Как только армия Санджара ушла в Хорасан, против Тогрыла II восстали Дауд ибн Махмуд и его атабек Аксункур ал-Ахмадили. У села Вахан близ Хамадана войска Тогрыла II дали битву Дауду и Аксункуру. Ее исход предрешил переход части тюркских отрядов Дауда на сторону султана. Дауд и его атабек были разбиты и бежали в Багдад.
Теперь в наступление перешел Масуд. В июне 1133 года он разбил Тогрыла II у Хамадана и занял Исфахан, Рей и Фарс. Но тут Дауд поднял мятеж в Равандузе, и Масуду пришлось возвратиться в Азербайджан.
Тогрыл немедленно вернул себе Хамадан и все остальное. В июле 1133 года Масуд потерпел поражение возле Казвина и бежал в Багдад. В ноябре 1133 года Тогрыл II неожиданно скончался в Хамадане. Тотчас же Масуд явился в столицу и стал султаном.
В 1134 году фидаи Кийа Бузург Умида убили Аксункура алАхмадили. В мае 1135 года халиф ал-Мустаршид поднял мятеж против Масуда. Халиф и его эмиры имели 8 тысяч всадников, но трехтысячная конница Масуда разбила их. После получения подкреплений халиф дал еще одно сражение султану в июле 1135 года. Но опять потерпел поражение и попал в плен. Масуд захватил и казну халифа—400 тысяч динаров, перевозившихся на 70 мулах.
Городские стены Багдада были разрушены. Масуд обращался с пленным халифом очень хорошо и даже обещал возвратить на престол. Однако 29 августа 1135 года 17 ассасинов-низаритов напали на шатер халифа, перебили охранников, а потом убили алМустаршида. Они отрезали у трупа халифа нос и уши и бежали. В Багдаде на халифский трон воссел сын ал-Мустаршида, ар-Рашид.
В ноябре того же года он приказал читать хубту с именем Дауда, исключив оттуда Масуда. На подмогу к халифу явились сам Дауд и эмир Мосула Занги. Но когда армия султана двинулась на Багдад, Дауд и Занги его покинули. В августе 1136 года арРашид тоже бежал из города. Масуд взял Багдад и провозгласил ар-Рашида низложенным. Халифом стал его дядя ал-Муктафи II (1136–1160 гг.). Ар-Рашид обосновался в Исфахане, где в июне 1138 года его убили низариты. В 1139 году ими был убит и Дауд ибн Махмуд. Шейх низаритов Кийа Бузург Умид умер в 1138 году. Ему наследовал сын Мухаммад.
В том же году против Санджара восстал его вассал хорезмшах Атсыз Ала ад-дин. В октябре 1138 года Санджар вторгся в Хорезм и в сражении у Хазараспа разгромил Атсыза. В этой битве погибло около 10 тысяч хорезмийцев и сын хорезмшаха Атлык. Но когда сельджукская армия покинула Хорезм, Атсыз в 1139 году восстановил свою власть и даже захватил Бухару. Но тут в Мавераннахр вторглись орды каракитаев, и Санджар двинулся против них. Генеральное сражение произошло в сентябре 1141 года в Катаванской степи. Сельджуки потерпели поражение. В битве погибли до 30 тысяч мусульманских воинов и многие военачальники. Сам султан Санджар едва сумел вырваться из окружения. Но в плен попала жена султана Таракан-хатун, выкупленная позже за 500 тысяч динаров.
А в это время в Иракском султанате в июне 1139 года Хамадан осадили эмиры во главе с атабеком Азербайджана Кара-Сункуром. Султан Масуд по их требованию казнил своего вазира ал-Хазина. Новым вазиром стал Изз ал-Мулк Тахир, ставленник Кара-Сункура. Фактически Западносельджукский султанат распался. Эмир Фарса Боз-Апа захватил в плен брата Масуда, Сельджук-шаха и умертвил его.
В 1141 году Кара-Сункур умер. Воспользовавшись поражением Санджара, хорезмшах Атсыз захватил Серахс, а затем и столицу Хорасанского султаната Мерв. В следующем 1142 году Атсыз овладел Нишапуром. В 1143 году Санджар восстановил свою власть в Хорасане. На следующий год он вторгся в Хорезм, осадил Гургандж и вынудил Атсыза вернуть награбленное и возобновить выплату дани.
В 1146 году против Масуда восстали эмир Фарса Боз-Апа и эмир Рея Аббас. К ним примкнули племянники султана, Мухаммад и Малик-шах и его младший брат Сулайман-шах. Масуд бежал в Багдад, а бунтовщики заняли Хамадан. Эмир-хаджиб султана Тоган-йурек заключил с ними союз. В апреле 1147 года Масуд организовал убийство Тоган-йурека, а потом казнь Аббаса. В ответ Боз-Апа занял Исфахан и провозгласил султаном Мухаммада. В июле 1147 года близ Хамадана произошло большое сражение. Армия Боз-Апы потерпела поражение, и он сам погиб. Масуд ненадолго восстановил власть.
Тем временем Санджар опять ходил походом на Хорезм, прекративший выплату дани. После двухмесячной осады был взят Хазарасп и осажден Гургандж. Хорезмшах Атсыз снова запросил мира и возобновил выплату дани.
В 1148 году начался новый мятеж эмиров против Масуда. Они взяли Багдад, перерезали множество жителей и учинили погром. Масуд и ал-Муктафи II бежали из города. Только посредничество Санджара примирило эмиров с Масудом.
Султан Масуд умер в октябре 1152 года. На престол воссел его племянник Малик-шах III. Но в январе 1153 года его сверг вазир Хасс-бек, передавший трон другому сыну Махмуда II, Мухаммаду II. В мае 1153 года он казнил Хасс-бека и его сообщников.
В это же время против Санджара восстали племена огузов в Балхской провинции. Попытка эмира Балха Кумача провести карательную акцию закончилась его разгромом и убийством вместе с сыном. Тогда против повстанцев двинулась армия султана Санджара. Битва произошла в окрестностях Балха. Сельджукская армия попала в ловушку и была полностью разгромлена. Тысячи солдат погибли, а султан Санджар оказался в плену. В том же 1153 году огузы взяли Мерв, истребили многих горожан и вывезли все, что можно, в том числе казну султана. В 1154 году были разгромлены Тус и Нишапур. В следующем году под властью кочевников оказался уже почти весь Хорасан.
В 1156 году против Мухаммада II поднял мятеж его дядя Сулайман-шах, однако был разбит и заточен в Мосульскую крепость. В июле 1156 года скончался хорезмшах Атсыз. Его сменил на престоле сын Иль-Арслан. В том же году Санджару во время охоты удалось бежать. Он прибыл в Мерв и стал созывать вассалов. Но никто не откликнулся, да и казна была пуста. В апреле 1157 года Санджар умер.
В этом же году Мухаммад II потребовал у халифа, чтобы в Багдаде возглашалась хутба с его именем. Халиф отказал, и султан двинул армию на Багдад. А в это время восставший правитель Аррана Ильдегиз, совместно с Малик-шахом и Арслан-шахом захватили столицу. Мухаммад II снял осаду Багдада и направился к Хамадану. Он нанес войскам Ильдегиза поражения у Рея и Нахичевана. Ильдегиз выразил полную покорность и был прощен. Мухаммад II стал готовиться к новому походу на Багдад, но в декабре 1159 года скончался.
Большинство эмиров посадили на престол освобожденного из тюрьмы Сулайман-шаха. Но уже в октябре 1160 года он был свергнут, брошен в Хамаданскую тюрьму и там задушен тетивой в апреле 1161 года. В Багдаде в 1160 году халифа ал-Муктафи II сменил его сын ал-Мустанджид.
А в Хамадане эмиры провозгласили султаном сына Тогрыла II, Арслана. Фактически правил его атабек Ильдегиз. Он именовался «великим атабеком», его сын Джихан-Пахлаван стал эмиром-хаджибом, а второй сын Кызыл-Арслан – верховным главнокомандующим. Правители областей и все вассалы султана должны были приносить присягу в верности великому атабеку. Те, кто отказывался, принуждались силой.
Уже в 1161 году войска Ильдегиза нанесли поражение эмиру Рея Инанджу и правителю Казвина Алп-Аргуну. В 1163 году Ильдегиз совершил поход в Грузию и нанес поражение царю Георгию III. В 1165 году войска хорезмшаха Иль-Арслана заняли Дихистан, а в 1167 году вторглись в Хорасан и сразились под Бистамом с армией Ильдегиза. Сражение не выявило победителя, но хорезмийцы овладели Бейхаком, Себзеваром и Нишапуром. В 1169 году Ильдегиз отразил попытку Иль-Арслана захватить Рей. Эмир Рея Инанджа был в сговоре с хорезмшахом. Но хорезмийцы были разгромлены, Инанджа убит, а Рей перешел к Ильдегизу.
