1936–1937 – начальник 2-го отдела, занимавшегося разработками двигателей на жидком топливе.
05.11.1936 – комиссия в составе: заместителя директора РНИИ Г.Э. Лангемака (председатель), начальника 2-го отдела А.Г. Костикова, начальника 5-го отдела
С.П. Королёва, начальника группы 2-го отдела В.П. Глушко, инженеров 2-го отдела Д.А. Шитова, Л.С. Душкина и начальника лаборатории Голенкина провели приемносдаточные испытания ракетного двигателя ОРМ-65 и сделали заключение о его годности к эксплуатации (Акт от 05.11.1936).
1937 – присвоено воинское звание «военинженер 2 ранга».
15.11.1937-09.1938 – и.о. главного инженера НИИ-3 НКБ.
11.1937–1938 – А.Г. Костиков занимается организационными вопросами Института и налаживанием производственной базы по изготовлению двигателей, занимается строительством лабораторий и их оснащением измерительной аппаратурой и продолжает уделять внимание своей работе по охлаждению жидкостных реактивных двигателей. Работами с пороховыми реактивными двигателями А.Г. Костиков не занимается. Его больше влечет к работам с жидкостными ракетными двигателями, а не с пороховыми, да и время он не может выкроить на те и другие работы, а положение и должность обязывают его интересоваться всей тематикой Института.
24.01.1938 – Указом Президиума Верховного Совета СССР, как лицо кадрового начальствующего состава РККА, прослужившее к 23.02.1938 в рядах РККА 20 лет и в ознаменование ХХ-летия существования Рабоче-Крестьянской Красной Армии (РККА) и Военно-Морского Флота (ВМФ), награжден юбилейной медалью «XX лет Рабоче-Крестьянской Красной Армии».
26.04.1938 – присвоено воинское звание «военинженер 1 ранга» (приказ НКО СССР № 01530 от 26.04.1938).
20.06.1938 – возглавил экспертную комиссию, составившую Акт для НКВД о вредительской деятельности
В.П. Глушко и С.П. Королёва. Кроме него, в состав комиссии вошли: А.С. Душкин, Калянова, Дедов.
05.07.1938 – вместе с сотрудником НИИ-3 Н.С. Буториным (председатель Б.М. Слонимер) введен в состав жюри закрытого конкурса «в целях своевременной разработки лучшего качества пускового станка для 132-мм реактивных снарядов по договору с АУ РККА» (приказ директора НИИ-3 № 5 от 05.07.1938).
Принимал участие в разработке метода и осуществлении первого термодинамического расчета ЖРД как главный инженер НИИ-3.
09.1938-07.1942 – заместитель директора НИИ-3 НКБ по научно-технической части.
18.09.-05.10.1938 – в Институте работала «сверхбдительная» комиссия, состоявшая из работников отдела кадров наркомата, потребовавшая от А.Г. Костикова, чтобы он очистил Институт от очередной партии сомнительных сотрудников. В список попали В.А. Артемьев и Ю.А. Победоносцев, и только заступничество Ф.Н. Пойды помогло им избежать увольнения.
01.11.1938 – приехал на Софринский полигон, где должны были проходить испытания первого образца реактивной установки залпового огня, однако, не дождавшись их начала, уехал обратно в Институт.
По воспоминаниям сотрудницы НИИ-3 и свидетельницы этих событий доктора технических наук Л.Б. Кизнер, А.Г. Костиков являлся автором бредовой теории выпрыгивания кристалликов пороха. Баллистический порох – кристалл с зафиксированными в пространстве малюсенькими кристалликами. Последние сгорают в газовой фазе, после того как они выбрасываются газами, проникшими в пространство между кристалликами. Так как кристаллики сгорают в газовой фазе, то в соответствии с теорией теплопередачи в законе горения степень при давлении должна быть меньше единицы.
Под руководством А.Г. Костикова были также проведены опыты по замеру удельного импульса реактивной силы в случае горения длинного заряда при изменении дополнительного объема между камерой и соплом. На основании этих опытов А.Г. Костиков пришел к выводу, что с ростом отношения дополнительного объема к свободному объему камеры сгорания до предельного значения (пока малы теплопотери) возрастает удельный импульс реактивной силы. А это свидетельствует о том, что уменьшается скорость сдувания. Эти работы явились попыткой научного обоснования ошибочной гипотезы Г.Э. Лангемака, выдвинув которую он достаточно быстро понял свою ошибку и практически сразу от нее (теории) отказался.
03.06.1939 – сотрудники НИИ-3 (А.Г. Костиков, А.С. Попов, А.П. Павленко, Ф.Н. Пойда, Л.Э. Шварц) в присутствии К.Е. Ворошилова, Н.Н. Воронова и других представителей высшего командного состава РККА произвели залповую стрельбу снарядами PC-132 (с имитированными головками) с модернизированной ПУ второго варианта.
1939 – в качестве главного инженера НИИ-3 принимал участие в проведении испытаний ракеты 212 конструкции
Королёва с азотно-кислотным двигателем ОРМ-65 конструкции В.П. Глушко.
1939 – в качестве главного инженера НИИ-3 руководил проектированием двигателя РДА-1-150, являющегося модификацией двигателя ОРМ-65.
1939 – официально «за участие в разработке и испытании объектов вооружения Красной Армии», а на самом деле за борьбу с «врагами народа» в институте Указом Президиума Верховного Совета СССР награжден орденом Красной Звезды.
19.02.1940 – в качестве непосредственного исполнителя вместе с конструктором И.И. Гваем и заместителем начальника Главного артиллерийского управления РККА военинженером 1 ранга В.В. Аборенковым, получил авторское свидетельство, занесенное в реестр изобретений СССР за № 3338 на изобретение «механизированной установки для стрельбы ракетными снарядами различных калибров».
28.02.1940 – в качестве главного инженера НИИ-3 принимал участие в проведении испытаний ракетоплана РП-318 конструкции С.П. Королёва с видоизмененным двигателем ОРМ-65, получившим наименование РДА-1-150.
07.06.1940 – директор НИИ-3 Б.М. Слонимер и А.Г. Костиков направили на имя члена Совета оборонной промышленности Комитета обороны при СНК СССР А.К. Ходякова развернутый доклад, в котором по итогам отработки ракетных снарядов различного типа предлагали форсировать работы по созданию систем ракетного вооружения для боевых самолетов, состоящих на вооружении ВВС КА. Предполагалось, что летающие ракетные батареи будут поражать трудноуязвимые для авиации цели, «имеющие броневое перекрытие (танки, надводный морской и речной флот и т. д.)», с пикирования под углами 45–60 град, ракетными бронебойными снарядами калибров 82, 132 и 203 мм. При замене бронебойной головной части РБСов на бетонобойную, «что легко достигается стандартизацией ракетных частей», обеспечивалось поражение «наземных фортификационных сооружений». Поражение других целей с меньшей защитой (автомашины, артиллерия на позиции, огневые средства ПВО, пехота на марше и т. д.) предполагалось обеспечивать ракетными осколочно-фугасными снарядами калибра 132 мм – РОФС-132. Основным козырем применения ракетных снарядов с пикирования являлась повышенная точность стрельбы и мощь боевых частей снарядов, разработанных в НИИ-3. Стрельбу предполагалось вести как одиночно, так и залпом из двух, четырех и восьми снарядов. При этом считалось, что именно залповая стрельба будет давать наибольший эффект. В качестве основных носителей такого оружия предлагалось использовать самолеты И-15бис или И-16 (8 РБС-82), а также пикирующие варианты двух моторных бомбардировщиков СБ (22 РБС-132) и ДБ-3 (9 РБС-203). Размещение ракетных снарядов на СБ предлагалось выполнить комбинированным: 10 РБС-132 разместить на пусковых установках под плоскостями крыла и 12 РБСов – в специальной кассетнице, расположенной в бомболюке самолета и выдвигаемой при стрельбе из бомболюка в воздушный поток. На ДБ-3 ракетные снаряды РБС-203 предлагалось разместить следующим образом: 3 снаряда под фюзеляжем и 10 – под крылом самолета. Предполагалось, что «монтаж и демонтаж ракетного вооружения самолетов (за исключением электропроводки в крыльях самолета)» в полевых условиях будет выполняться техническим составом авиачастей «в течение I ч. до 3,5 ч. в зависимости от типа самолета и калибра РБС». Для отработки методики стрельбы ракетными снарядами с пикирования, совершенствования пусковых установок ракетных орудий, отработки тактики применения ракетных самолетов Б.М. Слонимер и А.Г. Костиков просили выделить для испытаний в НИП АВ ВВС КА один СБ, один ДБ-3 и звено самолетов И-15бис или И-16. Полигон под Ногинском требовалось оборудовать «бетонноми и бронеплощадками размерами 50x50 м».