В 859 году в Систане был свергнут и бежал Салих ибн Наср, а власть взял Дирхам ибн Наср. В 860 году ал-Мутаваккил перенес свою резиденцию из Самарры в Джафарию. В 861 году, разгромив сторонников Дирхама, маликом Систана стал Йакуб Абу Йусуф ас-Саффар.
Меж тем халиф ал-Мутаваккил отстранил от управления своего старшего сына и наследника ал-Мунтасира, пожелав передать престол младшему ал-Мутаззу. Ал-Мунтасир немедленно вступил в сговор с Васифом. В ночь на 11 декабря 861 года тюрки из халифской гвардии убили ал-Мутаваккила на пиру во дворце. Ал-Мунтасир стал халифом, но через шесть месяцев правления умер, вероятно, отравленный кем-то из своих врагов. Васиф посадил на трон халифа ал-Мустаина, племянника ал-Мутаваккила. Однако тут начались разборки среди самих тюркских гулямов.
В Нишапуре на престол в 862 году воссел сын Тахира II, Мухаммад (862–873 гг.).
Тюркские военачальники Васиф и Буга бежали из Самарры и вместе с ал-Мустаином укрылись в Багдаде. А в Самарре гвардия освободила из тюрьмы ал-Мутазза и в 865 году провозгласила его халифом. Жители Багдада поднялись на защиту ал-Мустаина. Армия осадила Багдад. Несколько месяцев продолжались бои, в ходе которых некоторые районы города были полностью разрушены. 10 января 866 года столица капитулировала. Ал-Мустаин отказался от власти и был убит.
Халиф ал-Мутазз пытался опереться на отряды берберов. Следствием стала война между тюркскими и берберскими войсками, в которой погибли тюркские военачальники Васиф и Буга. Дисциплина в армии исчезла. Гулямы грабили и убивали, кого хотели. На улицах столицы бесчинствовали банды. Никто из наместников не высылал больше халифу денег. Фактически они стали независимыми.
В 868 году Йакуб ас-Саффар, покорив весь Систан, совершил поход в Керман и разбил войска наместника Али ибн Хусайна. Они отступили в Фарс и в 869 году под Ширазом были окончательно разгромлены. Египтом стал править Ахмад ибн Тулун.
Между тем в Багдаде не получающие жалованье воины в мае 869 года взбунтовались. Напрасно ал-Мутазз уверял, что казна пуста. Солдатня ворвалась во дворец, избила халифа булавами и, связав, выставила на солнцепек. Наверное, они не хотели проливать кровь главы мусульман, но, брошенный в какой-то дом, он и сам умер после побоев. Тогда тюрки объявили, что халиф добровольно сложил с себя власть, и передали престол сыну ал-Васика, ал-Мухтади. Его считали робким и слабым, но ал-Мухтади оказался настоящим Аббасидом – хитрым и коварным. Он попытался опереться на те части, которые не принимали участия в переворотах, и в 870 году приказал схватить тюркских военачальников. Но захватить всех не удалось. Баик-Бег и Муса ибн Буга объединили силы и подняли мятеж против халифа. С несколькими тысячами своих сторонников ал-Мухтади принял бой. Превосходящие силы мятежников рассеяли его солдат. Халиф ал-Мухтади был схвачен, подвергнут изощренным пыткам и 21 июня 870 года умерщвлен.
После этого Муса ибн Буга посадил на трон брата ал-Мутазза, ал-Мутамида. Он только осуществлял представительские функции и предавался удовольствиям. А делами правления занимался его брат ал-Муваффак. По его требованию резиденция халифа была возвращена из Самарры в Багдад. Вслед за этим, наказаниями и поощрениями, ал-Муваффак восстановил дисциплину в армии.
Еще в 869 году в Южном Ираке началось восстание зинджей. Так называли черных рабов, в основном негров из Восточной Африки, работавших на расчистке солончаков и плантациях в районе Басры. Но их предводитель Али ибн Мухаммад не был ни негром, ни рабом, а объявил себя имамом Махди. Скоро зинджи завладели несколькими городами и контролировали весь Хузестан. В 871 году зинджи взяли Басру, перебили множество жителей и сожгли большую часть города.
