Воспользовавшись возникшей суматохой, террористы выскочили через окно во двор посольства и скрылись на автомобиле. В Москве началось восстание эсеров. Был арестован Ф. Дзержинский, который вступил в переговоры с мятежниками. Через два дня эсеровский мятеж, заранее обреченный на неудачу, был подавлен.
Я. Блюмкин и Андреев бежали на Украину. 27 ноября 1918 года Верховный революционный трибунал рассмотрел дело левых эсеров. Я. Блюмкин был заочно приговорен к тюремному заключению сроком на три года с применением принудительных работ. 16 мая 1919 года Блюмкин явился в ВЧК с повинной и был амнистирован.
В 1920 году Я. Блюмкин вступил в РКП(б) и был направлен на работу по военной линии. Летом того же года принимает участие в создании Гилянской Советской Республики в Северном Иране в качестве комиссара штаба Красной армии. В сентябре 1920 года его направляют на учёбу в Академию Генерального штаба. С 1922 года он работает в секретариате Реввоенсовета сотрудником особых поручений при Л. Троцком.
В 1923 году Я. Блюмкин вновь направлен в ОГЛУ, однако связей с Троцким не прерывает. Принимает участие в подготовке к изданию первого тома трёхтомного труда Льва Давидовича под названием «Как вооружалась революция».
В 1924–1925 годах занимал должность помощника (второго заместителя) полномочного представителя ОГПУ в Закавказье, а в 1926–1927 годах работал главным инструктором Службы внутренней охраны (органы госбезопасности) Монголии. Близость к Л. Троцкому и быстрый карьерный рост вскружили голову Я. Блюмкину, который к монгольским коллегам стал относиться с большим высокомерием. В ноябре 1927 года по настоянию председателя Монгольской народно-революционной партии Дамбе-Дорчжи был отозван в Москву. Несмотря на протекцию начальника ИНО ОГПУ М. Трилиссера, оставался в резерве внешней разведки.
В 1928 году М. Трилиссер поручает Я. Блюмкину создание нелегальной резидентуры внешней разведки в Палестине и Сирии. В сентябре 1928 года Блюмкин с паспортом на имя персидского купца Якуба Султана выезжает из Одессы в Стамбул. Там он открывает магазин персидских ковров и успешно легализуется. В это время Блюмкин выезжает в Иерусалим, Вену, Париж. В марте 1929 года он находился в Берлине и там узнает, что Лев Троцкий выслан из СССР в Турцию. Блюмкин немедленно возвращается в Стамбул и 12 апреля встречается с сыном Троцкого Львом Седовым, а затем и с самим Троцким. Я. Блюмкин подробно рассказывает Троцкому, как организовать его личную охрану. Через сына Троцкого он регулярно передаёт секретные материалы и финансовые средства стамбульской резидентуры ИНО ОГПУ.
Располагая такими данными, «легальный» резидент информирует Центр об этих контактах Блюмкина с изгнанником.
В начале октября 1929 года Я. Блюмкина отзывают в Москву. Здесь он пытается объединить всех сторонников Л. Троцкого.
10 октября Блюмкин информирует видного троцкиста Карла Радека о своих контактах с Троцким в Стамбуле. Радек, находившийся в опале, немедленно сообщает об этой беседе Сталину. 12 октября Блюмкин информирует сотрудницу ИНО ОГПУ Лизу Горскую о своих контактах с троцкистами. Лиза рекомендует Блюмкину немедленно доложить о своих встречах руководству внешней разведки. Блюмкин отказывается, и 14 октября 1929 года Лиза ставит в известность об этом заместителя М. Трилиссера Михаила Горба. Последний рекомендует Лизе прекратить все контакты с Блюмкиным.
15 октября 1929 года Яков Блюмкин был арестован. Следствие по его делу вел заместитель начальника Секретно-политического отдела ОГПУ Яков Агранов, который впоследствии печально прославится участием в необоснованных репрессиях против чекистов. На допросах Блюмкин ничего не скрывал, надеясь на снисхождение. Однако чистосердечное признание не помогло Блюмкину, и 3 ноября 1929 года он был расстрелян.
