманских спецслужб в организации путча в ГДР 17 июня 1953 года, что сыграло большую роль в его подавлении.
Один из ветеранов советской внешней разведки, руководивший работой с источником с позиций Центра, вспоминал:
«Фёльфе был совершенно удивительным человеком как по своему жизненному пути, полному превратностей и метаморфоз, так и по эффективности результатов своей работы. Через его руки шли еженедельные политические обзоры, которые докладывались канцлеру ФРГ Конраду Аденауэру. Но чуть раньше они уже были в Центре и в Кремле. Полученная от Фёльфе информация позволила советскому правительству заранее ознакомиться и подготовиться к тем вопросам и предложениям, с которыми в 1955 году Аденауэр прибыл в Москву с официальным визитом».
Вскоре по заданию советской разведки Фёльфе добился перевода в центральный аппарат организации Гелена, расположенный в небольшом городке Пуллах под Мюнхеном.
Весной 1951 года, будучи резидентом СИС в Сеуле, добровольно, по идейным соображениям установил связь с советской внешней разведкой кадровый сотрудник английской разведки Джордж Блейк. Он регулярно сообщал ценные сведения о спецслужбах Англии, в частности, об их структуре, функциях и кадровом составе.
В дальнейшем Дж. Блейк заранее проинформировал Центр о готовящихся операциях американских и английских спецслужб по прокладке тоннелей к линиям связи советских войск в Австрии и в ГДР, в результате чего советская разведка смогла провести крупномасштабные акции по дезинформации противника.
