Многие монастырские сооружения годуновского времени дошли до нас, но в перестроенном виде. Первая каменная постройка обители – это Троицкий соборный храм, возведенный в 1586 г. Первоначально собор был пятиглавым, с трех сторон его окружали открытые галереи, а с южной стороны была выстроена трапезная палата. Троицкий собор был летним храмом, предназначавшимся для торжественных богослужений. В 1581 г. в монастыре случился пожар, но восстановление обители началось сразу же.
За десятилетие были возведены каменные стены с башнями и въездными воротами. Святые (парадные) врата первоначально выходили к реке Костроме, под ними была выстроена церковь во имя воина Федора Стратилата и святой Ирины – в честь соименных царя Федора Иоанновича и царицы Ирины. В это же время строятся каменные кельи, погреба и настоятельские покои; в 1604 г. была сооружена каменная звонница, завершившая архитектурный ансамбль монастыря.
От первоначального убранства Троицкого собора сохранились три металлические двухстворчатые двери – дар Д. И. Годунова. В 1649 г. Троицкий храм обрушился от взрыва пороха, хранившегося в его подвалах. Взрывом двери были «совсем переломаны», но и их впоследствии восстановили, хотя расположение пластин было перепутано. Эти двери обиты медными листами, на которых изображены библейские пророчества и евангельские сюжеты; отдельные композиции обрамлены орнаментными валиками. Среди пророков и волхвов представлены языческий бог Аполлон, античные драматург Менандр и философ Платон, которых церковь причислила к провозвестникам христианской веры.
Зимней церковью, в которой совершались также и ежедневные службы, являлся храм Пресвятой Богородицы, до настоящего времени, к сожалению, не сохранившийся.
Главное боевое значение имели монастырские башни, в которых размещались бойницы с установленными в них крупными орудиями со снаряжением и полным «осадным нарядом». Для хранения пороха предназначалась специальная Пороховая башня (северо-восточная). Круглая форма угловых башен позволяла вести огонь в радиальном направлении, взаимодействуя с соседними и одновременно являясь удобным наблюдательным пунктом. В Водяной башне был устроен потайной вход к реке Костроме, который обеспечивал снабжение монастыря водой во время осады.
Одновременно с возведением стен и башен в монастыре строились жилые и хозяйственные каменные здания. Например, вдоль северной стены разместился Братский корпус, окна которого выходили на юг. Кельи у западной стены (справа от западных ворот) назывались Келарскими. С 1598 г., когда настоятелю Ипатьевского монастыря было присвоено звание архимандрита, корпус стал называться Наместническим.
В годы польско-шведской интервенции XVII в. Ипатьевский монастырь стал свидетелем одной из ярчайших страниц борьбы русского народа за независимость. Осенью 1608 г. западные районы и большая часть северных областей России были захвачены врагами, однако уже в ноябре выступили посадские люди Галича, к которым присоединились жители Вологды, Костромы и других городов. И в мае следующего года поляки и их сторонники во главе с воеводой Вельяминовым были изгнаны из города, но им удалось завладеть Ипатьевским монастырем. Слабо вооруженному войску ополченцев изгнать их было нелегко: монастырь-крепость мог противопоставить им 37 пушек, к тому же пороха и продовольствия у захватчиков было достаточно.
По приказу прибывшего в Кострому опытного воеводы Давида Жеребцова вокруг монастыря выкопали глубокий ров, за которым засели ополченцы, отрезав засевших в обители от всякого сообщения с внешним миром. Все попытки Вельяминова прорваться успехом не увенчались, т. к. ополченцы бились с иноземцами «день и ночь». Но чтобы взять крепость, нужно было взорвать ее стены, что и было сделано в ночь с 24 на 25 сентября 1609 г. Засевшие в монастыре поляки и их сторонники были уничтожены, а оставшиеся в живых нашли свою смерть на дне Святого озера (ныне Некрасовское). По преданию около 350 лет до этих событий оно стало могилой и для монголо-татарских завоевателей.
В Ипатьевском монастыре при Борисе Годунове жили в ссылке бояре Романовы, а в годы Смутного времени они получили монастырь в свое вотчинное владение как вознаграждение за опалу. Когда на Земском соборе 1614 г. юного Михаила Романова избрали царем, в монастырь явилось посольство от духовенства и бояр. Отрок Михаил Романов с матерью своей – инокиней Марфой – жил тогда в Наместническом корпусе, поэтому здание еще именовалось «палатами бояр Романовых». Посланные просили инокиню Марфу отпустить на царство юного сына, но старица, ссылаясь на его молодость, долго отказывала. Тогда архиепископ Рязанский взял в руки Феодоровско-Костромскую икону Божьей Матери и сказал старице Марфе и Михаилу: «Для чего же иконы Божьей Матери шествовали с нами в далекий путь? Если нас не слушаетесь, то ради Богоматери склонитесь на милость и не прогневайте Господа Бога». Против таких слов старица Марфа ничего не могла возразить и, упав на колени перед чудотворным образом, сказала: «Да будет воля Твоя, Владычица Небесная! В Твои руки предаю сына моего. Наставь его на путь истинный, на благо Себе и Отечеству».
В Троицком храме был отслужен первый благодарственный молебен за спасение России в Смутное время и за благоденствие нового царствующего дома. После этого стало укрепляться значение и благоденствие Ипатьевской обители. Монастырь состоит из Старого города (возведенного в 1586–1690 гг. на средства бояр Годуновых) и Нового (пристроенного в 1642–1643 гг. царем Михаилом Федоровичем Романовым).
В знак особого расположения царь Михаил Федорович передал в дар монастырю часть «ризы Господней», полученной от персидского шаха Аббаса, а также так называемое «царское место», изготовленное московскими резчиками по дереву. Основание его установлено на лежащих львах», «охраняющих» того, кто на нем восседает. Верх «царского места» венчает шатер, украшенный причудливой резьбой. В Троицком соборе оно находилось у южного столпа, а сейчас хранится в музее «Коломенское» – бывшем царском подмосковном селе.
Воцарение Петра I было разрушительным для Ипатьевской обители. В монастыре сняли часть колоколов, которые вместе с медными котлами отправили на переплавку в Москву. Последующие годы правления Петра Великого тоже не благоприятствовали обители, и в 1721 г. вновь назначенный архимандрит Гавриил писал в Святейший Синод: «нашел в Ипатьевском все ветхое… врата распалися и столпами деревянными подперты, всего же разорения в обители вкратце и описать невозможно».
В 1744 г. Ипатьевский монастырь стал резиденцией архиерея Костромской епархии, и поэтому с середины XVIII в. обитель стала расширяться и перестраиваться; возводились в ней и новые здания. Через три года в монастыре разместилась открывшаяся в Костромской епархии Духовная семинария – одна из старейших в России. В 1764 г. заканчивается строительство нового теплого храма в честь Рождества Пресвятой Богородицы, а в Троицком соборе был устроен новый иконостас, сохранившийся до нашего времени.
В 1767 г. Ипатьевский монастырь посетила императрица Екатерина II, участвовавшая 15 мая в Троицком соборе в Божественной литургии, восседая на царском месте – даре царя Михаила Федоровича. В начале 1834 г. костромское духовенство и почетные граждане города встречали у стен обители императора Николая I, который внимательно осмотрел монастырскую ризницу и кельи, в которых проживал юный Михаил Романов с матерью, и повелел восстановить эту «знаменитую по свершимся в ней событиям обитель и обновить все здания сего монастыря».
