Сепаратисты признавали возможность созыва синодов для решения церковных дел, но это считалось человеческим установлением, поскольку Христос и апостолы нигде не заповедовали созыв синодов как обязательный. Факт возможности созыва синодов сепаратисты обосновывали текстом из Деяний апостолов 15, но принимаемые таким синодом решения, как считали сепаратисты, не должны были навязываться другим церквам. Вопрос о взаимных связях между церковными общинами у сепаратистов не был разработан. Инструментов для урегулирования споров в сепаратистской среде тоже не было, и сепаратисты не могли договориться по спорным вопросам в случае их возникновения. В 1620-е гг. в общинах английских сепаратистов в Нидерландах бывало, что одна община не хотела принимать сепаратиста из другой общины, считая его недостаточно подходящим по моральным качествам для «сообщества избранных»
.
Радикальные пуритане и сепаратисты признавали, как и Кальвин, что истинную веру в сердцах людей невозможно утвердить насильственными методами
. В то же время и радикальные пуритане, и сепаратисты считали, что магистрат для поддержания единообразия в церкви и подавления явного идолопоклонства может предпринимать принудительные меры, так что радикальные пуритане и сепаратисты, занимая позицию, аналогичную взглядам Кальвина, как отмечали исследователи ещё в первой половине XX в., не были сторонниками идеи о возможности существования в обществе религиозных свобод в современном смысле
.
Исследователи отмечают, что даже радикальные пуритане были достаточно консервативны в социальных вопросах и почтительно относились к существующей власти
. По мнению пуритан, в случае беспорядков в церкви, распространения идолопоклонства, схизмы или ереси магистрат имел право наказывать нарушителей. Церковь, как считали пуритане, обладала полномочиями устанавливать наказания лишь в духовной сфере, в то время как гражданская власть имела право устанавливать телесные наказания, вводить конфискацию имущества в отношении тех, кто выступал против существовавшего церковного устройства
.
Как отмечают исследователи, во взглядах английских пресвитериан всё же присутствовали опасные и подрывные по характеру идеи, которые воспринимались властями как политическая угроза. Т. Картрайт ограничивал юрисдикцию монарха в религиозных делах тем, что повелевает делать в этой сфере Св. Писание
. Одним из выводов во взглядах радикальных пуритан было мнение, согласно которому, если светская власть требует чего-то, противоречащего воле Бога, этой власти не следует повиноваться в таком требовании
. Революционные аспекты кальвинизма в ещё большей степени проявились у последователей Кальвина — Теодора Безы, Джона Нокса, Пьера Вире (Viret), Кристофера Гудмена
.
Решающим вопросом для радикальных пуритан в их взаимоотношениях с государством фактически становился вопрос о том, кто будет решать — правы ли они, или же прав монарх в истолковании Св. Писания. Радикальные пуритане при Елизавете склонялись к тому, что определение правой стороны в случае спора, безусловно, принадлежало церкви, так что магистрат, светская власть оказывались подчиненными руководству пресвитерианских общин
.
По мнению С. Брэчлоу, П. Лейк выдвинул спорное мнение, что Уильям Брэдшоу, «не отделившийся конгрегационалист», выдвинул свой план церковного устройства, чтобы избежать противоречий с идеей о королевской супрематии в церкви. Согласно идее Брэдшоу, монарх должен был подчиняться духовной власти только той религиозной общины, в которой он непосредственно состоял, и старосты в церкви не должны были покушаться на верховенство монарха в светских делах
. С. Брэчлоу не находит свидетельств того, что Брэдшоу разработал этот план церковного управления для того, чтобы избежать конфликта с королевской супрематией. Конгрегационалисты никогда не отказывались от фундаментального принципа опоры в своих действиях в первую очередь на Св. Писание, а этот потенциально подрывной принцип в определённых условиях мог вылиться в неподчинение монарху. Религиозные радикалы-англичане времени правления Якова I не поддерживали полную религиозную терпимость и считали её даже скандальной в том виде, как она существовала в Нидерландах. В случае внутрицерковных споров конечной инстанцией, которая могла бы разрешить их, конгрегационалисты считали магистрат, аналогии чему находили в Ветхом Завете в книге Второзаконие. С. Брэчлоу считает, что конгрегационалисты времени правления Якова I оставались монархистами, но в спорных вопросах церковной доктрины между монархией и церковью они отдавали приоритет церкви — так же, как в правление Елизаветы думали пресвитериане
.
С. Брэчлоу считает ошибочным представление о сепаратистах как новаторах, которые якобы придерживались идеи полного разделения светской и церковной сфер общественной жизни и содействовали утверждению в обществе религиозной терпимости, как в первой половине и середине XX в. представлялось целому ряду известных исследователей
. С. Брэчлоу считает, что у сепаратистов оставлялись полномочия в церковной жизни магистрату с тем, чтобы светская власть своими силами обеспечила установление в стране истинной религии. Получалось, что добровольный характер принятия истинной религии и членства в истинной церкви должна была обеспечить принудительная сила государства: к истине можно было приводить даже силой. Охранительные функции магистрата по отношению к церкви впервые отвергли только баптисты (Джон Смит в трактате «Характер зверя» (1609))
.
С. Брэчлоу возражает распространённой среди историков тенденции к тому, чтобы определять радикальных пуритан и сепаратистов как две резко отличавшиеся друг от друга группы. Радикальные пуритане и сепаратисты, по его мнению, имели очень много общего в понимании вопросов, связанных с устройством истинной церкви. С. Брэчлоу считает, что приходы, руководимые радикальными пуританами, часто были фактически сепаратистскими, так что в практическом плане существовавшие различия во взглядах между радикальными пуританами и сепаратистами переставали играть большую роль. Разногласия между радикальными пуританами и сепаратистами, полагает С. Брэчлоу, были не так велики, несмотря на то, что радикальные пуритане не хотели этого признавать. Но из этого, по мнению С. Брэчлоу, всё же не следует делать вывод, который делал с пропагандистскими целями видный администратор в церкви Англии конца XVI — начала XVII вв. Ричард Бэнкрофт, утверждавший, что пуританизм может развиваться только в направлении сепаратизма. Попытки провести отчетливые идейные различия между пуританами-пресвитерианами и сепаратистами-конгрегационалистами, как считает С. Брэчлоу, сопряжены со схоластическими натяжками, хотя сами радикальные пуритане и сепаратисты отличали себя друг от друга тем, что первые признавали церковь Англии истинной церковью, а вторые выходили из неё, считая не поддающейся исправлению. По мнению С. Брэчлоу, из радикального пуританизма начала XVII в. развились пресвитерианство, а также индененденты-конгрегационалисты времён Английской революции середины XVII века
.
Как писал К. Хилл, происхождение сепаратизма в определённой мере было связано с библейскими идеями: например, Деяния святых Апостолов (4:32–37) описывают общность имущества в раннехристианской церкви, что стало использоваться также и сектантами времен Английской революции середины XVII в. — диггерами, рантерами. По мнению Хилла, Библия не создала новой политической философии: она стала использоваться как «портфель с цитатами, которые могли оправдать всё, что данная личность или группа хотели делать». Библия и христианская религия развивались в течение веков и вобрали в себя много различных социальных интересов. К. Хилл считал, что слово «секта» не следует употреблять для периода до 1660 г. Он высказывал мнение, что январь 1649 г., время казни короля Карла I, можно, видимо, считать высшей точкой развития английского радикального милленаризма и влияния Библии на английскую политику
.
