По словам П. Мак-Грата, «агрессивный боевой дух прежних времён нашел теперь выход в пасторском, пиетистском пуританизме, где главными врагами были мир, человеческая плоть, а не архиепископы и епископы»
. Главным жанром пуританской литературы стала проповедь, духовное наставление, указывающее путь к спасению. Проповедники тщательно препарировали внутреннее состояние души, отыскивая свидетельства избрания к спасению или гибели. Самым популярным пуританским проповедником этих лет был Уильям Перкинс — его труды и проповеди содержали диаграммы с наглядной демонстрацией путей спасения. В 1590–1640 гг. вышло более 200 изданий его сочинений
.
Издание проповедей пуританских священников было настолько востребовано, что превратилось в конце XVI — начале XVII в., по словам Р.Т. Кендалла, в своего рода индустрию. Самыми популярными пуританскими проповедниками, наряду с Перкинсом, были Ричард Гринхэм, Генри «Сереброязычный» (Silver-Tongued) Смит, Ричард Роджерс, Артур Дент и ещё несколько человек, чьи проповеди выходили в начале XVII в. десятками изданий
. Историки изучали также пуританские дневники, отметив как характерную черту их содержания то, что пуритане обычно считали себя группой избранных, а не членами единой церкви
.
При этом пуританская организация, по мнению исследователей, в 1590-е гг. скорее «дремала», чем была полностью разгромлена
. По мнению П. Коллинсона, анклавы пуританизма продолжали существовать даже в виде сохранявшихся собраний пуританского духовенства. Один такой центр находился у города Сент-Олбанса, неподалёку от Лондона, где находилось имение Бэконов Горхэмбери, под покровительством матери Энтони и Фрэнсиса Бэконов, леди Анны, предоставившей укрытие пуританским священникам. Сохранились также свидетельства о существовании «классов» в Норгемптоншире, Уорикшире, Девоншире, Корнуолле
.
Существует мнение, что, несмотря на полемику церковной администрации с пресвитерианами, в конце XVI — начале XVII в. господствующей доктриной в церкви Англии был кальвинизм, который защищало руководство церкви. Показательным в этом отношении был спор о предопределении, активизировавшийся в 1595 г. в Кембридже, в ходе которого Питер Баро, профессор богословия, и один из его учеников, Уильям Бэррет, к которым примкнули Ланселот Эндрюс и Джон Оверолл, высказали мнение о спасении, расходящиеся с кальвинистской ортодоксией. Они отрицали безусловное предопределение к спасению одних и осуждение на гибель других, и сблизились с позицией Якоба Арминия (1560—1609) — нидерландского кальвиниста, который не соглашался с жесткой кальвинистской точкой зрения, в соответствии с которой избрание к спасению не зависит от воли и действий человека, и утверждал, что никто не может быть уверен в безусловном спасении, вера человека может быть потеряна, Христос же умер за всех людей, а не только за избранных
.
В споре о предопределении дискуссионным было толкование слов апостола Павла: «уповаем на Бога живого, Который есть Спаситель всех человеков, а наипаче верных» (Первое Послание к Тимофею, 4:10)
. Такое высказывание могло быть использовано для отстаивания тезиса о спасении всех. Но У. Перкинс писал в связи с этим, что, если бы все были избранными, избрание к спасению потеряло бы всякий смысл. Кальвинисты пытались толковать это место, предполагая, например, что спасутся люди всех званий и положений. Распространено было и мнение Фомы Аквинского, что Бог желает, чтобы были спасены все, но это желание условное, не абсолютное, и спасение зависит от веры. Точка зрения Фомы Аквинского открывала для некоторых путь к тезису, что на спасение влияет воля и поведение человека, который впоследствии в споре с ортодоксальными кальвинистами стал отстаивать Арминий. Как отмечают исследователи, в кальвинизме наметилась даже противохристианская по своей сущности тенденция, выражавшаяся в том, что предвечное избрание Богом части людей к спасению затмевало искупительную жертву Христа
.
