Сотни, если не тысячи людей погибли под бомбами немецких самолетов в городах Белоруссии. Судьба тех, кто выжил, часто была не намного легче, когда они пытались бежать на восток. «После того, как начал гореть Минск, – писал один журналист, – слепые из дома инвалидов шли гуськом по шоссе, связанные друг с другом полотенцами». Уже было много сирот войны – детей, чьи родители погибли или потерялись в суматохе происходящего. Подозревая, что некоторых из них немцы могут использовать как шпионов, НКВД зачастую обходилось с ними без особого сострадания.
Пытаясь повторить свой поразительный успех во Франции, немецкие танковые части рвались вперед в идеальных погодных условиях лета, оставляя далеко позади пехотные дивизии, которым нужно было их догонять, насколько это было возможно. Время от времени, когда у передовых танковых подразделений заканчивались боеприпасы, бомбардировщики Хе-111 доставляли их, сбрасывая на парашютах. Линию наступления немецкой армии было легко проследить по горящим деревням, столбам пыли, поднятым гусеницами танков и бронетранспортеров и гулом сапог марширующей пехоты с ее артиллерией на конной тяге. Артиллеристы, едущие на орудийных лафетах, были покрыты с ног до головы серой пылью, что делало их похожими на статуэтки из терракоты, а их усердные лошади-тяжеловозы все время чихали от пыли. Более 600 тыс. лошадей, собранных по всей Европе, совсем как для Великой армии Наполеона в 1812 г., составляли основную часть транспорта вермахта в этой кампании. Снабжение продовольствием, боеприпасами и даже передвижение полевых госпиталей было основано на конной тяге. Если бы не огромное количество автотранспорта, который французская армия не уничтожила до заключения перемирия (что вызвало у Сталина острый приступ ярости), то механизация всей немецкой армии ограничилась бы исключительно четырьмя танковыми группами.
Два крупных соединения танковых войск Группы армий «Центр» уже смогли к этому моменту добиться первого крупного окружения советских войск. В Белостокский котел, западнее Минска, попали четыре советские армии в составе 417 тыс. человек. Третья танковая группа Гота, наступавшая с севера, и Вторая танковая группа Гудериана, наступавшая с юга, замкнули кольцо окружения 28 июня. Бомбардировщики Второго воздушного флота начали наносить удары по частям Красной Армии, попавшим в окружение.
Генерал Дмитрий Павлов, который был командиром танковых частей во время Гражданской войны в Испании, а теперь стал беспомощным командующим Западным фронтом, был заменен на своем посту маршалом Тимошенко (в РККА Фронт был неким эквивалентом немецкой Группы армий). Павлов вскоре был арестован вместе с рядом высших офицеров, находившихся под его командованием, а затем предан военному трибуналу и расстрелян. Некоторые из его офицеров в отчаянии покончили жизнь самоубийством, один из них выстрелил себе в висок на глазах у Никиты Хрущева, бывшего на тот момент первым секретарем ЦК КП(б) Украины.
На севере Группу армий фон Лееба жители прибалтийских республик встречали с распростертыми объятиями после всех советских притеснений и волны депортаций, прокатившейся всего за неделю до этого. Группы националистов нападали на отступающие части Красной Армии и захватывали города. 5-й мотострелковый полк НКВД был направлен в Ригу, чтобы восстановить в городе порядок, что означало жестокие репрессии против латышского населения. «Перед телами наших погибших товарищей личный состав полка поклялся безжалостно раздавить фашистских прихвостней, и в тот же день буржуазия Риги почувствовала наше возмездие на своей шкуре». Но они также вскоре были вынуждены покинуть город, отступая вдоль побережья Балтийского моря.
В Литве, к северу от Каунаса, советский механизированный корпус неожиданно контратаковал наступающие немецкие войска, введя в бой тяжелые танки КВ. Снаряды немецких танков просто отскакивали от брони КВ и с ними смогли справиться только 88-миллиметровые пушки, которые немцам пришлось срочно подтягивать к месту сражения. Части Северо-Западного фронта отступили в Эстонию, подвергаясь постоянным нападениям спонтанно возникавших отрядов националистов, чего не ожидали ни Красная Армия, ни немцы. Уже перед самым приходом немцев начались массовые погромы евреев, которых обвинили в сотрудничестве с большевиками.
Группе армий «Юг» генерал-фельдмаршала Рундштедта на этом этапе менее сопутствовала удача. Командующий Юго-Западным фронтом генерал-полковник Кирпонос был предупрежден пограничниками о надвигающемся вторжении немцев. Кроме того, он располагал более крупными силами, поскольку Тимошенко и Жуков предполагали, что немцы именно здесь нанесут главный удар. Кирпонос получил приказ начать массированное контрнаступление силами пяти механизированных корпусов. Самым мощным из них, на вооружении которого находились тяжелые танки КВ и новейшие Т-34, командовал генерал-майор Андрей Власов. Однако Кирпоносу не удалось эффективно развернуть свои силы, поскольку он практически остался без связи с корпусами, которые к тому же были рассредоточены.
26 июня Первая танковая группа генерала кавалерии фон Клейста начала наступление на Ровно, имея конечной целью захват столицы Украины – города Киева. Кирпонос бросил в бой свои пять механизированных корпусов, но они смогли добиться лишь частичного успеха. Встретившись в бою с советскими танками Т-34 и тяжелыми танками КВ, немцы были потрясены тем, что эти советские машины намного превосходили любую немецкую технику, но из 14 тыс. советских танков «только 3800 были боеспособны» по состоянию на 22 июня. Подготовка в немецкой армии, тактика, радиосвязь и скорость реакции немецких танковых экипажей в основной своей массе значительно превосходили умения и возможности советских танкистов. К тому же у них была сильная поддержка авиации, в основном пикирующих бомбардировщиков. Главной опасностью, которая подстерегала немцев на этом этапе, была их слишком большая самоуверенность. Генерал-майор Константин Рокоссовский, бывший кавалерийский офицер, поляк по происхождению, который впоследствии стал одним из самых выдающихся военачальников Красной Армии, сумел заманить немецкую 13-ю танковую дивизию в артиллерийскую засаду, после того как все его устаревшие танки были уничтожены.
Столкнувшись с непрекращающейся паникой и массовым дезертирством, Кирпонос создал «заградительные отряды», чтобы заставить своих солдат драться. Дикие слухи сеяли панику и хаос точно так, как это было во Франции. Но советские контратаки, хотя и дорого стоившие Красной Армии и часто безуспешные, по крайней мере, смогли замедлить немецкое наступление. Никита Хрущев уже начал, по приказу Сталина, эвакуировать оборудование с украинских заводов и фабрик. Беспощадно проведенная в жизнь эвакуация позволила вывезти на Урал и дальше вглубь Советского Союза большую часть промышленности республики. Эвакуацию также провели в Белоруссии и в других районах страны, но в меньших масштабах. В общей сложности до конца года были эвакуированы 2593 завода и фабрики. Это позволило Советскому Союзу восстановить производство вооружений в районах, расположенных очень далеко от зоны действия немецкой авиации.
Политбюро в атмосфере глубокой секретности приняло решение отправить забальзамированное тело Ленина, а также золотой запас страны и сокровища Оружейной палаты из Москвы в Тюмень. Специальный поезд со всеми необходимыми химическими материалами и учеными, ответственными за сохранение тела, под охраной бойцов НКВД покинул Москву в начале июля.