Его исключили из института за нарушение этих правил. Он не стал подавать прошение о восстановлении: «Зачем мне были предметы института, когда сам он не признавал во мне человека и считал насилие и принуждение лучшим средством высшего образования». Его выслали из Петербурга на родину. И с этих пор борьба с существующей властью, ограничивающей свободу человека, стала его главной целью.
В Киеве он познакомился с членами некоторых революционных групп и стал убежденным противником самодержавия. В августе 1876 года он возвратился в Петербург, где установил связь с группой М.А. Натансона, и вскоре вошел в созданную не без его участия тайную организацию «Земля и воля». Весной следующего года отправился в Саратовскую губернию, чтобы познакомиться со старообрядцами и со временем вовлечь их в революционное движение. Религиозные раскольники ему подобно многим землевольцам представлялись «тайником народно-общинного духа». Казалось, что сектантам должны быть близки коммунистические идеи.
Осенью 1877 года он устроился учителем грамматики в селе Синенькине, где сблизился со старообрядцами. По его словам, «пришлось взять себя в ежовые рукавицы, ломать себя с ног до головы», выполняя необходимые обряды и обычаи, произнося молитвы и соблюдая посты. Но это происходило «даже с некоторою приятностью, а главное, с громадной пользой для развития воли и умения владеть собой».
За несколько месяцев он стал своим среди раскольников. Учтем, что было ему тогда 22 года. Он уже отдавал всю свою энергию делу, жертвовал своими жизненными удобствами и материальными благами во имя революции.
Весной 1878 года Михайлов вернулся в Петербург с намерением образовать новую группу для продолжения работы среди старообрядцев. Однако его ввели в руководящую группу «Земли и воли». Это было верным решением: он обладал всеми необходимыми качествами для организации конспиративной работы. Ее он поставил, как мы уже говорили раньше, вполне профессионально.
В ответ на суровые репрессии царского правительства он стал сторонником политической борьбы, приняв непосредственное участие в подготовке покушения Л.Ф. Мирского на начальника III отделения А.Р. Дрентельна (13 марта 1879 года) и покушения А.К. Соловьева на Александра II (2 апреля 1879 года). Михайлову удалось устроить Н.В. Клеточникова переписчиком в агентурную часть III отделения и в течение почти двух лет получать от него материалы о планах тайной полиции.
С момента образования «Народной воли» в августе 1879 года и до своего ареста в ноябре следующего года А.Д. Михайлов был одним из ее главных руководителей. По словам Желябова, Михайлов заботился о своей организации «с такой же страстной, внимательной до мелочи преданностью, с какой другие заботятся о счастье любимой женщины». Из политических требований Михайлов считал минимальными «земское учредительное собрание при общем избирательном праве, при свободе слова, печати и сходок». Как средство борьбы он делал ставку прежде всего на террор, предлагая «стрелять в самый центр».
Самым близким для него человеком среди членов Исполкома «Народной води» была А.П. Корба, с которой он познакомился в 1879 году. Он писал ей из тюрьмы: «Я не любил ни одной женщины, ни одного человека, как тебя». Под маской внешней холодности, которую обычно отмечали все знавшие его, скрывались сильный темперамент и романтичная преданность делу революции, открывающей путь к справедливости, правде, братскому единению людей.
28 ноября 1880 года А.Д. Михайлова арестовали в Петербурге при совершенно невероятных для такого конспиратора обстоятельствах. Он пошел в одну из фотомастерских получать карточки казненных народовольцев А.А. Квятковского и А.К. Преснякова. Его предупреждали, да он и сам понимал, что там может быть полицейская засада. И все-таки понадеялся на свое умение избегать слежки и ареста, которое до этого времени не подводило его…
После заточения в Трубецком бастионе Петропавловской крепости его судили в феврале 1882 года. Главным пунктом обвинения являлось активное участие в подготовке двух попыток цареубийства, что стало известно властям благодаря показаниям Г.Д. Гольденберга.
В дни судебного процесса он написал «Завещание», которое было передано на волю:
«Завещаю вам, братья, не расходовать сил для нас, но беречь их от всякой бесплодной гибели и употреблять их только в прямом стремлении к цели.
Завещаю вам, братья, издать постановления ИК от приговора Александру II и до объявления о нашей смерти включительно (т. е. от 26 августа 1879 г. до марта 1882 г.). При них приложите краткую историю деятельности организации и краткие биографии погибших членов ее.
Завещаю вам, братья, не посылайте слишком молодых людей в борьбу на смерть. Давайте окрепнуть их характерам, давайте время развить все их духовные силы.
Завещаю вам, братья, установить единообразную форму дачи показаний до суда, причем рекомендую вам отказываться от всяких объяснений на дознании, как бы ясны оговоры или сыскные сведения ни были. Это избавит вас от многих ошибок.
Завещаю вам, братья, еще на воле установить знакомства с родственниками один другого, чтобы в случае ареста и заключения вы могли поддерживать какие-либо сношения с оторванным товарищем. Этот прием в прямых ваших интересах. Он сохранит во многих случаях достоинство партии на суде. При закрытых судах, думаю, нет нужды отказываться от защитников.
Завещаю вам, братья, контролировать один другого во всякой практической деятельности, во всех мелочах, в образе жизни. Это спасет вас от неизбежных для каждого отдельного человека, но гибельных для всей организации ошибок. Надо, чтобы контроль вошел в сознание и принцип, чтобы он перестал быть обидным, чтобы личное самолюбие замолкло перед требованиями разума. Необходимо знать всем ближайшим товарищам, как человек живет, что он носит с собой, как записывает и что записывает, насколько он осторожен, наблюдателен, находчив. Изучайте друг друга. В этом сила, в этом совершенство отправлений организации.
Завещаю вам, братья, установить строжайшие сигнальные правила, которые спасали бы вас от повальных погромов.
Завещаю вам, братья, заботиться о нравственной удовлетворенности каждого члена организации. Это сохранит между вами мир и любовь; это сделает каждого из вас счастливым, сделает навсегда памятными дни, проведенные в вашем обществе.
Затем целую вас всех, дорогие братья, милые сестры, целую всех по одному и крепко, крепко прижимаю к груди, которая полна желанием, страстью, воодушевляющими и вас. Простите, не поминайте лихом. Если я сделал кому-либо неприятное, то, верьте, не из личных побуждений, а единственно из своеобразного понимания нашей общей пользы и из свойственной характеру настойчивости.
Итак, прощайте, дорогие! Весь и до конца ваш Александр Михайлов».
Несмотря на угрозу смерти, он, по его словам, чувствовал себя счастливым: «Приятно даже под страхом десяти смертей говорить свободно, исповедать свои убеждения, свою лучшую веру. Приятно спокойно взглянуть в глаза людям, в руках которых твоя участь».
Его приговорили к смертной казни через повешение. Он не был этим сломлен. Как вспоминал он позже, в ночь перед казнью он ощутил необычайный душевный подъем: «Я чувствовал себя так, как должен чувствовать воин в ночь перед давно желанной битвой. Я находился в состоянии величайшего вдохновения… Мне страстно хотелось петь». Он был готов к свиданию со смертью, воспринимая его как торжество революционного духа, как высшую жертву во имя идеи.