В 61 году до н. э. во время триумфального въезда Помпея в Рим за его колесницей шли дети парфянского, понтийского и армянского царей. Помпею оказывались неслыханные до этого почести и было предоставлено право носить лавровый венок и триумфальную одежду. Но и на этот раз Помпей не решился захватить власть в Риме и распустил свои легионы. Слабость Помпея как политика почувствовали все партии. Ни одна из них не оказала ему своей поддержки. Помпей не получил консульства на следующий год, обещание наделить ветеранов землей также не было выполнено сенатом.
В это время Помпею оказал помощь Цезарь, который, вооружившись против оптиматов, стал искать помощи Помпея, все еще пользовавшегося среди римского населения достаточной популярностью. С помощью Помпея и Красса Цезарь смог в 60 году до н. э. создать первый триумвират, а в 59 году до н. э. стал консулом.
С помощью Цезаря Помпей смог провести законы, которыми утверждались сделанные им на востоке распоряжения относительно наделения ветеранов земельными участками в Кампании. Все это привело к тому, что благодаря поддержке римского войска, населения и всадников, которым были облегчены их выкупные контракты, сенатская партия потерпела серьезное поражение и власть перешла в руки триумвиров. Для скрепления союза Цезарь выдал свою единственную дочь за Помпея.
В 58 году до н. э. Цезарь отбыл в Галлию, и Помпей во главе комиссии начал выделение ветеранам земельных участков. Кроме того, он построил в Риме новый театр, в котором после освящения были проведены гимнастические состязания и устроена травля диких зверей. Под конец Помпей показал гражданам Рима битву со слонами – невиданное до этого зрелище, поразившее римлян. Оно добавило Помпею как любовь населения, так и зависть к нему его противников. Вскоре в Риме при подстрекательстве демагогов, из которых самым активным оказался сторонник Цезаря Клодий, начались беспорядки. В числе преследуемых оказался и сам Помпей; Клодий несколько раз нападал на него и даже подвергал осаде его дом.
Пока Цезарь совершал свои подвиги в Галлии, Помпей продолжал бездействовать в Риме. Он передал войска и управление провинциями своим доверенным легатам, а сам проводил время со своей женой, переезжая из одного имения в другое. Это окончательно подорвало его авторитет среди римского населения. И когда Помпей попытался вернуть себе прежнюю власть и предложил назначить себя на пять лет проконсулом для упорядочения хлебного вопроса, с предоставлением себе войска и казны, сенат значительно урезал его полномочия. Помпей не получил ни войска, ни казны, ни власти над наместниками.
К этому времени относится начало вражды между Цезарем и Помпеем, который стал видеть в первом своего соперника. Однако время для разрыва между триумвирами пока не пришло. Опасаясь возвышения аристократической партии во главе с Катоном, триумвиры съехались в 56 году до н. э. в Луку. Достигнув примирения Помпея с Клодием, Цезарь предложил принять следующие меры: Помпею и Крассу оставаться в должности консулов в 55 году до н. э., затем, после истечения своих полномочий, Помпей должен на пять лет отправиться в качестве наместника в Испанию, а Красс – в Сирию; Цезарь сверх положенного срока оставался на пять лет наместником Галлии.
Но Помпей не отправился в Испанию, а под предлогом заботы о столице остался в Риме. Еще более обострились отношения между триумвирами в 54 году до н. э., когда при помощи подкупа в консулы были проведены два оптимата. В том же году умерла при родах жена Помпея Юлия, и родственные связи Помпея и Цезаря были тем самым разорваны. А в Сирии вскоре погибает Красс.
Воспользовавшись беспорядками, возникшими в Риме в 52 году до н. э. из-за убийства Клодия, Помпей выставил свою кандидатуру на диктаторскую власть и был назначен единоличным консулом. Ему удалось провести законы о подкупах, о буйствах и о праве наместничества в провинции лишь по истечении 5-летнего срока со времени сложения магистратуры.
