Стычки между ректоратом и профессурой происходят на совершенно разной почве. Когда Столетов по просьбе студентов начинает читать дополнительные лекции по физике, то он получает выговор от Боголепова за то, что эти лекции никак не были утверждены начальством.
В другой раз Александр Григорьевич решает найти материальную поддержку для служащих университета, получавших в месяц всего 6 рублей и женам которых ректор запретил стирать белье – т. е. получать хоть какой-то дополнительный заработок. Тот год был неурожайным, и цены на хлеб взлетели вдвое. Из-за голода умер один из служащих. Тогда Столетов составляет протокол о положении дел попечителю учебного округа графу Капнисту. На это граф отвечает, что в «протоколе заключаются неуместные и резкие выражения относительно действий правления», и возмущается тем, что Столетов якобы добыл эти сведения «частным обращением к писцу канцелярии правления» без ведома ректора или секретаря. На что Александр Григорьевич подробно объясняет, что секретарь сам дал разрешение. Капнист удовлетворяется таким ответом, но вот Боголепов во всеуслышание принимается утверждать, что Столетов самовольно взял документы, то есть, по сути, украл. Клевета вскоре обнаруживается, но ректор отказывается извиниться перед профессором. После этого случая Столетов перестал подавать Боголепову руку.
В конце 1892 года перед студенческим концертом Боголепов получает анонимное угрожающее письмо.
«При существующей нравственной распущенности кто из нас не получал подобных писем? – пишет в своих записках Марковников. – Я долго этим возмущался, но при общем равнодушии остальных давно уже примирился. Ректор же вздумал объясняться с первокурсниками на лекции, расплакался и благодарил их за сочувствие его распоряжениям. Первокурсники затеяли адрес; все остальные студенты, особенно естественники, этого не одобрили. Началась сумятица, которая еще усилилась, когда ректор пригласил к себе распорядителей концерта, чтобы благодарить за охранение его личности. Распорядители решили ответить, что они охраняли по обязанности вообще порядок, и когда начали говорить в этом духе, то выскочил юрист и начал трогательную речь. Остальные повернулись, и один за другим ушли. Толки и смута усилились. Естественники и медики возмущаются раболепством юристов».
После этой истории Боголепов подает в отставку. Попечитель университета просит преподавательский состав подписать письмо ректору с просьбой забрать свое заявление. Столетов и другие передовые профессора наотрез отказываются добавлять туда свои фамилии.
На одном из заседаний по организации IX съезда естествоиспытателей и врачей Некрасов начинает хвалебную оду в честь ректора. Александр Григорьевич, выведенный из обычного для себя терпения этими пошлостями, высказывает то, что он думает о ректоре, и удаляется с заседания, потому что Некрасов уже принялся говорить в адрес ученого различные дерзости.
24 декабря все члены комитета получили от Некрасова торжественные письма:
«Заслуженный профессор А. Г. Столетов позволил себе во всеуслышание присоединить при упоминании о ректоре столь оскорбительные и дерзкие выражения, что по чувству приличия я не решаюсь приводить их здесь.
Находя, что эти выражения, по их буквальному смыслу оскорбительные для чести университета, вытекали, однако, лишь из личного необузданного раздражения, и сохраняя притом чувства искреннего уважения к А. Г. Столетову как к моему учителю, я тем не менее не могу не оскорбляться столь возмутительною неосторожностью его в обращении с тем, что близко затрагивает более всего для нас дорогую честь университета».
Заканчивая письмо, Некрасов грозит, что сложит с себя звание члена комитета, если комитет не выскажет свое порицание Столетову.
И тогда в Москву из Петербурга приезжает министр просвещения Делянов.
«27-го января, – вспоминал Марковников, – попечитель уведомил меня и Столетова, что министр требует нас к себе на другой день в 12 часов. При этом свидании присутствовал и попечитель. Не рассчитывая на какой-либо успех, мы со Столетовым решили, однако, откровенно указать министру на те поступки ректора, которые не позволяют его считать человеком, способным быть представителем университетской корпорации… Делянов прямо начал разговор резко поставленным вопросом: „Скажите нам, в чем вы недовольны ректором?“»
Профессора молчат. После дважды повторенного вопроса Столетов и Марковников отмечают, что «целый ряд мелких и крупных случаев достаточно ясно показывали, что г. ректор далеко не беспристрастно относится к лицам, почему-либо ему несимпатичным, и в своих отношениях к профессорам позволяет себе такой тон, с которым трудно примириться». Александр Григорьевич рассказывает, как на последней своей встрече Боголепов позволил себе повысить голос и просто-напросто накричать на Столетова.
– Я полагаю, – заключает он, – что, как заслуженный профессор, могу рассчитывать на более деликатное с собой обращение.
Марковников рассказывает о том, что ректор всем своим видом показывает, что хочет ввести в университете чисто административные порядки. Не забыта еще та фраза: «Я всегда более поверю чиновнику канцелярии, чем профессору». Из-за них, по словам Марковникова, секретари правления могут позволять себе крайне невежливое обращение с лаборантами, которых так или иначе приходится посылать в правление за различными справками.
Наконец заходит разговор и об отставке ректора. И Делянов переходит на «застращивание»:
– Если случатся какие-нибудь беспорядки и волнения между студентами, то это может отозваться для вас весьма дурно.
Столетов и Марковников потрясенно моргают. Это угроза?! Почти дрожа от негодования, Марковников отвечает:
– Что же делать! Я думал, что 30 лет добросовестно исполнял свои обязанности и служил, что называется, верой и правдой. Придется переменить убеждение и думать, что я ошибался.
«Затем мы ушли, и два сиятельных проходимца, ненавидящих друг друга, но ловко умеющих приноравливаться к обстоятельствам, остались одни для совещания».
Примерно в это же время в Императорской академии наук открывается вакансия по физике. Александру Григорьевичу приходит письмо, что он был единогласно признан единственным кандидатом. Всем передовым людям было ясно, что Столетов – первый физик России. Дело о его избрании представлялось всем настолько ясным, что здесь и обсуждать-то было нечего: его даже приглашают осмотреть физический кабинет академии и внести свои предложения по его реорганизации.
«4 августа сего года я дослуживаю 30-летие, – пишет он Михельсону, – так что переход к тому времени в Петербург являлся особенно своевременным: получив полную пенсию, я имел бы жалованье, так и надеялся остаток жизни провести без лекций (и особенно без экзаменов!) и что-нибудь сделать для академии, где кафедра физики остается без жизни со смерти Ленца».
Но когда слухи о ректорской истории дошли до президента академии, великого князя Константина Константиновича, августейшая особа приостановила дело об избрании Столетова.
Ученый пишет письмо графу Капнисту: