Исследователи отмечают, что к началу 80-х гг. XVI в. внутри англиканской церкви стала складываться новая ситуация. Существование в течение нескольких десятилетий протестантской церкви Англии сформировало определённую церковную традицию в противовес постоянным требованиям новаций со стороны пуритан. Такие деятели, как архиепископ Кентерберийский Уитгифт (1583–1604) и его поколение, всю свою сознательную жизнь провели в англиканской церкви, в эмиграцию на континент не выезжали и не имели теплых воспоминаний о европейских реформированных церквах, так что именно их усилиями стало обретать опору церковное устройство во главе с монархом, и это ограничивало влияние пуританского движения
.
Историки отмечают, что Уитгифт был серьёзным теоретиком и способным администратором, который начал проводить в отношении пуритан единую политику методичного натиска по возможности во всех епархиях, что сразу же спровоцировало в церкви кризис общенационального масштаба. Он выпустил распоряжения, требовавшие строгого соблюдения молитвенника 1559 г. и ношения предписанных для священника облачений, а, главное, все духовенство должно было подписаться под тремя статьями, специально подготовленными в качестве своего рода теста на конформизм: 1) королева признавалась главой церкви; 2) молитвенник, форма возведения в сан епископов, священников рассматривались как не содержащие ничего, противоречащего.Слову Божьему; 3) содержание 39 статей рассматривалось как полностью согласующееся с Писанием. Историки отмечали, что умеренные пуритане были озабочены этими новыми требованиями, а радикалы приняли вызов почти с удовольствием, предвкушая борьбу
.
Тайный совет, в который поступали жалобы с мест на действия церковных властей от джентльменов из графств, пытался вызвать Уитгифта на свое заседание, чтобы он отчитался о своей деятельности — светские патроны пытались заботиться о назначаемых ими священниках. В предыдущие годы, когда был приостановлен в исполнении должности архиепископ Кентерберийский Гриндел, Тайный совет привык вмешиваться в религиозные дела. Уитгифт упрекал Тайный совет за поддержку нонконформистов и попросил его членов не ставить под сомнение действия церковных властей и не наносить ущерб авторитету архиепископа вызовом отчитаться перед светским органом власти. Из-за противодействия светских лиц Уитгифт в борьбе с пуританами стал опираться на ещё один существовавший в системе администрации орган — церковную комиссию при королеве, которая стала Судом Высокой комиссии по церковным делам (the Court of High Commission). Он был составлен из единомышленников Уитгифта, не подчинялся Тайному совету и был более эффективным орудием
.
В среде пуритан наблюдались колебания относительно того, как вести себя в вопросе о подписи под тремя статьями. Переписка Уитгифта этого периода свидетельствует, что члены Тайного совета Уолсингем и Берли рекомендовали ему компромисс. Архиепископ согласился, что подпись священника под второй статьей о молитвеннике и форме возведения в сан епископов и священников может содержать различные оговорки, касавшиеся его религиозных сомнений. На этой основе был достигнут компромисс, так что число не подписавшихся под требованиями архиепископа священников в итоге выражалось единицами. Следует учитывать, однако, и то, что подпись под статьями не означала, что пуританский священник сразу оставит все свои наклонности. П. Коллинсон отмечает в связи с этим, что «неизвестно, кто кого перехитрил в 1584 г.», но для церковных властей выигрыш был в том, что единство церкви было сохранено. Действуя как опытный светский политик, Уитгифт отколол умеренных пуритан от радикалов, и такой способ действий, как считают исследователи, даже предопределил в будущем победу церковных властей над пуританским движением
. Вместе с тем Уитгифт разрабатывал новые способы борьбы с пуританами, начав использовать в Суде Высокой комиссии анкету из 24 вопросов, которые задавались подозреваемым в пуританских наклонностях священникам — так называемую клятву ex officio mero. На все вопросы допрашиваемый должен был отвечать откровенно, отказ отвечать рассматривался как признание вины. Этот метод дал результаты, поскольку пуритане отказывались говорить неправду в ответах на вопросы, касавшиеся их религиозных убеждений, осуждая ложь в таких случаях, но, по условиям процедуры, отказ вменялся в вину и мог привести к лишению прихода. Уитгифт настаивал, что иные способы борьбы с пуританами не дают результатов
.
В парламенте 1584/85 гг. пуритане предприняли ответную атаку на установленную церковь. По утверждениям специалистов, это была первая в истории парламента хорошо подготовленная на общенациональном уровне политическая кампания, где использовались подготовленные заранее сведения, действовали группы давления
.
Пуритане подготовили данные по 17 графствам о том, каково было положение с исполнением служб и поведением священников. Были описаны 2537 приходов, в которых, по данным пуритан, только 472 священника могли проповедовать, 1773 не проповедовали, были зафиксированы 467 плюралитетов. Были описаны случаи профессиональной непригодности пасторов, но упомянуты и достоинства, если таковые имелись. Некоторые случаи были просто вопиющими и, по замыслу пуритан, должны были производить впечатление лучше всякой пропаганды: например, священник одного из приходов в Уорикшире был известен всем не своими профессиональными качествами духовного лица, а тем, что лучше всех в округе лечил ястребов. Эти переписи отражали невысокий профессиональный уровень тех священников, которые получили приходы в начале правления Елизаветы и даже, возможно, ранее. Представители церковной иерархии пытались представить эти данные как клевету. Пуританские переписи 1584–1585 гг. публиковались на основе рукописных копий из фонда Morrice MSS в библиотеке доктора Уильямса
. Среди историков преобладает мнение, что сведения из переписей вполне заслуживают доверия
, и, по крайней мере, громкие скандалы не были выдуманы или искажены
.
Историки также показали, что на заседаниях парламента 1584/85 гг. выявилось и то, что не все пуритане придерживались планов пресвитерианского переустройства церкви, то есть, что пуританизм и пресвитерианство — не синонимы. Среди законопроектов, предлагавшихся пуританами, был один пресвитерианский, требовавший введения женевского молитвенника и системы церковного управления в англиканскую церковь без ликвидации епископального строя. Но в палате общин возобладало мнение, что рассматривать его не следует. Этот план выдвигала, прежде всего, лондонская организация пресвитериан во главе с Джоном Филдом, а джентри в графствах и священники из провинции не требовали таких радикальных изменений. Историки объясняют это тем, что введение пресвитерианской системы по полной программе, как осознавали депутаты нижней палаты, было чревато новым усилением духовенства: сами светские патроны могли стать объектом критики и цензуры нравов, а это не входило в их планы. Планы пресвитериан вошли в противоречие с интересами влиятельных светских лиц
.
Пресвитерианство, как считает П. Лейк, давало перевес духовным лицам в отношениях со светскими, поскольку священники и меньшинство избранных, в кальвинистских понятиях, «истинных верующих», опираясь на пресвитерианские идеи, чувствовали себя в общине выше по статусу, чем большинство, не относившееся к числу тех, кого можно было рассматривать как избранных. В управлении пресвитерианской общиной создавался строй самоизбранных олигархических групп во главе со священником и выборными старостами, хотя эти полномочия руководство пресвитерианской общины получало от проголосовавших за них прихожан. Монарху в случае установления в церкви пресвитерианского строя, как считает П. Лейк, оставляли лишь право дальнейшего очищения церкви от остатков папизма и коррупции, но отказывали в праве повседневного руководства церковными делами
.