В апреле 1942 г. он — командующий ВВС Западного фронта, а с июня — командующий 6-й воздушной армией. Соединения его армии прикрывали и поддерживали войска Северо-Западного фронта, активно противодействовали попыткам транспортной авиации врага снабжать свою группировку. По воспоминаниям фронтового лётчика Н.Д. Костина: «На Северо-Западном фронте генерал Кондратюк показал себя человеком творческого горения. Умело направлял работу штабов по обобщению и внедрению в практику истребителей, бомбардировщиков и штурмовиков передового опыта. По его инициативе были разработаны и использованы в боевых действиях авиасоединений и авиачастей 6-й воздушной армии важные руководства: "Организация управления авиации над полем боя", "Методы борьбы с транспортной авиацией противника"».
Тем не менее уже в январе 1943 г. Даниила Фёдоровича переводят в Москву начальником Главного управления боевой подготовки фронтовой авиации — заместителем командующего ВВС Красной Армии. Через год (февраль 1944 г.) его назначают командующим ВВС Южно-Уральского военного округа, затем Кубанского и Приволжского военных округов. В апреле 1949 г. он — командующий 29-й воздушной армией, с февраля 1951 г. — командующий 48-й воздушной армией. С июля 1953 г. генерал-лейтенант авиации (1943 г.) Кондратюк в отставке. Ему 57 лет.
В 1943 г. Фёдор Петрович Полынин сменил на должности командующего 6-й воздушной армией Кондратюка. Встретив войну командиром 13-й бомбардировочной авиадивизии, он уже в августе 1941 г. был назначен командующим ВВС Брянского фронта. По воспоминаниям Фёдора Петровича, этот период войны был для него одним из самых тяжёлых как в физическом, так и в моральном плане. На Брянском фронте он постоянно получал всё новые и новые приказы, порой противоречащие друг другу. Авиация противника господствовала в воздухе, своих истребителей едва хватало, чтобы прикрывать свои штурмовики и аэродромы. Малочисленные авиасоединения буквально разрывали на части.
С мая 1942 г. Полынин — заместитель командующего 2-й, а с сентября — 6-й воздушных армий. Под его командованием 6-я воздушная армия прикрывала и поддерживала войска Северо-Западного фронта в боях в районе г. Демянска, осуществляла воздушную блокаду окружённой здесь группировки противника, частью сил в октябре 1943 г. содействовала наступлению войск Калининского фронта в районе г. Невеля. Затем два месяца (декабрь, январь) находилась в резерве Ставки ВГК. А с февраля 1944 г. в составе 2-го Белорусского фронта она поддерживала наступление войск фронта на Ковельском направлении, принимала участие в Полесской наступательной операции.
В апреле 1944 г. 6-я армия вошла в состав 1-го Белорусского фронта и участвовала в Берлинской стратегической наступательной операции, в освобождении Белоруссии, восточной части Польши, форсировании р. Вислы и захвате магнушевского и пулавского плацдармов, освобождении гг. Демблин и Люблин.
Следует отметить, что генерал Полынин воевал добросовестно и умело. Об этом говорят методы и стиль его руководства авиаобъединением.
Как вспоминал сам командующий, в канун наступления, в период проведения Люблинско-Брестской операции, он пригласил всех «командиров и начальников штабов авиасоединений, офицеров штаба, армии и служб тыла для проигрыша плана авиационного наступления». Проигрыш «проводился методом односторонней военной игры на картах. Предварительно было предложено составить: решение на первый день операции; план боевого использования частей; план организации связи и управления; план штурманского и материально-технического обеспечения на первые три операции; таблицы и расчёты на поражение целей и т.д.
Все эти документы в ходе проигрыша уточнялись, а если нужно, и изменялись. Такая же работа была проведена со штабами тех общевойсковых армий, которые нам предстояло поддерживать с воздуха.
Несколько раньше военные игры состоялись во всех частях и соединениях. Они преследовали более конкретные цели — отработать взаимодействие с пехотой и танками на всех этапах боя. Военные игры явились своеобразной репетицией намеченной операции».
И ещё: «В первый день наступления планом предусматривалось централизованное управление боевыми действиями авиации, то есть сосредоточение её в одних руках. А потом авиачасти, за исключением одного истребительного авиакорпуса, должны были перейти в оперативное подчинение командующих наземными армиями, командиров кавалерийских и танковых соединений. Мой командный пункт находился на направлении главного удара вместе с КП командующего 8-й гвардейской армией генерал-полковника В.И. Чуйкова.
Накануне операции вся оборонительная полоса противника была сфотографирована с воздуха».
В августе 1944 г. 6-ю армию снова выводят в резерв Ставки ВГК, а в октябре её управление переформировывается в управление ВВС Войска Польского. Фёдор Петрович становится командующим ВВС Войска Польского. С 1947 г. он последовательно командует 13-й, 30-й (1950 г.), 57-й (1956 г.) воздушными армиями. В 1959 г. его назначают начальником тыла ВВС, а в 1971 г. генерал-полковник авиации (1946 г.) Полынин увольняется в запас в возрасте 65 лет.
Михаил Михайлович Громов с началом войны был командирован в США для решения вопроса о поставках в СССР американских боевых самолётов.
В декабре 1941 г. его вызвал Сталин и спросил:
— Ну, что вы хотите?
— Я за большее, чем дивизия, не возьмусь, я ни академий, ничего не кончал! — ответил Громов.
Так Михаила Михайловича назначили командиром 31-й смешанной авиадивизии.
— Ну хорошо, там надо командовать и истребителями и бомбардировщиками, там всё есть. Совместное действие всех родов авиации, — заключил Сталин.
Но в феврале 1942 г., вопреки пожеланию, Громова всё-таки назначают командующим ВВС Калининского фронта, а в мае этого же года — командующим 3-й воздушной армией.
Случилось это после того, как он, не имея военного образования высказал вождю свои соображения по организации и использованию авиации в боевой обстановке.
Соединения его армии с июля 1942 г. участвовали в оборонительной операции войск фронта в районе г. Белый, затем в Ржевско-Сычёвской и Великолукской наступательных операциях.
В феврале 1943 г. часть сил армии привлекалась для поддержки войск Северо-Западного фронта при ликвидации демянского плацдарма противника в ходе Демянской наступательной операции.
В марте 1943 г. армия поддерживала войска Калининского фронта в Ржевско-Вяземской наступательной операции.
Михаил Михайлович всегда говорил: «Я лётчик!» Ведь для него жизнь состояла из самолётов и неба. Не отсюда ли у Громова было совершенно иное отношение к подчинённым, чем у «военных профессионалов». Он никогда не обращался с авиацией на «ты». Не советовал это делать и другим. Авторитет командующего подчёркивает и то, что к нему всегда можно было обратиться как к лётчику.
Однажды провинился один лётчик, и командующий фронтом генерал Конев приказал Громову:
— В расход его!
Но прошло время и живой офицер, продолжающий вылетать на боевые задания, снова попался ему на глаза.