В 1919 году решением Оргбюро ЦК РКП(б) Соломон Могилевский направляется в распоряжение Ф.Э. Дзержинского. В октябре того же года он назначается заведующим следственной частью ВЧК и одновременно — заместителем начальника особого отдела Московской ЧК.
Создание особых отделов при ВЧК было вызвано тем, что в годы Гражданской войны и иностранной интервенции главный удар спецслужб Антанты и белогвардейцев был направлен против Красной Армии. Это потребовало от ВЧК усилить борьбу с деятельностью контрреволюционных организаций и иностранных разведок внутри Красной Армии. С этой целью по решению ЦК РКП(б) еще 19 декабря 1918 года в ВЧК был создан Особый отдел. Сформирован он был на базе армейских чрезвычайных комиссий и органов военного контроля. В задачи Особого отдела ВЧК входила активизация борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте.
6 января 1919 года под руководством Дзержинского было разработано «Положение об особых отделах ВЧК». Наряду с задачами по борьбе против контрреволюции и шпионажа в армии и на флоте на особые отделы возлагалась организация агентурной работы за границей и в оккупированных иностранными державами или занятых белогвардейцами областях молодой республики и руководство ею.
22 декабря 1919 года в Москве состоялось Всероссийское совещание начальников особых отделов фронтов, армий и флотов, которое приняло резолюцию о необходимости создания агентурной сети не только на оккупированной территории России, но и «в некоторых городах Западной Европы», где разместились белогвардейские центры.
Работая в особом отделе Московской Чрезвычайной комиссии, Могилевский в 1919 году принимал активное участие в ликвидации подпольной контрреволюционной организации «Национальный центр».
…В начале июля 1919 года под городом Луга Петроградской губернии красноармейцы застрелили офицера Никитенко, лазутчика, пробиравшегося в армию Юденича. Среди найденных у него документов они обнаружили листок, из которого следовало, что убитый офицер являлся членом подпольной антисоветской организации, действовавшей в Петрограде и пытавшейся установить связь с белым командованием. Заговорщики создали так называемый «Национальный центр» Петрограда, в который входили барон Штромберг, князья Андронников и Оболенский, а также другие лица, вскоре арестованные чекистами и давшие показания.
Во время допросов заговорщиков выяснилось, в частности, что в Москве также действует законспирированная контрреволюционная организация «Национального центра», которая готовит вооруженное восстание в «красной столице». Сигналом к нему должно было послужить взятие Тулы генералом Деникиным. Генерал планировал въехать в Первопрестольную до зимы и уже заготовил «Приказ № 1» и «Воззвание к населению Москвы».
Операцией по ликвидации «Национального центра» непосредственно руководил Ф.Э. Дзержинский. В ней участвовали также такие выдающиеся чекисты, как В.Р. Менжинский и А.Х. Артузов. В ходе операции был арестован руководитель «Национального центра» Н.Н. Щепкин, в прошлом крупный деятель партии кадетов, член Государственной думы. На деятельность своей подпольной организации он получил от адмирала Колчака миллион рублей золотом.
В ходе обыска на квартире Щепкина чекисты обнаружили ряд секретных документов, среди которых были постановление Реввоенсовета Республики о сосредоточении фронтовых резервов Красной Армии в районе Тулы, а также изложение плана ее боевых действий против Деникина. Выяснилось, что этими сведениями Щепкина снабжал начальник оперативного отдела Всероссийского Главного штаба бывший царский генерал Кузнецов.
Во время допросов арестованных заговорщиков, в которых принимал непосредственное участие и Соломон Могилевский, выяснилось также, что они были тесно связаны с резидентом британской разведки в Петрограде Полом Дюксом, через которого информация уходила в Лондон и Париж. Выступление контрреволюционеров намечалось в ночь с 21 на 22 сентября 1919 года. Поэтому начало операции по разгрому контрреволюционного подполья было назначено на 18 сентября. В ходе этой операции, продолжавшейся до 20 сентября, ВЧК арестовала всех основных главарей заговора. 23 сентября 1919 года в «Известиях» было опубликовано обращение ВЧК ко всем гражданам России в связи с разгромом «Национального центра» и преданы огласке имена 67 главных заговорщиков. Всего в ходе проведенной чекистами операции было арестовано около 700 человек.
После ликвидации «Национального центра» Могилевский получил новое назначение. В 1920 году он становится особоуполномоченным Особого отдела ВЧК, то есть фактически является одним из заместителей начальника (в те времена — заведующего) этого отдела. Принимает активное участие в процессе формирования закордонной разведки ВЧК. Это было вызвано третьим походом Антанты — вмешательством панской Польши в Гражданскую войну в России на стороне Врангеля, окопавшегося в Крыму. Антанта начала готовить армию Пилсудского для похода против Советской России в конце 1919 года, т. е. после провала заговора «Национального центра». Одна лишь Франция передала Польше оружия и боеприпасов для 750-тысячной армии. Кроме того, в Польшу из Франции была переброшена 70-тысячная армия генерала Галлера, состоявшая из поляков-эмигрантов.
Весной 1920 года, воспользовавшись тем, что основные силы Красной Армии были отвлечены на борьбу с остатками армии Врангеля, полчища Пилсудского вторглись на территорию Украины и Белоруссии. Так Польша, получившая независимость от Советской Республики, «отблагодарила» ее. 25 мая 1920 года поляки заняли Киев. В целях усиления разведывательной работы в тылу банд Пилсудского весной 1920 года в Особом отделе ВЧК создается особое подразделение — Иностранный отдел, а при особых отделах армий — иностранные отделения.
Поход польских белогвардейцев против Советской Республики закончился их поражением. В конце 1920 года под ударами Красной Армии польские интервенты были вынуждены очистить Украину и Белоруссию. Войска Тухачевского быстро продвигались к Варшаве. Перед лицом окончательного поражения Польши министр иностранных дел Великобритании лорд Керзон предъявил советскому правительству ультиматум. Одновременно страны Антанты оказали обанкротившемуся режиму Пилсудского срочную военную помощь. Обороной Варшавы руководил непосредственно французский генерал Вейган, являвшийся военным атташе Франции в этой стране.
Воспользовавшись тем, что тылы Красной Армии отстали от авангарда, а также массированной военной помощью Антанты, поляки отвергли мирные предложения советского правительства и перешли в контрнаступление. Польские войска оккупировали Западную Украину и Западную Белоруссию. Международное и внутреннее положение Советской России осложнилось. В связи с этим в сентябре 1920 года Политбюро ЦК РКП(б), проанализировав сложившуюся обстановку, пришло к выводу о том, что одной из причин неудачи Красной Армии в отражении польской агрессии явилось слабое ведение разведывательной работы в тылу интервентов.
Правда, ещес 1919 года органы ВЧК стали использовать заброску в тыл белогвардейских войск агентов для их последующего внедрения во вражеские формирования. Одному из таких агентов удалось даже проникнуть в организацию Савинкова «Союз защиты Родины и свободы» на территории Польши и выявить активных ее участников. Но этого было явно недостаточно. Политбюро ЦК РКП(б) приняло решение о кардинальной реорганизации внешней разведки. На созданный в структуре ВЧК Иностранный отдел было возложено ведение закордонной разведки. Таким образом, Иностранный отдел стал руководящим органом закордонной агентуры ВЧК.
