Оседая в старых куренных поселениях, переселенцы сразу были поставлены в те неудовлетворительные условия, на какие жаловались первые засельщики края.
Неудачное распределение куренных селений по территории Черноморского войска при занятии края одинаково давало себя чувствовать и старожилам и новоселам. Казаки то и дело жаловались то на неудобства занятого места в хозяйственном отношении, то на близость к черкесам, не дававшим им покоя, то на плохие земли и тому подобное. Особенно серьезной побудительной причиной для перенесения куреней на новые места служила близость их к черкесам. Марта 23‑го 1800 года войсковое правительство донесло генералу Михельсону, что все вообще куренные селения, расположенные по р. Кубани, начиная с Устьлабинской крепости и до Тамани, «имели желание переселиться во внутрь земли». Близость черкесов стесняла их постоянными тревогами и разоряла беспрерывной борьбой с неспокойными соседями.
В апреле 1800 года войсковая администрация послала подполковника Чепигу в селения Васюринское и Переяславское, чтобы он выяснил вместе с обществами этих селений, в какие места они желали переселиться. В 1701 году войсковая канцелярия воспретила жителям селения Калнибологского перенести селение на новое место. Калниболотцы указывали на то, что вблизи их селения земли были неурожайные, дававшие самые плохие сборы хлеба три года подряд, что вода в p. Ее и в колодцах была горькая, что вблизи негде было достать топлива, так как не было ни камышей, ни бурьяна, и что селение было удалено от почтового тракта. Войсковая канцелярия нашла невозможным удовлетворить эту просьбу калниболотцев, так как раньше сами они не заботились об этом. Но в делах проскальзывает намек на то, что калниболотцы избрали новое место под поселение близ хутора наследников Котляревского, которые были бы стеснены новым поселением. Нужды целого селения принесены были в жертву интересам наследников того самого атамана, который так резко протестовал против хуторских завладений.
Нужда в перенесении селений на новые места, однако, росла. Требовалось так или иначе решить вопрос, волновавший население и беспокоивший администрацию. Решено было удовлетворить желание жителей, и в 1803 году был сделан целый ряд распоряжений на этот счет. Так, курень Переясловский, поселенный в 1704 году в вершине р. Сасык, перенесен был на р. Бейсуг, к плотине Екатерино-Лебяженского монастыря. На Сасыке у переясловцев не было ни хорошей воды, ни достаточно сенокосов и земли не давали хороших урожаев хлеба.
Жители куреня Медведовского указывали на то, что курень их, поселенный в 1704 году на Курках по границе с Фонагорийской округой и рядом с черкесскими аулами, был разорен неоднократно горцами, беспрерывно беспокоившими население. Медведовцы поэтому просили разрешения перенести курень на р. Кирпили, где ныне находится станица Медведовская.
Курень Брюховецкий, находившийся в вершине р. Малого Бейсужка, вследствие недородов хлеба, недостатка в хорошей воде и сенокосах, перенесен был к устью р. Бейсужка к Великому кургану, близ куреня Переяславского.
Курень Деревянковский по тем же причинам перенесен был с р. Еи на р. Челбасы. О том же просили жители куреня Незамаевского, но при осмотре новой местности отказались от переселения.
Селение Титаровское перенесено было с Дубового Рынка на Ахтанизовский лиман. Некоторым куренным обществам было отказано в перенесении куреней на новые места. Такой отказ получили калниболотцы, просившие во второй раз разрешения на переселение с р. Еи на р. Кочети. Не перенесен был на новое место и курень Васюринский, атаман которого просил о переселении на р. Бейсужок, так как курень находился на низком и топком месте, не имел удобного водопоя и подвержен был частым набегам черкесов.
Порядок перенесения куреней на новые места был таков: общество куреня или, по его поручению, куренный атаман просили войсковую канцелярию о переселении на новое место, указывая на те или другие недостатки старого. Администрация посылала чиновника для осмотра местоположения куреня и опроса его жителей. Если жители изъявляли чиновнику желание о переселении и если старое место было неудобное, а новое не имело этих неудобств, то войсковая канцелярия давала разрешение на переселение куреня, и курень переселялся.
Чаще всего курени переносились на новые места, чтобы избавиться от близости черкесов. Ришелье 9 ноября 1807 года разрешил жителям куреней Пластуновского и Динского перейти на новые места, а также и тем вообще селениям, который были поселены при Кубани и терпели частые набеги от черкесов.
Однако оба селения продолжали оставаться на месте до 1810 года, когда они снова возбудили ходатайство о перенесении на новые места. Жители Пластуновки жаловались исключительно на черкесов, не дававших возможности жить спокойно. Жители селения Динского, жившие в количестве 20 дворов у самой Кубани, на виду постоянно тревоживших их черкесов, жаловались на топкое место, не позволявшее даже рыть колодцев. Впоследствии оба селения были перемещены внутрь Черномории.
Под влиянием настоятельной нужды в перемещении куренных селений на новые места Бурсак частью предназначил и частью перенес целый ряд куреней с р. Кубани на степные реки в глубь Черномории. Так, курени Динской, Пластуновский и Мышастовский предназначены были к переносу на р. Кочети, Поповичевский, Новотитаровский и Величковский на р. Конуру, Рогивский, Тимошевский и Джерелиевский на р. Кирпили, Нижестеблиевский на р. Ангелинку и т.п. Перенесенные курени размещались по речкам от вершин их к устьям, в местах, наиболее удобных и облюбованных казаками.
Многие селения перемещались на новые места с дальних расстояний. Курени Каневский, Джерелиевский и Медведовский с р. Курки перешли на р. Челбасы и Кирпили, курени Брюховецкий и Ирклиевский расположены были рядом в вершине незначительной реки Албаши, а перемещены были на Бейсужек и т.п. Судя по списку селений за 1807 год с обозначением расстояний их от Екатеринодара, курень Величковский отстоял в 7 верстах от Екатеринодара, а ныне станица Старо-Величковская находится в 50 верстах от него, Тимошевский был в 14 верстах от Екатеринодара, а после переселился на 60 верст севернее в степи, курень Динской был в 11 верстах и перешел на 28 верст севернее и т.д. К концу первого десятилетия XIX века далеко не закончились еще случаи таких передвижений куреней. Последующими массовыми переселениями из малороссийских губерний были внесены в край новые изменения в этом отношении.
С 1812 года по 1820 год было мало зачислений в Черноморском войске, по крайней мере, в архивных материалах встречаются лишь единичные указания на этот счет. В 1817 году подали прошение о зачислении в войско 27 человек, в числе которых значились дворянин Моренко, унтер-офицер Коржевский, канцелярий Хохуля и еще 9 дворян, 7 крестьян, 1 вахмистр, 2 канцеляриста, 2 мещанина и 3 малороссийских казака. В мае 1818 года в войско были приняты 2 крестьянина, отпущенные на волю помещиками. В январе 1818 года черкесский дворянин Иван Боран просил зачислить его в войско. В 1820 году просили и были приняты в казаки поселяне Екатеринославской губ., два казака из Миргорода, обер-офицерский сын, отставной рядовой, сын губернского секретаря, дворянин из Миргорода и дворянин из Херсона. В том же 1820 году четыре семьи армян, ушедшие из-за Кубани, поселены были временно в Черномории у войскового старшины Ханука. В 1822 году явился в Черноморию бежавший из Турции запорожец Жеребец, родившийся в Хотине и много лет служивший у разных пашей. Запорожец просил зачислить его в Черноморское войско и был принят в состав его в 1825 году. Все это были единичные случаи, не имевшие никакого влияния на состав войска.