Затем десанты морской пехоты были высажены 28 марта 1945 г. на левом берегу Дуная у Мокша и Комарно, а 29 марта высадка производилась в порту Комарно. При этом 2 советских суда были повреждены артиллерийским огнем немецко-венгерских войск. Позднее, когда Советская Армия, двигаясь по правому берегу Дуная, уже подошла к Вене, на левом берегу у Прессбурга она была задержана немецко-словацкими войсками. 30 марта 1945 г. Дунайская флотилия обеспечила переправу войск у Комарно, а 4 апреля 1945 г. она обеспечивала переправу войск в тылу немцев к западу от Прессбурга, ее конечным результатом было дальнейшее отступление немцев.
В связи с боями за Вену немцы оставили только один мост (Рейхсбрюкке), а остальные взорвали. Дунайская флотилия получила приказ не допустить взрыва этого моста. В 13.00 11 апреля 1945 г. советские бронекатера, поддержанные с берега артиллерией, выполнили задачу захвата этого моста. В операции участвовали 3 бронекатера и несколько судов с десантом. В то время как десант высаживался на берег в ста метрах от моста вниз по течению, три бронекатера прошли вперед и приняли на себя огонь артиллерии. Высаженные подразделения морской пехоты быстро овладели мостом и перерезали кабели, ведущие к зарядам, подготовленным для взрыва моста. В дальнейшем мост удерживался, несмотря на атаки немцев. 13 апреля к мосту подошли соединения 2-ro Украинского фронта. По немецким данным, в этой операции они подожгли 4 бронекатера.
Кроме того, Дунайская флотилия участвовала в боях за Тульн и в последние дни войны (группа из 8 бронекатеров) имела последнюю и безрезультатную встречу с немецкими кораблями в районе города Мельк.
Советская Дунайская флотилия провела в 1944–1945 гг. многочисленные успешные операции. Она также обеспечила перевозки в интересах армии, хотя и имела при этом некоторые потери. Операции, связанные с обходным маневром по Ференц-каналу и с захватом моста Рейхсбрюкке, являются свидетельством исключительной инициативы русских. Так как русская Дунайская флотилия была укомплектована исключительно бронекатерами с реактивными установками или 75-мм противотанковыми орудиями, немецко-венгерская флотилия не могла себе позволить вступить с ними хотя бы в один бой.
Немецкая Дунайская флотилия не имела в своем составе быстроходных и сильно вооруженных кораблей. На совещании в ставке фюрера 8 января 1944 г. обсуждались предложения строительства для Дуная мониторов, которые можно было бы использовать также и в Черном море. Эти предложения были отклонены гросс-адмиралом Деницем, в связи с большими заказами, которые уже получила судостроительная промышленность. В свою очередь, он поставил вопрос о вооружении имевшихся на Дунае 4 буксиров. Кроме того, 24 января 1944 г. он предложил для Дунайской флотилии 6 быстроходных десантных барж, которые предполагалось вооружить артиллерией калибра 105 мм.
Имевшиеся немецкие корабли в разное время осенью и зимой 1944 года действовали против советских войск в районе Будапешт-Комарно. Подвоз грузов гарнизону окруженного Будапешта пытались осуществить торговыми судами, которым нужно было проходить по Дунаю участок длиной 130 км, полностью контролируемый русскими. С этой целью в распоряжение егерского соединения СС «Донау» 29 декабря 1944 года прибыла современная моторная баржа, имевшая команду 16 чел. На ней была счетверенная зенитная установка. 31 декабря 1944 г. баржа прибыла в Комарно. Там ее полностью загрузили боеприпасами и снаряжением, а затем она пошла в Будапешт. По пути подверглась неоднократным обстрелам, и тем не менее ей удалось пройти разрушенный мост в районе Грон. При попытке пройти мимо развалин следующего моста, расположенного в 17 км от Будапешта, она села на мель. Экипажу баржи удалось на яликах и надувных лодках добраться до Будапешта. В последующие 6 ночей большая часть груза моторной баржи была переправлена в Будапешт с помощью венгерского бронекатера и 5 саперных катеров.
