Несмотря на то что теперь численность русских войск сравнялась с французскими, Кутузов был против генерального сражения и считал для союзников выгодным затягивать войну. Императоры Александр I и Франц думали по другому – на военном совете было решено выступить навстречу Наполеону и дать ему бой при первой возможности. Встреча противников произошла у деревни Аустерлиц. Здесь 2 декабря вокруг Праценских высот развернулось жестокое сражение. Наполеон предугадал, что Кутузов будет стараться отрезать его от дороги к Вене и от Дуная, чтобы окружить или загнать к северу в горы. Поэтому он не стал прикрывать и защищать эту часть своих позиций и, преднамеренно отодвинув свой левый фланг, разместил на нем корпус Даву. Направлением своего главного удара Наполеон избрал Праценские высоты, напротив которых сосредоточил две трети всех своих сил. На рассвете русские и австрийцы начали наступление, но встретили упорное сопротивление Даву. Тогда император Александр против воли Кутузова отправил на подмогу атакующим корпус Коловрата, располагавшийся на Праценских высотах. Таким образом, к девяти часам утра основные силы союзников находились на их левом фланге и все благоприятствовало замыслу Наполеона. Французы перешли в наступление и нанесли удар в центр русско-австрийской позиции. Уже через два часа Праценские высоты были захвачены. Развернув на них батареи, Наполеон открыл убийственный огонь во фланг и тыл союзных войск, которые стали беспорядочно отступать через озеро Зачан. Множество русских было перебито картечью или утонуло в прудах, другие сдались в плен. После этого страшного поражения продолжать войну казалось невозможным – австрийский император запросил мира.
Аустерлицкое поражение окончательно лишило Кутузова расположения государя. В начале 1806 г. Александр сместил его с поста главнокомандующего и перевел в тыл. Летом 1809 г. его опять назначили Литовским военным губернатором. Здесь Кутузов пробыл два года, пока в марте 1811 г. не был вновь определен главнокомандующим Молдавской армией. Александр должен был пойти на этот шаг, чтобы закончить наконец войну, длившуюся уже пятый год и оттягивавшую на себя значительную часть русских войск.
Прибыв в апреле в Бухарест, Кутузов начал с того, что стянул в один кулак силы, распыленные до этого по всей Румынии и Молдавии. Затем он двинулся под Рущук. Эта крепость была единственным опорным пунктом русских на правом, турецком, берегу Дуная. Турецкий полководец Ахмет-бей во главе 60-тысячной армии подступил к Рущуку, намериваясь захватить крепость, перейти Дунай и дать русским генеральное сражение у Бухареста. Кутузов ожидал его, имея под своим началом всего 15 тыс. солдат. Тем не менее 4 июля русские, встретившие противника в поле перед крепостью, мужественно отбили все атаки турецкой конницы и в решающий момент вместе с гарнизоном Рущука контратаковали. Турки бежали, потеряв до 5 тыс. человек. Однако Кутузов сделал все, чтобы убедить врага в своей слабости: приказал взорвать укрепления в Рущуке и всем войскам переправиться на левый берег Дуная. Это решение оказалось неожиданным и для своих, и для врагов. Император был недоволен, товарищи недоумевали. Кутузова упрекали в нерешительности, чуть ли не в трусости, но он никому не объявлял своих замыслов. Турки были поражены не меньше победителей. Ахмет-бей некоторое время ждал атаки русских в укрепленном лагере, но, узнав об отступлении Кутузова, отправил в Стамбул известие о своей победе. Он привел свои войска к Рущуку и разместил их неподалеку в укрепленном лагере, а через два месяца, в ночь на 28 августа, приказал начать переправу через Дунай. Кутузов не мешал этому. Заняв плацдарм, 40 тыс. турок стали спешно возводить на левом берегу Дуная укрепленный лагерь. Между тем Кутузов как раз и дожидался того, чтобы противник раздробил свои силы. 1 октября он скрытно переправил на правый берег восьмитысячный корпус генерала Маркова, который 2 октября внезапно атаковал лагерь Ахмет-бея у Рущука. Эта атака была настолько неожиданной, что турки в короткое время были разбиты и бежали. Марков без промедления установил пушки у Дуная против турецкого лагеря и начал обстреливать его с тыла. Одновременно основные силы стали теснить переправившихся с фронта. К обстрелу окруженных присоединились 14 кораблей Дунайской флотилии. 40-тысячная турецкая армия оказалась в ловушке. Зажатые со всех сторон на небольшой площади, турки каждый день несли огромные потери. Вскоре в лагере начался голод. Потеряв за несколько недель около двух третей своего состава, остатки окруженных войск (около 12 тыс.) вынуждены были капитулировать. Дунайская армия, представлявшая собой цвет турецких вооруженных сил, перестала существовать. Порте ничего не оставалось, как начать мирные переговоры. В Петербурге вздохнули с облегчением – бесконечная война завершилась. В конце октября Александр пожаловал Кутузову графское достоинство. Мирные переговоры завершились в мае 1812 г. подписанием договора, по условиям которого к России отошла Бессарабия.
В июне того же года «Великая армия» Наполеона перешла русскую границу – началась Отечественная война. В конце июля Александр возвел Кутузова в княжеское достоинство и подчинил ему все воинские силы в Петербурге, Кронштадте и Финляндии. 5 августа император поручил специально образованному Особому комитету решить вопрос о назначении главнокомандующего. После обсуждения шести кандидатур члены комитета единогласно остановились на Кутузове. 8 августа Александр подтвердил этот выбор своим указом, а уже 11 августа Кутузов выехал из Петербурга в армию. Толпы народа стояли на пути его следования, провожая полководца цветами и сердечными пожеланиями успеха. 17 августа новый главнокомандующий прибыл в деревню Царево-Займище, где располагалась штаб-квартира армии, и принял командование у Барклая-де-Толли.
22 августа отступающая русская армия достигла Бородинского поля. В тот же день генерал-квартирмейстер Толль записал: «По осмотре главнокомандующим позиции повелено было немедленно приступать к укреплению оной». Позиция была выбрана не случайно: ее фланги не могли быть обойдены, так как они хорошо прикрывались справа рекой, а слева – полосой лесов. Речки и овраги, находившиеся с фронта, мешали французской армии свободно маневрировать. Центр позиции опирался на Курганную высоту. Для укрепления левого фланга Кутузов приказал возвести три флеши. (Командование здесь было поручено Багратиону, поэтому они стали называться Багратионовскими.) Наполеону, который давно хотел навязать русским генеральное сражение, пришлось принять его на невыгодной для него позиции и применить фронтальный удар на узком участке фронта. Разрабатывая план битвы, он решил нанести главный удар в районе флешей, прорвать здесь позицию русской армии и выйти к ней в тыл. На этом направлении он сосредоточил главные силы. Бой начался на рассвете 26 августа артканонадой с обеих сторон. В шесть утра маршал Даву начал атаку флешей, но, несмотря на тройное превосходство в силах, был отбит. В восемь утра французы во второй раз ворвались на флеши и вновь были отброшены. Затем до 11 часов были сделаны еще четыре безуспешные атаки. Убийственный огонь русских батарей с Курганной высоты наносил французам жестокий урон. К 12 часам Наполеон сосредоточил против флешей две трети своей армии и почти всю артиллерию. Только после этого французы наконец смогли овладеть ими. Оборонявший флеши Багратион был смертельно ранен. Развивая успех, император перенес удар на Курганную высоту, двинув против нее 35 тыс. солдат и 300 орудий. Наконец, в четыре часа корпус Богарне с третьей атаки захватил высоту. Но, вопреки ожиданиям, прорыва русских позиций не произошло. Русские были только оттеснены, но продолжали упорно обороняться. Ни на одном направлении Наполеону не удалось достичь решительного успеха – Кутузов отступил, однако не был разбит. В шесть часов вечера Наполеон отвел свои войска на исходные позиции. Исход битвы, в которой с обеих сторон пало около 100 тыс. человек, остался нерешенным.
