В Восточной Бухаре расположил свои войска бывший военный министр Османской империи и каратель армянского народа Энвер-паша. Ставка его находилась в кишлаке Кофрун, где он начал формирование регулярных частей. Отсюда он распространял многочисленные фирманы, то есть манифесты, которые призывали «правоверных» к свержению сатанинской власти и объединению под зеленым знаменем ислама. Через верных прислужников Энвер усиленно распространял слухи, что к нему на помощь идет кавалерия англичан и многочисленные полки турецких добровольцев с артиллерией на боевых слонах. Военному специалисту было ясно, что слоны совершенно непригодны для военных действий в горах. Но чем невероятнее были слухи о слонах, тем настойчивее их повторяли: ведь и Александр Македонский, по преданию, пришел в Среднюю Азию со слонами, а чем Энвер-паша хуже самого Македонского?
* * *
Моряки и рабочие Кронштадта добивались открытых и гласных переговоров с большевистским руководством. Однако позиция последнего с самого начала событий была однозначной: никаких переговоров или уступок, мятежники должны сложить оружие безо всяких условий. Парламентеров, которые направлялись восставшими, арестовывали – так, делегация кронштадтских моряков, прибывшая в Петроград для разъяснения требований матросов, солдат и рабочих крепости, была арестована. Восставшие были объявлены «вне закона». Последовали репрессии в отношении родственников руководителей восстания. Их брали в качестве заложников. В числе первых была арестована семья бывшего генерала Козловского. Вместе с ними были арестованы и сосланы в Архангельскую губернию все их родственники, в том числе и дальние. Брать заложников продолжали и после того, как Кронштадт пал. Арестовывали родственников руководителей ВРК и военных специалистов, которые ушли из Кронштадта в Финляндию.
Петроград и Петроградская губерния были объявлены на осадном положении уже 2 марта. В ответ 3 марта в крепости был образован «штаб обороны», который возглавил бывший капитан Е. Н. Соловьянинов. В состав штаба вошли военные специалисты: командующий артиллерией крепости, бывший генерал А. Р. Козловский, бывший контр-адмирал С. Н. Дмитриев, бывший офицер генерального штаба царской армии Б. А. Арканников. 4 марта Комитет обороны Петрограда предъявил Кронштадту ультиматум. Восставшие должны были либо принять его, либо отклонить и сражаться. В тот же день в крепости состоялось заседание делегатского собрания, на котором присутствовали 202 человека. Было решено защищаться. По предложению Петриченко состав ВРК был увеличен с 5 до 15 человек.
Гарнизон крепости Кронштадт насчитывал 26 тысяч военнослужащих, однако следует отметить, что в восстании участвовал не весь личный состав гарнизона. 450 человек, отказавшиеся примкнуть к восстанию, были арестованы и заперты в трюме линкора «Петропавловск». С оружием в руках на берег в полном составе ушла партийная школа и часть матросов-коммунистов. Имелись и перебежчики. Всего до начала штурма крепость покинули более 400 человек.
5 марта 1921 года приказом Реввоенсовета Республики № 28 была восстановлена 7-я армия под командованием М. Н. Тухачевского. Этому командарму предписывалось подготовить оперативный план штурма и «в кратчайший срок подавить восстание в Кронштадте». Штурм крепости был назначен на 8-е. Именно в этот день после нескольких переносов должен был открыться Х съезд РКП(б). Это было не простое совпадение, а продуманный политический расчет. Сжатые сроки подготовки операции диктовались и тем, что ожидаемое вскрытие Финского залива могло существенно осложнить взятие крепости.
7 марта 1921 года силы 7-й армии насчитывали 17,6 тыс. красноармейцев: в Северной группе – 3683 бойцов, в Южной группе – 9853, в резерве – 4 тысячи человек. Основной ударной силой являлась сводная дивизия под командованием П. Е. Дыбенко, в состав которой вошли 32-я, 167-я и 187-я бригады РККА. Одновременно началось выдвижение к Кронштадту 27-й Омской стрелковой дивизии. В 18 часов начался артобстрел крепости. На рассвете 8 марта 1921 года, в день открытия Х съезда РКП(б), солдаты Красной армии пошли на штурм. Первый приступ был отбит, и войска с потерями отступили на исходные рубежи. Как отмечал К. Е. Ворошилов, после неудачного штурма «политико-моральное состояние отдельных частей вызывало тревогу», два полка 27-й Омской стрелковой дивизии (235-й Минский и 237-й Невельский) отказались участвовать в сражении и были разоружены.
По состоянию на 12 марта 1921 года силы восставших насчитывали 18 тысяч солдат и матросов, 100 орудий береговой обороны. А с учетом корабельных орудий линкоров «Севастополь» и «Петропавловск» – 140 орудий, свыше 100 пулеметов с большим количеством боеприпасов.
При подготовке ко второму штурму численность группы войск Красной армии была доведена до 24 тысяч штыков, 159 орудий, 433 пулеметов, подразделения были реорганизованы в два оперативных соединения: Северная группа (командующий Е. С. Казанский, комиссар Е. И. Вегер) – наступавшая на Кронштадт с севера по льду залива, с участка побережья от Сестрорецка до мыса Лисий нос; Южная группа (командующий А. И. Седякин, комиссар К. Е. Ворошилов) – наступавшая с юга, из района Ораниенбаума.
В действующие части для усиления и контроля направили отряд сотрудников Петроградской губернской милиции – 182 человека, около 300 делегатов X съезда партии, 1114 коммунистов и три полка курсантов нескольких военных училищ. Была проведена разведка, подготовлены белые маскхалаты, доски и решетчатые мостки для преодоления ненадежных участков на льду у острова. Да и вся поверхность Финского залива зияла сотнями ледяных воронок от взрывов тяжелых снарядов.
Второй штурм начался в ночь на 16 марта 1921 года. Перед началом боя атакующие сумели скрытно занять форт № 7 (он оказался пустым), однако форт № 6 оказал продолжительное и ожесточенное сопротивление. Форт № 5 сдался после начала артиллерийского обстрела, но до того, как к нему подошла штурмовая группа. Гарнизон форта не оказал сопротивления. Курсантов встретили возгласами: «Товарищи, не стреляйте, мы тоже за Советскую власть!». Однако соседний форт № 4 держался несколько часов, и в ходе штурма атакующие понесли здесь тяжелые потери. С тяжелыми боями войска овладели также фортами № 1, № 2 («Милютин» и «Павел»). Однако батарею «Риф» и батарею «Шанец» защитники покинули до начала штурма и по льду залива ушли в Финляндию.
В середине дня 17 марта 1921 года 25 советских самолетов совершили налет на линкор «Петропавловск». После захвата фортов красноармейцы ворвались в крепость, начались ожесточенные уличные бои, однако к 5 часам утра 18 марта сопротивление кронштадтцев было сломлено.
18 марта 1921 года штаб восставших, который находился в одной из орудийных башен «Петропавловска», принял решение уничтожить линкоры вместе с арестованными, находившимися в трюмах, и прорываться в Финляндию. Восставшие заложили несколько пудов взрывчатки под орудийные башни. Однако это распоряжение вызвало возмущение. На «Севастополе» старые матросы разоружили и арестовали восставших. После чего выпустили из трюма коммунистов и радировали, что на корабле восстановлена Советская власть. Некоторое время спустя после начала артиллерийского обстрела сдался и «Петропавловск», который уже покинули большинство восставших.