Родители Романа Кима, по всей вероятности, ушли из северокорейской деревни Пукчен, где они жили, в конце XIX века, когда там обострилась политическая напряженность, начался голод и замаячила угроза скорой японской оккупации. Людьми они были зажиточными, имели накопления, и даже после революции — вплоть до 1923 года, отец Кима жил на свои вклады в Русско-Азиатском банке Владивостока. Это несмотря на то, что он, разбогатев на строительных подрядах, в 1911 году обанкротился и снова начал свою карьеру с должности десятника на стройке. Были ли у Романа братья или сестры — из анкеты неясно. Точно так же непонятно, чем руководствовались его родители, когда в 1906 году, фактически сразу после Русскояпонской войны, отдали своего сына в семью крупного японского промышленника Сугиура Рюкити, владевшего во Владивостоке крупной торговой компанией «Тайсё Ёко», входящей в состав знаменитого холдинга «Мицуи», существующего и сегодня. Отдали в семью своих врагов — зачем? С какой целью? Может, и правда, хотели вырастить настоящего корейского ниндзя, чтобы отомстить за колонизацию их родины? Вспомним слова Романа Кима из предисловия к глоссам о невозможности спокойного отношения к японцам...
Так или иначе, но, по версии теперь уже личного дела, мальчик был усыновлен Сугиура Рюкити под именем Киндзи и отправлен на учебу в Токио, в начальную школу Ётися, входившую в состав образовательной группы (наряду с колледжем) престижного университета Кэйо. Это именно его имел в виду Роман Ким, когда на следствии в 1937 году «признавался» в том, что учился в «императорском колледже». Кэйо не так элитарен, как Гакусюин или Токийский императорский университет, но все же это действительно довольно престижное учебное заведение, и японское образование молодой кореец из России получил завидное. Итак, вопрос о его владении японским языком снят: Ким вырос в Японии.
Все это время — с 1906 по 1918 (в некоторых документах — с 1907 по 1917) год — Ким был гражданином Японии. В 1917 году он вернулся домой, во Владивосток, где в 1918 году поступил и экстерном окончил мужскую гимназию. Для легализации в России ему нужно было российское образование, и он целенаправленно шел к диплому, осенью 1919 года поступил на японское отделение Восточного института (с 1920 года—японское отделение восточного факультета Государственного Дальневосточного университета). В это время колчаковское правительство объявило в Приморье мобилизацию, и Ким, как студент-восточник, подлежал отправке в войска.
Из автобиографии Романа Кима, написанной им в 1935 году: «Я был в университете, куда при поступлении сдал документы, что я сын Кима Николая (русского подданного, иначе меня не приняли бы)... По мобилизации студентов-восточников назначен чиновником военного времени в штаб округа... Я обратился в японское генконсульство, которое подтвердило, что я приемный сын Сугиура и являюсь японцем, таким образом, мне удалось уклониться от мобилизации и числиться слушателем университета. ...Все студенты-восточники и востоковеды состояли в военно-статистическом отделе (разведывательном) штаба Приамурского военного округа в качестве референтов, экспертов (этот отдел механически остался после перехода власти в крае в руки Советов и после чехословацкого переворота, так как занимался специальной работой по собиранию сведений о Китае и Японии). Чтобы избежать направления в строевую часть (я, как студент, подлежал отправлению в военную школу), я подал заявление в военно-статистический отдел. Во главе отдела стоял полковник Цепушелов (кореевед), в отделе работали в качестве официальных экспертов-консультантов профессор Спальвин и ряд других японистов, китаистов, монголоведов. Ряд востоковедов, состоящих в этом отделе, теперь члены ВКП(б).
Немного спустя отдел был расформирован (надобность разведки в отношении Японии и Китая отпала), и я был отправлен в качестве чиновника военного времени в отделение культурно-просветительское и печати. Здесь моя работа заключалась в составлении обзоров английской и японской прессы, хотя официально я именовался делопроизводителем культурно-просветительского отделения. Параллельно я работал в качестве обозревателя иностранной прессы в газете “Эхо”, которая вела оппозиционную линию в отношении Омского правительства и была потом закрыта.
В ноябре 1919 года было восстание Гайды, поддержанное комитетом большевиков. После этого восстания я дезертировал из штаба. В январе партизаны заняли Владивосток, и я был назначен заведующим иностранным отделом телеграфного агентства Приморского правительства (коалиция эсеров и большевиков). Переводы японской и английской прессы делаются моей специальностью. Работал в телеграфном агентстве, которое потом было переименовано в ДАЛЬТА после Меркуловского переворота в 1921 году. После переворота (оно продолжало существовать) я стал работать в тех органах, которые были легально оппозиционные в отношении меркуловского правительства — в газете “Голос Родины” (орган кадетов) и “Воле” (орган эсеров) — по японской прессе. Затем поступил в отделение японского телеграфного-агентства “Тохо” во Владивостоке (по рекомендации профессора Спальвина — ныне секретаря нашего полпредства в Токио) — в качестве переводчика. Тохо (агентство японского МИД) в противоположность штабу японских экспедиционных войск стало вести кампанию за эвакуацию японовойск, и поэтому его бюллетени бойкотировались правой прессой (монархистской), и Отакэ получал угрозы от японских военных и русских».
Ким писал, что дважды арестовывался японской жандармерией за работу в ДАЛЬТА, и этот факт привлек пристальное внимание НКВД в 1935 году — во время таких арестов японцы нередко вербовали агентуру, ломая арестованных шантажом или насилием, но... проведенная проверка факта этих арестов не подтвердила вообще, хотя, по воспоминаниям Отакэ, военная полиция — кэм-пэйтай — действительно задерживал Кима. Зато было подтверждено, что Роман Ким «подвергался в декабре 1922 г., в январе и феврале 1923 г. окончательным испытаниям в Государственной Восточной Испытательной комиссии, причем постановлением названной комиссии от 15 февраля 1923 г. признан выдержавшим названные испытания с отличным успехом (окончил полный курс японского отделения восточного факультета ГДУ). Выдано временное удостоверение об окончании за подписями — Председателя Государственной Восточной Испытательной комиссии профессора Н. Кюнера, декана восточного факультета профессора А. Гребенщикова, делопроизводителя восточного факультета Ширшова». Началась его научная карьера, сразу обратившая на себя внимание маститых ученых. Вот фраза из отзыва профессора Гребенщикова о лекции Романа Кима в Государственном Дальневосточном университете от 10 мая 1923 года: «Серьезное знакомство с первоисточниками по японскому и китайскому языкам, уменье распоряжаться материалами, правильный научный подход к таковым, наличие критического отношения к источникам, вот те основные элементы подготовленности Р.Н. Кима, выявленные им в своей пробной лекции. Считаю, что лекция проведена весьма удовлетворительно и что в лице Р.Н. Кима Восточный Факультет приобретает вдумчивого и серьезного работника». На этом же карьера Кима в ГДУ и закончилась — к тому времени он уже был агентом советской контрразведки.
Роман Николаевич Ким был завербован одним из руководителей Приморского государственного политического управления (ГПУ) Владимиром Богдановым 15 ноября 1922 года во Владивостоке. Именно по заданию Богданова Ким получил рекомендацию профессора Спальвина и отправился к главе представительства японского официального агентства «Тохо» Отакэ, которому открыл свое японское имя, и немедленно был принят на должность личного секретаря. 15 июня 1923 года Роман Ким был снят с учета как негласный сотрудник Приморского ГПУ и отправился к новому месту службы в Москву.