В 873 году Йакуб Абу Йусуф ас-Саффар покорил весь Хорасан, включая Нишапур, и сверг последнего Тахирида Мухаммада. После он захватил прикаспийские провинции Гурган и Табаристан. В 875 году халиф ал-Мутамид признал ас-Саффара эмиром Систана, Хорасана, Табаристана, Кермана и Фарса. Но Йакуб хотел больше – овладеть Багдадом. В 876 году его армия вторглась в Ирак, взяла город Васит, но в решающем сражении под Сусом была разбита армией халифа под командованием ал-Муваффака. Йакуб отступил на восток и в 879 году умер. На престоле его сменил брат Амр I ибн Лайс.
Тем временем ал-Муваффак полтора десятилетия вел изнурительную войну с восставшими невольниками. Укрепленные лагеря зинджей находились на островах Шатт эль-Араба между каналами в густых зарослях камыша. В 883 году ал-Муваффак во главе большого флота направился в низовья Тигра и Евфрата на подавление восстания. Его флот прочесал все протоки и каналы в устье Шатт-эль-Араба. Лагеря зинджей были взяты поочередно, а позже, после длительной осады, пала и ставка Али ибн Мухаммада. В 887 году ал-Муваффак вытеснил войска Саффаридов из Фарса.
В 891 году ал-Муваффак умер. Управление государством перешло в руки его сына Ахмада. Он заставил халифа назначить его преемником и в 892 году, после смерти ал-Мутамида, занял престол, приняв имя ал-Мутадида. Новый халиф восстановил подчинение Фарса Багдаду, подавив попытку Абу Дулафа создать там свой эмират. А также ал-Мутадид подавил восстание в Табаристане.
Тем временем эмир Систана Амр I из династии Саффаридов вел войну с эмиром Мавераннахра Исмаилом I из династии Саманидов. В 898 и 899 годах систанская армия была разбита в сражениях. В 900 году Амр I ибн Лайс был захвачен в плен в районе Балха. Эмиром Систана стал его внук Тахир ибн Мухаммад, который увел войска. Саманидские войска покорили Хорасан.
В том же году Исмаил I разбил имама Мухаммада ибн Зайда и овладел Табаристаном. Исмаил был готов освободить Амра за 10 миллионов дирхемов, но Тахир платить не собирался. Он круглосуточно пил вино и развлекался, устраивал при дворе празднества, а особо обожал голубей и мулов. Делами в Систане заведовал бывший раб Субкари. Не получив денег, Исмаил отослал Амра в Багдад, где последний был казнен.
В 902 году халиф ал-Мутадид неожиданно скончался, отравленный одной из своих рабынь. Престол халифа занял его сын ал-Муктафи I, сделавший вазиром ал-Касима ибн Убайдаллаха. Ему удалось подчинить армию и ликвидировать государство Тулунидов в Египте и Сирии.
В 907 году умер Исмаил I, и на трон Саманидов сел его сын Ахмад II. В 908 году в Систане против Тахира восстал его двоюродный дядя Лайс ибн Али. Тахир бежал, но был схвачен и отправлен в Багдад. А там в 908 году умер халиф ал-Муктафи I.
Престол перешел к его 13-летнему брату ал-Муктадиру, но 17 декабря 908 года восстали сторонники сына ал-Мутазза, ал-Муртада. Последний был провозглашен халифом, но в этот же день низложен и убит. Главную роль в подавлении мятежа играл евнух Мунис. Ал-Муктадир даровал ему титул эмира ал-умара («эмира над эмирами»), и власть сосредоточилась в руках Муниса. А халиф занимался празднествами и пирами.
В 910 году эмир Систана Лайс ибн Али потерпел поражение от халифских войск, попал в плен и был увезен в Багдад. Народ присягнул его брату Мухаммаду I. Тут на Систан напал саманид Ахмад II и в 911 году присоединил его к своему эмирату. В 912 году систанцы восстали и провозгласили эмиром племянника Тахира—10-летнего Амра II Абу Хафса. В 913 году он, как и Мухаммад I, был захвачен Ахмадом II и отправлен в Самарканд. Сам Ахмад II был убит своими гвардейцами 23 января 914 года. В 923 году систанцы восстали более успешно, и эмиром стал дальний родственника Йакуба ас-Саффара, Абу Джафар Ахмад (923–962 гг.).
