Вскоре они узнали, что такое силовая тактика нацистов, приведшая Гитлера к власти. В июле 1933 года представители протестантских церквей составили текст устава новой церкви рейха, который 14 июля был официально признан рейхстагом. Сразу после этого развернулась ожесточенная борьба в связи с выборами первого епископа рейха. Гитлер потребовал посвятить в этот самый высокий сан своего друга капеллана Мюллера, служившего у него советником по делам протестантской церкви. Руководители федерации церквей предложили на этот пост известного богослова пастора Фридриха фон Бодельшвинга. Это был наивный расчет. Вмешалось нацистское правительство: распустило несколько провинциальных церковных организаций, отстранило от должностей в протестантских церквах ряд ведущих сановных лиц, напустило на непокорных священников СА и гестапо — в сущности, терроризировало всех, кто поддерживал Бодельшвинга. В канун выборов делегатов на синод, которому надлежало избрать епископа рейха, Гитлер «призвал» по радио протестантов проголосовать за «немецких христиан», выдвинувших Мюллера своим кандидатом. Тактика запугивания сработала отлично. Бодельшвинга вынудили снять свою кандидатуру, после чего большинство голосов на выборах было отдано «немецким христианам»; они и избрали Мюллера епископом рейха на синоде, состоявшемся в сентябре в Виттенберге, где Лютер впервые бросил вызов Риму.
Однако новый глава церкви, по натуре человек деспотичный, не сумел ни создать единую церковь, ни полностью нацифицировать конгрегацию протестантов. 13 ноября 1933 года, на другой день после того как подавляющее большинство немецкого народа поддержало Гитлера на общегерманском референдуме, «немецкие христиане» провели в берлинском Спортпаласте массовый митинг. Некий д-р Рейнхардт Краузе, глава секты в Берлинском округе, предложил отменить Старый завет «с его торговцами скотом и сводниками» и пересмотреть Новый завет с целью привести учение Христа в «полное соответствие с требованиями национал-социализма». Были подготовлены тексты резолюций под девизом «Один народ, один рейх, одна вера», требовавших, чтобы все пасторы дали клятву верности Гитлеру и чтобы все церкви приняли пункты, касающиеся арийцев и исключения новообращенных евреев. Но это было слишком даже для смиренных протестантов, отказавшихся принимать какое-либо участие в войне церквей, поэтому епископ Мюллер вынужден был дезавуировать д-ра Краузе.
В сущности, борьба между нацистским правительством и церквами носила тот же характер, что и извечный спор о том, что есть кесарево, а что — богово. Гитлер заявил: если пронацистски настроенные «немецкие христиане» не в силах подчинить евангелические церкви епископу рейха Мюллеру, то правительство подчинит их себе. Он всегда питал неприязнь к протестантам, которые в его родной католической Австрии составляли ничтожное меньшинство, а в Германии — две трети населения. «Ими можно крутить как угодно, — похвастался он однажды своим подручным. — Они подчиняются… Мелкие людишки, слушаются, как собаки, и потеют от смущения, когда с ними заговариваешь». Гитлер отлично знал, что против пацификации протестантских церквей выступает лишь малое число пасторов и еще меньшее число верующих.
К началу 1934 года разочарованный пастор Нимёллер стал душой оппозиции меньшинства в «исповедальной церкви» и в «чрезвычайной пасторской лиге». На генеральном синоде, состоявшемся в Бармене в мае 1934 года, и на специальном совещании, состоявшемся в ноябре в возглавляемой Нимёллером церкви Иисуса Христа, что в Далеме, предместье Берлина, «исповедальная церковь» объявила себя законной протестантской церковью Германии и учредила временное церковное управление. Таким образом, образовались две группы: одна — во главе с епископом рейха Мюллером, другая, — во главе с Нимёллером, и каждая претендовала на звание законной церкви Германии.