20 февраля 1932 года Троцкий и его старший сын Лев Седов были лишены советского гражданства. Советское правительство стало оказывать давление на Турцию с целью его высылки из страны. Летом 1933 года Троцкий с семьёй выезжает во Францию и обустраивается в небольшом курортном городке Сен-Пале. Здесь он становится объектом слежки белогвардейской эмиграции. Летом 1933 года руководство Русского общевоинского союза (РОВС) во главе с генералом Евгением Карловичем Миллером рассматривает вопрос об организации убийства Троцкого во время его поездки в курортный городок Руайян в устье реки Дордонь. В том же городе на лечении находился и нарком иностранных дел СССР М. М. Литвинов. Было решено убрать обоих. Однако в дело вмешиваются французские масоны и предупреждают Троцкого, которого сторожили четыре кольца охраны, о готовящемся покушении. Они также оказывают давление на французские власти с тем, чтобы те подвергли аресту белогвардейских террористов. Так масоны спасли «демона революции» от рук террористов.
Известно, что Троцкий до революции был масоном и входил во французскую ложу «Ар э травай» («Искусство и труд»), однако вскоре порвал с масонством. На IV конгрессе Коминтерна он выступал с докладом о несовместимости членства в масонской ложе с пребыванием в коммунистической партии, как это имело место во Французской компартии. Характерно, что председатель Коминтерна Г. Зиновьев, создавший впоследствии единый антисталинский блок с Троцким, при голосовании по этой резолюции воздержался.
Оказавшись за границей, Троцкий развернул борьбу не против империализма и фашизма, а против СССР и коммунистического движения, которых он рассматривал как своих основных политических противников. В конце политической карьеры Лев Давидович по своим политическим взглядам был ближе к Европейской фашистской партии (ЕФП), возникшей в Палестине в предвоенные годы, нежели к международному коммунизму. Он, в частности, допускал возможность компромисса с нацизмом. Как известно, ЕФП связывала создание «Европейского национального очага» в Палестине с победой фашистского блока над антигитлеровской коалицией. Что же касается Троцкого, то он связывал своё возможное возвращение к власти в «обновленном» СССР с поражением Советского Союза в войне с нацистской Германией, когда его сторонники в СССР призовут его возглавить страну.
Тут следует сразу оговориться: Троцкий никогда не был агентом гестапо, хотя разведслужбы всего мира, естественно, проявляли интерес к его сторонникам. Он не убивал ни Кирова, ни других советских руководителей, не занимался террором внутри СССР и не совершал диверсий и отравлений. Все это ему приписывалось сторонниками Сталина в стремлении дискредитировать главного политического оппонента вождя.
В то же время Троцкий за границей не был безобидным «теоретиком» марксизма, который пишет трактаты «об их морали и нашей» (у Троцкого была и такая работа, в которой он выступает против буржуазной и сталинской морали). Он вел активную подрывную работу против СССР и всего коммунистического движения в целом, пытаясь организовать подчиненное ему политическое движение в мировом масштабе. Когда в начале 30-х годов в результате коллективизации в СССР резко обострилась внутриполитическая борьба, сторонники Троцкого активизировали свою деятельность. В то время на территории СССР действовали по крайней мере две нелегальные троцкистские организации. Одна из них, возглавляемая И. Смирновым, была разоблачена органами ОГПУ и обезврежена. Вторая группировка, так называемая «группа О», известна гораздо меньше. В ее состав входили Осиновский, Гавен, Константинов, Кочерец, Переверзев и другие скрытые троцкисты. Группа имела своих информаторов в ОГПУ, одним из которых, по некоторым данным, был начальник Секретно-политического отдела ОГПУ, а в 1936–1937 годах нарком внутренних дал Белоруссии комиссар госбезопасности 2-го ранга Г. Молчанов.