В том же месяце, посланный Хасаном ибн Саббахом фидай Тахир Аррани, около Хамадана подошел, переодевшись в суфия, к паланкину Низам ал-Мулька и ударил его ножом. Фидая убили телохранители, а великий вазир умер от раны. Через 20 дней в Багдаде скоропостижно скончался 38-летний Малик-шах I.
После этого начался распад империи сельджуков и рост государства исмаилитов. Отделились Малая Азия и Сирия, а в Хорасане поднял восстание сын Алп-Арслана, Арслан-Аргун. Он овладел Мервом, Серахсом, Балхом и Термезом. Тархан-хатун, вдова Малик-шаха I, провозгласила султаном своего 4-летнего сына Махмуда I. Ее войска направились из Багдада в Исфахан, где пребывал сын Малик-шаха от другой жены 12-летний Берк-Ярук. Последнего сторонники Низам ал-Мулька вывезли в Рей и тоже провозгласили султаном. В битве под Боруджердом в 1093 году войска султанши потерпели поражение, и Берк-Ярук осадил Исфахан. В 1094 году умерла Тархан-хатун, а затем и малолетний султан Махмуд I. Сменивший халифа ал-Муктади (1075–1094 гг.) халиф ал-Музтазхир (1094–1118 гг.) признал Берк-Ярука султаном Сельджукской империи.
В том же году умер фатимидский халиф ал-Мустансир, и престол Египта перешел к его седьмому сыну ал-Мустали. Старший сын Абу Мансур Низар оказался обойден. Это нарушение порядка передачи имамата вызвало раскол среди исмаилитов. Хасан ибн Саббах и большинство исмаилитов Ирана отказались признать ал-Мустали своим имамом. Таковым для них был Низар, а после его гибели в 1095 году – его прямые потомки.
Тем временем дядя Берк-Ярука, Тутуш, в 1093–1094 годах захватил западные области империи и объявил себя султаном. Он двинулся на Исфахан, но в феврале 1095 года был разбит в сражении у Рея и погиб. В этом же году Берк-Ярук послал против Арслан-Аргуна своего дядю Бери Барса с войском, но тот был разгромлен.
В ноябре 1096 года низариты заняли крепость Ламасар в долине Рудбар. В том же году поход сельджукского войска в Хорасан возглавил сводный брат султана Санджар ибн Малик-шах. Но до сражения дело не дошло, ибо в начале 1097 года Арслан-Аргун был убит в Мерве собственным гулямом. После его гибели Санджар овладел всем Хорасаном.
В 1099 году против Берк-Ярука поднял восстание его сводный брат Мухаммад, правивший Азербайджаном и Арраном. Берк-Ярук бежал в Хузестан, а батиниты заняли крепость Гирдкух близ Дамгана. В 1100 году у селения Нушджан армия БеркЯрука была разбита войсками Санджара. Северный Иран и запад Средней Азии перешли под власть Санджара, а Мухаммада багдадский халиф провозгласил султаном. Но Берк-Ярук не сдавался. В 1101 году около Хамадана состоялось сражение армий Мухаммада и Берк-Ярука. Последний опять потерпел поражение и бежал. Однако ему удалось собрать новую армию и в сражениях 1102 и 1103 годов одержать победы над Мухаммадом. В 1104 году братья заключили мирное соглашение. По нему Берк-Ярук сохранил большую часть Западного и Центрального Ирана и Ирак. По соглашению султаном был объявлен Берк-Ярук, а его наследником Мухаммад.
В 1105 году Берк-Ярук умер молодым. Его малолетний сын Малик-шах II был быстро лишен престола и сельджукским султаном стал Мухаммад I, присоединивший к своим владениям Ирак, Иран и Хузестан.
А в это время росло и ширилось государство низаритов в Иране. Оно не имело сплошной территории, но насчитывало десятки анклавов вокруг крепостей в Фарсе, Хорасане, Мазендеране и других областях. Хасан ибн Саббах и его фидаи терроризировали феодальную знать. Те, кого Хасан ибн Саббах приговаривал к смерти, были обречены, и ничто – ни любые деньги, ни высокие должности, ни стража уже не могло их спасти. В 1097 году батинитами был убит вазир Берк-Ярука Абу-л-Фатх, а в 1105 году от их кинжалов погиб сын Низам ал – Мулька Ахмад.
В 1101–1107 годах исмаилиты попытались захватить столицу империи Исфахан. Сначала низариты овладели крепостями в окрестностях города: Хан-Ланджан и Шахдиз. Руководитель исмалитов в Исфахане Ахмад ибн Абд ал-Малик ибн Атташ готовил восстание, сигналом к которому должно было стать убийство Мухаммада I. Но заговор был раскрыт, и покушение не состоялось. Войска сельджукского султана около двух лет осаждали крепость Шахдиз, но не могли ее взять. Тогда по договору большая часть низаритов ушла в другие крепости, а группа оставшихся была захвачена. С попавшего в плен Ахмада ибн Абд ал-Малика ибн Атташа живьем содрали кожу и набили ее соломой. А отрезанные головы Ахмада и его сына отвезли в Багдад, видимо, к халифу.
Отведя угрозу от своей столицы, Мухаммад I послал войска на осаду Аламута. Осада из года в год шла с весны до осени. На зиму сельджуки покидали Дейлем, уничтожив посевы и опустошив окрестности. За 10 лет осады батиниты уже изнемогали от голода, когда весной 1118 года пришла весть о смерти султана Мухаммада I. Осаждающие сразу ушли.
На престол взошел 14-летний сын Мухаммада I, Махмуд II. Он потребовал у Санджара вывести войска из Мазендерана и выплачивать ежегодно подать в 200 тысяч динаров. Санджар отверг эти требования и заявил послам: «Сын моего брата – ребенок, и им руководит его вазир!». В августе 1118 года возле города Саве произошло сражение между войсками дяди и племянника. У Санджара было 20 тысяч воинов и 40 слонов, а у Махмуда II только 10 тысяч всадников. Санджар одержал победу. В ноябре 1119 года был заключен мир на условиях Санджара. Он был провозглашен верховным сельджукским повелителем («величайший султан, великий шахиншах»). Санджар получил: Мазендеран, Табаристан, Демавенд, Кумис, Дамган и Рей. Махмуд II объявлялся султаном и наследником Санджара. Получили земли и братья Махмуда ибн Мухаммада: Тогрыл – Джибал, Казвин, Зенджан, Арран, Гилян и Дейлем; Сельджук-шах – Фарс, Исфахан и Хузестан; Масуд – Азербайджан и Мосул. Трое младших должны были подчиняться Махмуду II. По этому договору империя Сельджуков разделилась на Хорасанский султанат со столицей в Мерве и Иракский султанат со столицей в Хамадане.
Санджар первоначально был враждебен к батинитам. Его армия вторглась в Кухистан и истребила около 10 тысяч исмаилитов. Но вскоре затем между Санджаром и Хасаном ибн Саббахом был заключен мир с тремя условиями: низариты не будут строить новых крепостей, не будут закупать оружие, и не будут агитировать людей принимать их веру. Преемники Хасана эти условия игнорировали, но мир с сельджуками сохранялся.
23 мая 1124 года Хасан ибн Саббах умер. Но перед смертью он сделал небывалое доселе в истории Ирана – передал власть коллегии из четырех человек. Может потому, что он казнил двух своих сыновей (за потребление вина и участие в заговоре), а может, его и не устраивал монархический принцип. Коллегия должна была править, пока не придет «скрытый имам», но через несколько лет в живых из нее остался только Кийа Бузург Умид. Он и стал основателем династии шейхов Аламута.
В сентябре 1131 года умер Махмуд II. Вазир ал-Анасабади и эмир Мараги Аксункур ал-Ахмадили возвели на трон его сына Дауда ибн Махмуда. Но братья Махмуда сами предъявили права на престол. В октябре 1131 года Масуд занял Тебриз. Армия Дауда осадила город, но в декабре был заключен мир. Дауд отказался от борьбы, ибо Багдад захватили войска Сельджук-шаха. Масуд и эмир Мосула Занги направились в Ирак. На подступах к Багдаду их войска потерпели поражение.
В феврале 1132 года Санджар со 100-тысячным войском прибыл в Рей, где его встретил Тогрыл. Тогда в марте 1132 года Масуд и Сельджук-шах решили замириться. По условиям этого мира Масуд стал султаном, а Сельджук-шах его наследником. Султан Масуд передал Багдад и окрестности во владение аббасидскому халифу ал-Мустаршиду. В мае 1132 года в местности Дай-Марадж около Хамадана состоялось сражение между армиями Санджара и Масуда. Санджар одержал победу, и Масуд бежал в Азербайджан. Султаном Ирака стал Тогрыл II.