Стало очевидно, что бывший армейский капеллан, несмотря на близость к Гитлеру, не сумел объединить протестантские церкви, и в конце 1935 года, когда гестапо арестовало семьсот пасторов «исповедальной церкви», он подал в отставку и сошел со сцены. Уже в июле 1935 года Гитлер назначил своего друга нацистского юриста Ганса Керрля министром по делам церкви, поручив ему предпринять еще одну попытку объединить протестантов. Сначала Керрль, являвшийся одним из умеренных нацистов, добился значительного успеха. Ему удалось не только склонить на свою сторону консервативное духовенство, составлявшее большинство, но и учредить комитет церквей во главе с почтенным доктором Цёльнером, пользовавшимся авторитетом во всех фракциях, для выработки общей платформы. Но группа Нимёллера, не отказываясь сотрудничать с комитетом, продолжала считать себя единственной законной церковью. В мае 1936 года, когда она подала Гитлеру меморандум, выдержанный в вежливом, но решительном тоне, протестуя против антихристианских тенденций нового режима, осуждая его антисемитизм и требуя прекратить вмешательство государства в дела церкви, министр внутренних дел Фрик ответил жестокими репрессиями. Сотни пасторов «исповедальной церкви» были арестованы, а д-ра Вейсслера, одного из подписавших меморандум, убили в концентрационном лагере Заксенхаузен. Кассу «исповедальной церкви» конфисковали, сбор пожертвований запретили.
12 февраля 1937 года д-р Цёльнер ушел с поста председателя комитета церквей (гестапо запретило ему посетить Любек, где находились в заключении девять протестантских пасторов), пожаловавшись на препятствия, чинимые министром по делам церкви. Д-р Керрль ответил ему в речи, произнесенной на следующий день перед группой покорных священников. Он в свою очередь обвинил Цёльнера в неспособности по достоинству оценить нацистскую теорию «расы крови и земли» и ясно продемонстрировал враждебное отношение правительства как к протестантской, так и к католической церкви.
«Партия, — сказал Керрль, — стоит на платформе позитивного христианства, а позитивное христианство есть национал-социализм… Национал-социализм есть волеизъявление Бога… Воля Божия воплотилась в немецкой крови… Доктор Цёльнер и граф Гален, католический епископ Мюнстера, попытались внушить мне, что христианство подразумевает веру в Христа как в сына Божьего. Мне стало смешно… Нет, христианство не зависит от апостольского вероучения… Истинным олицетворением христианства является партия, а партия, и в первую очередь фюрер, призывает немецкий народ поддерживать истинное христианство… Фюрер — выразитель новой божественной, воли».
1 июля 1937 года д-ра Нимёллера арестовали и заключили в берлинскую тюрьму Моабит. 27 июня он, как всегда, читал в переполненной далемской церкви членам своей конгрегации проповедь, ставшую для него последней в Третьем Рейхе. Словно предчувствуя, что с ним произойдет, он сказал: «Мы не больше древних апостолов помышляем о применении силы для спасения от руки властей. И не больше их готовы молчать по приказу человека, когда сам Господь повелевает нам говорить. Ибо нашим долгом было и остается исполнение воли Бога, а не человека».
2 марта 1938 года, после восьми месяцев пребывания в тюрьме, его судили в «специальном суде», учрежденном нацистами для государственных преступников; по главному пункту обвинения («тайная подрывная деятельность против государства») суд оправдал его, однако признал виновным в «злоупотреблении кафедрой» и в сборе пожертвований в здании церкви, за что наложил на него штраф в размере двух тысяч марок и приговорил к семи месяцам тюремного заключения. Поскольку Нимёллер и без того уже отсидел больше положенного срока, суд постановил освободить его, но при выходе из зала суда он был схвачен гестапо, заключен под стражу и отправлен в концентрационный лагерь Заксенхаузен. Оттуда его переправили в лагерь Дахау, где он пробыл семь лет, пока его не освободили союзные войска.