Архиепископ Кентерберийский Уитгифт признал в 1595 г., что высказанные о предопределении мнения принадлежали к области спорных вопросов, но по итогам консультаций и совещаний с главами колледжей Кембриджа Уитгифт утвердил 20 ноября 1595 г. т.н. 9 Ламбетских статей, которые утверждали ортодоксальное кальвинистское «двойное предопределение» (одних к спасению, других к гибели) и тезис о том, что предопределение не зависит от человека, а только от воли Бога. Королева Елизавета критиковала архиепископа за то, что он вообще дал возможность разгореться этому спору, и не разрешила публикацию 9 статей
.
Последней попыткой изменить строй управления церкви Англии действиями изнутри церковной организации историки пуританизма считают события, связанные с проведением конференции в Хэмптон Корте в январе 1604 г. с участием короля Якова I (1603–1625), епископов и пуритан. Конференция состоялась уже после смерти королевы Елизаветы, но именно она рассматривается в британской историографии как событие, ознаменовавшее окончание пуританского движения периода правления Елизаветы со всеми присущими ему особенностями. Пуритане испытывали большие надежды на изменения в религиозной политике в связи с восшествием на престол короля Якова I Стюарта (1603–1625), считая, что король, видевший в действии пресвитерианскую систему в Шотландии, неизбежно должен испытать её влияние. Но, как отмечают историки, Яков I во время ведения переговоров о наследовании английского престола стремился не оттолкнуть от себя ни одну религиозную партию среди англичан, включая католиков. При этом за время правления в Шотландии Яков I утвердился во мнении, что священники непременно должны быть способны самостоятельно проповедовать, не имел склонности к церемониям в службе. Ф. Бэкон рекомендовал Якову I, чтобы на всю страну было распространено действие института странствующих проповедников, но епископы с большим трудом уговорили Якова отказаться от проекта, поскольку это могло стать средством дальнейшего распространения пуританизма
.
Как пишет П. Коллинсон, события после восшествия на престол Якова I показали, что пуританские организации в стране продолжали своё существование — пуритане смогли развернуть новую кампанию за продолжение Реформации в значительной степени теми же методами, что и в 1584–1589 годах, в тех же районах страны, частично во главе с теми же людьми, так что корни пуританизма, по его мнению, несмотря на преследования, не были даже серьёзно поколеблены, не говоря уже о подавлении
.
Историки показали, что главной формой деятельности пуритан в этот период была подача петиций королю. Результатом этой петиционной кампании была подготовка, прежде всего, так называемой «Тысячной петиции» (The Millenary Petition). Исследователи отмечают, что в действительности неизвестно, сколько человек подписали её. Т. Фуллер в середине XVII в. называл цифру в 750 подписей, С.Р. Гардинер во второй половине XIX в. полагал, что подписей как таковых вообще не было — авторы и составители лишь получали письма поддержки
. «Тысячная петиция» рассматривается историками как обобщённые требования умеренных пуритан
. В ней говорилось о необходимости ограничения плюралитетов, о повышении жалованья тем священникам, которые способны самостоятельно проповедовать, путем объединения небольших приходов и возвращения в руки церкви прав взимания десятины там, где они оказались в руках светских лиц. Исследователи считают это первым отчётливым выдвижением пуританами экономических требований
. При этом составители петиции предлагали провести конференцию между епископами и представителями пуритан, а в ходе конференции надеялись склонить монарха к возможности реализации выдвинутых ими предложении о проведении реформ в церкви
. В оценке умеренного характера «Тысячной петиции» среди историков были разногласия — обращалось внимание на то, что «Тысячная петиция» содержала пункты, из которых, в сущности, можно было развернуть все характерные черты пресвитерианского церковного устройства (например, из требования о том, что никто не может быть отлучён от причастия без согласия священника в своей общине). Это могло быть причиной осуждения «Тысячной петиции» пуританами из университетов
.