При обороне Прессбурга применялась 1-я боевая группа, но вскоре она должна была отойти из-за недостатка боеприпасов. К этому времени единственная современная немецкая речная канонерская лодка «Бехеларен» на несколько месяцев до середины апреля 1945 г. была выведена на перевооружение на судоверфь в Линц. Немцы считали, что для пушек этого чешского корабля больше нет снарядов калибра 60 мм, но после того, как корабль был перевооружен, они нашли на каких-то забытых складах огромные запасы этих боеприпасов.
Корабли немецкой Дунайской флотилии, отходя на запад, заминировали Дунай от Прессбурга до Хайнбурга; все суда, которые встречались по пути в Вену, подрывались. С берегов снимались окруженные немецкие части. Корабли подвергались атакам советских истребителей и понесли тяжелые потери. С прибытием в Вену они участвовали в ее обороне, а с ее эвакуацией отошли в район Мелька. По одному из сообщений, советские моторные канонерские лодки были на подходе. 8 мая немецкие корабли с «Бехелареном» снова спустились вниз по реке и несколькими выстрелами отогнали советские корабли. Капитуляция застала корабли немецкой Дунайской флотилии в районе Мель-Линц. 10 мая 1945 г. корабли с большим количеством войск и раненых прибыли в Линц и сдались в плен американцам.
При рассмотрении деятельности немецкой Дунайской флотилии нельзя упускать из внимания то, что морские артиллерийские лихтеры и артиллерийские баржи самостоятельно могли передвигаться только по медленному течению нижнего Дуная, а выше Железных Ворот их приходилось тянуть на буксире. Попытки инспекции минно-тральной службы на Дунае приспособить имевшиеся гражданские суда для военных целей не достигли успеха. Дунайские буксиры, которые перестраивались в канонерские лодки, так и не были введены в строй до капитуляции. Предлагалось также перестроить дунайские пароходы, установить в их трюмах танки, которые смогли бы вести огонь поверх палубы. Эти корабли должны были получить защиту из броневых листов. Но переговоры затянулись. Армия не хотела давать танки, пароходства — хорошие корабли. Наконец, IMRDD было уполномочено выбирать поврежденные танки на полях боев, но из-за отсутствия транспортных средств их невозможно было вывезти. Так же медленно происходило вооружение быстроходных десантных барж, поскольку из Киля не подавалась артиллерия, потому что там не успевали демонтировать вышедшие из строя корабли. Когда же, наконец, все было закончено и самоходные морские паромы находились в движении на юг, приказом адмирала Адриа они были перемещены в Италию.
Чтобы восполнить недостаток в кораблях, пригодных для действий на речных театрах, немцы осенью 1944 г. передислоцировали на Дунай малые боевые средства и создали из них две группы, находившиеся в распоряжении групп ВМС «Юг» и «Юго-Восток». Одна группа в период с ноября по декабрь 1944 г. находилась в районе Будапешт — Вена — Линц, а также на озерах Балатон и Нейзидлер. Она провела значительные работы на Дунае по взрывам различных объектов, а затем при обеспечении отхода из Вены понесла значительные потери; часть кораблей попала в русский плен.
Вторая группа кораблей действовала на реке Драва. Она состояла из роты взрывающихся катеров, штурмовой морской роты и роты подрывников, имевших на вооружении комплект торпед. В феврале 1945 г. эта группа катеров прибыла в Аграм. Первая задача, которая возникла перед ней, состояла в уничтожении русского понтонного моста, расположенного на Дунае в 30–40 км от устья Дравы. Выход катеров осуществлялся из устья Дравы. Атака не удалась, немцы потеряли несколько катеров. Затем катера действовали некоторое время к югу и северу от Нойзатца. В дальнейшем эти действия были прерваны переходом русских через Дунай и начавшимся их наступлением. Катера своевременно вскрыли подготовку русских к форсированию и доложили об этом. Однако командование армейских соединений посчитало наступление русских маловероятным.