Отношения Помпея и Цезаря все более обострялись. В 52 году до н. э. Помпей женился на дочери Квинта Цецилия Метелла Корнелии – вдове погибшего в войне с парфянами Публия (сына Красса), и тем самым он окончательно связал себя с сенатской партией. Помпей в поисках поддержки против усиливающейся власти Цезаря стремился сблизиться с сенатом и даже допустил, чтобы на 51 год до н. э. в консулы были избраны два представителя сената.
Когда в 50 году до н. э. Цезарь потребовал для себя консульства, то встретил резкие возражения Помпея, сославшегося на закон, запрещавший соединять магистратуру с промагистратурой. Помпей предложил Цезарю сложить с себя управление Галлией и распустить свои легионы. В ответ на это подкупленный Цезарем оптимат Курион предложил Помпею распустить свои войска и отказаться от наместничества в Испании. Помпей уклонился от определенного ответа, и тогда Курион вынес этот вопрос на рассмотрение всего сената и встретил поддержку. Решение сената также было поддержано и населением Рима. Оптиматы и Помпей решили пойти на крайний шаг и объявили войну Цезарю. Помпей получил полномочия производить набор войска.
Такие чрезвычайные меры были в резком противоречии с осторожным поведением Цезаря, который в начале 49 года до н. э. прислал Помпею письмо с предложением сохранить мир. Однако письмо Цезаря было резко отвергнуто, Цезарю было предложено к определенному сроку распустить свое войско под угрозой, что в противном случае с ним поступят, как с врагом отечества. В это же время Помпей был назначен главнокомандующим всеми сухопутными и морскими силами республики с неограниченной военной властью и правом свободного распоряжения казной. Вызов был принят, и Цезарь перешел Рубикон.
Поскольку Помпей окончательно перешел на сторону сената, он стал не столько предводителем оптиматов, сколько их наемным полководцем. Все это замедляло его военные приготовления, в то время как Цезарь быстро двигался к Риму с 5 тысячами пехоты и 300 всадниками. Получив известие о приближении войска Цезаря, Помпей отошел с войском в Луцерию, а затем в Брундизий, откуда переправился в Диррахий. Под его командованием теперь находились 11 легионов, 5 тысяч конницы и флот из 500 кораблей. После завоевания вотчины Помпея – Испании войска Цезаря зимой 49/48 года до н. э. стали переправляться в Грецию. Часть его войска успела переправиться, но легат Помпея Бибул сжег корабли, в то время как сам Помпей стеснил войска Цезаря в Диррахии. Все это вынудило Цезаря удалиться в Фессалию, куда следом за ним отправился и Помпей. Если бы Помпей действовал по собственному плану, то, вероятно, он смог бы повернуть кампанию в свою пользу, однако оптиматы нетерпеливо толкали его на решительные шаги, и по их настоянию в августе 48 года до н. э. Помпей был вынужден вступить в битву с Цезарем при Фарсале. Несмотря на значительный перевес войск Помпея над легионами Цезаря, сражение было проиграно. Помпей сразу пал духом и, бросив остатки своего войска, отправился на восток, чтобы там искать себе помощь.
Прибыв в Лесбос, Помпей взял на борт своего корабля жену Корнелию и младшего сына Секста и отплыл к Кипру, где был снабжен деньгами. Оттуда он направился в Египет, рассчитывая на помощь египетского царя Птолемея XII Диониса. Однако надежды Помпея на египетскую помощь оказались призрачными и привели его к роковому концу. Правившие вместо малолетнего египетского царя Потин, Теодот и Ахиллас – главные царские воспитатели и советники – в надежде заслужить благодарность Цезаря умертвили Помпея. Он был убит на следующий день после того, как ему исполнилось 58 лет. И Цезарь получил от египетских царедворцев голову и перстень своего главного врага. Тело Помпея было захоронено его солдатами, а полученную голову Цезарь сжег и пепел захоронил с особыми почестями.
