8 августе 1918 года Егоров возглавил красные войска, сражавшиеся против казаков генерала П.А. Краснова на участке Балашов — Камышин. В октябре на базе этих войск была сформирована 9-я армия Южного фронта. В декабре Егоров сменил Ворошилова на посту командующего 10-й армией, а в январе 1919 года нанес поражение казакам на подступах к Царицыну. Однако весной на помощь Краснову подошли войска Кавказской Добровольческой армии П.Н. Врангеля. 25 мая крупные силы белых форсировали реку Сал в районе хутора Плетнёва. Егоров лично возглавил контратаку 4-й (комдив С.М. Буденный) и 6-й (комдив И.Р. Апанасенко) кавалерийских дивизий. В результате были разгромлены до трех полков белой пехоты, а бравый командарм получил пулевое ранение. За этот бой Егорова наградили орденом Красного Знамени. Тем не менее, 30 июня армия генерала Врангеля взяла Царицын.
9 июля 1919 года Александр Ильич ненадолго был назначен помощником командующего и членом РВС Южного фронта с одновременным вступлением, опять же вместо Ворошилова, в командование 14-й армией. Эта армия с боями оставила Киев, потом обороняла Брянск. В конце сентября из Южного фронта был выделен Юго-Восточный фронт, а новым Южным фронтом по предложению Сталина стал командовать Егоров, хотя главком С.С. Каменев против назначения возражал: «по личным свойствам вряд ли справится с такой трудной задачей». Членом РВС фронта был Сталин.
В связи с решительным наступлением войск Деникина на Москву Южный фронт был объявлен главным фронтом Республики. 20 сентября красные войска оставили Курск, 1 октября — Воронеж, 13 октября — Орел. Реальная угроза нависла над Тулой с ее военными заводами и Москвой. Успеху белых способствовало наличие у них крупных кавалерийских соединений, что позволяло маневрировать силами, создавая превосходство на нужных направлениях.
Огромное впечатление на большевиков произвел 40-дневный рейд 4-го Донского казачьего корпуса генерала К.К. Мамонтова (6000 сабель, 3000 штыков) по советским тылам. Поэтому под лозунгом, брошенным наркомом Троцким: «Пролетарий на коня», началось создание красной кавалерии. Лев Давидович был одним из инициаторов формирования в качестве мобильной ударной силы «червонного казачества», наряду с Конармией.
Для разгрома Деникина под руководством Троцкого и Каменева был разработан план, суть которого состояла в нанесении фланговых ударов по сходящимся направлениям с целью окружения основных сил неприятеля: из района северо-западнее Орла (с участием Латышской и Эстонской стрелковых, 8-й кавалерийской дивизии червонных казаков) и из района восточнее Воронежа (силами конного корпуса Буденного вместе с другими кавалерийскими частями). Контрнаступление началось 11 октября и развивалось чрезвычайно успешно.
Одновременная победа красных войск под Орлом и Воронежем положила начало коренному перелому обстановки на Южном фронте. В ноябре Сталин и Егоров развернули Конный корпус в Первую конную армию, утвердив Буденного командармом, а Ворошилова членом реввоенсовета. Много лет эта четверка шла по жизни, поддерживая друг друга в борьбе за власть. Во всех дискуссиях 20-х годов Егоров отстаивал правоту Сталина и заботился о продвижении по службе ветеранов Первой конной.
10 января 1920 года Южный фронт переименовали в Юго-Западный, во главе его остались Егоров и Сталин. В феврале войска фронта полностью очистили Украину от деникинцев. Весной, ввиду обоюдного желания сторон, началась война Советской России с Польшей: поляки стремились возродить Речь Посполитую в границах 1772 года, большевики — экспортировать свой фирменный продукт — пролетарскую революцию. В марте Ленин потребовал от Сталина скорейшей ликвидации белых в Крыму. Причина была уважительная:
«Только что пришло известие из Германии, что в Берлине идет бой, и спартаковцы завладели частью города. Кто победит неизвестно, но для нас необходимо ускорить овладение Крымом, чтобы иметь вполне свободные руки, ибо гражданская война в Германии может заставить нас двинуться на запад на помощь коммунистам».
21 апреля Варшава подписала договор с Симоном Васильевичем Петлюрой (1879–1926), согласно которому возглавляемое им правительство (Директория) признавалось законной властью на Украине, а взамен уступало Польше восточную Галицию до рубежа реки Збруч. Через два дня была заключена военная конвенция о совместных действиях польской и украинской армий.
25 апреля армии польского Южного фронта под командованием Юзефа Пилсудского перешли в наступление, прорвали советский Юго-Западный фронт, в течение трех суток заняли Житомир, Казатин, Жмеринку. 6 мая они взяли Киев, захватив плацдармы на его восточном берегу.
Месяц спустя прибывшая с Кавказского фронта 1-я Конная армия Буденного мощным контрударом из района Умани прорвала польский фронт и 12 июня освободила Киев. Легионеры и петлюровские гайдамаки, несмотря на подкрепления, переброшенные из Белоруссии, столь же стремительно покатились обратно на запад.
4 июля, получив 200 тысяч человек пополнения (из них более 100 тысяч составили отловленные в деревнях дезертиры) и 3-й конный корпус Г.Д. Гая, двинул вперед войска Западного фронта М.Н. Тухачевский. Северный польский фронт генерала С. Шептицкого отходил на линию старых немецких позиций, не принимая боя. Через двадцать дней советским войскам была поставлена задача «нанести противнику окончательное поражение и не позже 12 августа овладеть Варшавой».
Егорову и Сталину тоже хотелось совершить что-нибудь великое, и они предложили перенести основные усилия своего фронта с люблинского направления на Львов, обещая управиться с ним за неделю. Московские товарищи, в эйфории прикидывавшие расстояния до Будапешта, Праги и Бухареста, согласились с радостью и без всяких сомнений. С этого момента два советских фронта, совершавших ранее концентрическое наступление на польскую столицу, стали разбегаться в разные стороны. Самоуверенность советских стратегов была скоро наказана. В конце июля поляки крепко побили буденновцев под Бродами; основные силы Юго-Западного фронта втянулись в тяжелые затяжные бои на подступах к Львову. А в середине августа грянуло «чудо на Висле» — внезапный контрудар в левый фланг Тухачевского, закончившийся полным разгромом всего Западного фронта.
В итоге мало того, что Егорову пришлось отводить свои армии на восток, так еще вышедший из Крыма Врангель занял Северную Таврию. Для борьбы с ним пришлось создавать новый фронт под командой Фрунзе. Юго-Западный фронт, после заключения перемирия с поляками 18 октября, отошел на линию государственной границы и в конце года был упразднен.
30 декабря 1920 года, учитывая «солидные теоретические познания военного дела» и опыт командования фронтами, Реввоенсовет Республики причислил Егорова к штабу РККА. С января 1921 года Александр Ильич командовал Киевским военным округом, в апреле принял Петроградский округ. Одновременно с сентября 1921-го по январь 1922 гг. он командовал и Западным фронтом вместо оскандалившегося и отозванного Тухачевского.
В феврале 1922 года Егорова отправили командовать карательной армией в Закавказье, с задачей «замирить» оккупированные территории совсем еще недавно независимых республик. Дело было смолоду знакомое. Командарм приказывал 22 февраля 1923 года:
