Ван Ноорт и де Линт расстались друг с другом 12 марта 1600 года около южного побережья Чили, и больше их пути не пересекались. К тому времени как весть о том, что вице-король снарядил эскадру для защиты своих берегов, достигла ван Ноорта, «Mauritius» успел захватить несколько судов у Вальпараисо и уже находился в акватории Перу. Ван Ноорт решил изменить свой первоначальный план, согласно которому он должен был плыть к берегам Калифорнии, и решил держаться как можно дальше от берегов, дожидаясь попутных ветров, которые подхватили бы корабль и помогли ему пересечь Тихий океан. По всей вероятности, «Mauritius» после тщетных поисков Кокосового острова, будучи на широте Панамы, повернул на запад в мае и поплыл к Филиппинским островам. Там ван Ноорт потопил испанское судно, которое было послано перехватить его, и в конечном итоге достиг берегов Голландии в августе 1601 года.
В то время, когда ван Ноорт находился на широте города Кальяо, племянник вице-короля Хуан де Веласко собирался перевозить несколько миллионов песо серебром на пяти военных кораблях из этого порта в Панаму. Интересно заметить, что almiranta (в испанском флоте второе по величине после флагманского судно) флота Веласко было старое судно Хокинса «Dainty» («Привередливый»), ныне переименованное в «La Inglesa». Веласко ждал до тех пор, пока слитки не были благополучно переправлены через перешеек, а затем на трех хорошо вооруженных галеонах и шлюпе с командой в 400 человек медленно поплыл вдоль побережья на север. По прибытии в Акапулько 26 июля Веласко написал письмо вице-королю Новой Испании, в котором выражал свою уверенность в том, что пираты уже находятся на пути через Тихий океан. Он писал, что, «исследуя каждый камень вдоль побережья» от Панамы и севернее, не нашел никаких следов пребывания врага.
Однако, несмотря на это, ему было приказано следовать к мысу Сан-Лукас. Повинуясь приказу, 13 августа эскадра покинула Акапулько и провела десять дней у берегов Калифорнии. На обратном пути флот Веласко был настигнут ураганом у берегов Салагуа. Ураган сильно повредил военные корабли, а самого Веласко и его судно больше никто и никогда не видел.
Оставшиеся «покалеченные» суда, лишенные своего флагмана, с большим трудом добрались до Акапулько в конце сентября. Их капитально отремонтировали, и 4 ноября команда вновь вышла в открытые воды на поиски Веласко и пиратов. После восьми недель тщетных поисков эскадра вернулась в Акапулько, а позднее, в феврале 1601 года, она отплыла назад в Перу. Нельзя сказать, что ее вояж потерпел полное фиаско, поскольку она привезла домой огромное количество контрабандного китайского товара.
В то время как перуанский флот патрулировал западное побережье, вице-король Новой Испании предпринял собственные шаги для защиты трех манильских галеонов, которые должны были прибыть в Акапулько. Он отдал приказ нескольким судам выйти в море и предупредить потенциальные жертвы об опасности. Среди них было маленькое судно из Чакалы, которое достигло мыса Сан-Лукас 1 декабря 1600 года, в тот самый день, когда первый из манильских галеонов вошел в порт Акапулько. Другие же два пришвартовались в порту в январе 1601 года. Они, уже будучи предупрежденными об опасности, обошли мыс Сан-Лукас, держась на расстоянии 30 лиг от него.
Тем временем одна из причин всего этого переполоха – де Линт – на втором по значимости после флагмана судне «Hendrick Fredrick» грабил суда между Чили и Перу и в начале августа 1600 года бросил якорь у необитаемого острова Коиба. Там он провел несколько дней, пополняя запасы воды, собирая бананы, лекарственные растения и запасаясь дровами. 11 августа де Линт подошел к небольшому судну, заштиленному у острова Кано, которое везло кукурузу из Никои в Панаму. С целью захвата он выслал к нему две лодки. Испанцы, понимая безвыходность своего положения, попытались бежать с судна, пересев на лодку, но вскоре были настигнуты. На борту испанского барка в качестве пассажира находился священник-францисканец по имени Агюстен де Каваллос, который оставил небольшое письменное свидетельство о своем пребывании среди «еретиков». Согласно этому свидетельству, голландская команда насчитывала 54 человека, многие из которых хорошо говорили на испанском языке. Де Линт, имея копию бортовых записей Кавендиша, объявил, что собирается плыть на север к мысу Сан-Лукас, с тем, чтобы кренговать там свое судно. Также в его планы входило встретиться там с ван Ноортом, по возможности захватывать в тех краях галеоны, а затем, взяв курс на Молуккские острова, пересечь Тихий океан и направиться в Китай. Весьма вероятно, что де Линт предоставил эту информацию Каваллосу, с тем чтобы ввести испанцев в заблуждение.
27 августа, после своего второго визита на остров Коиба, де Линт снова проходил мимо острова Кано и захватил небольшой барк, идущий из Коста-Рики с грузом продовольствия, принадлежащий португальцу Педро Гонсалесу. Команда барка состояла из шестнадцати человек, включая одного голландца и трех негров, которых де Линт оставил на своем судне. Остальных пленников, среди которых был и францисканец Каваллос, де Линт велел раздеть, отобрал у них все личные вещи и 29 августа высадил на берег к югу от Реалейи.
Где находился «Hendrick Fredrick» в течение нескольких последующих месяцев после высадки на берег своих пленников, остается тайной. Фрегат не был замечен ни на побережье Новой Испании, ни где-нибудь еще в акватории Америки. Только в апреле или мае 1601 года де Линт появился в городе Тернат, что на Молуккских островах. Путь через Тихий океан не должен был занять более трех или четырех месяцев, и интересно поразмышлять, где же де Линт находился все это время. Возможно, что он и не заходил ни в один из укромных заливов Нижней Калифорнии, ни на Кокосовый остров для кренгования судна, прежде чем начать свой долгий путь через Тихий океан. Пятнадцать лет спустя Спеилберген безуспешно искал Кокосовый остров «по причине, что этот остров очень удобен и дает преимущества всем тем, кто хочет пополнить запасы продовольствия, так как некоторые из наших людей испытали это на своем собственном опыте». Эти слова указывают на то, что де Линт действительно бывал там и что часть его команды позже бороздила морские воды вместе с командой Спеилбергена.
После отъезда де Линта Мексика получила передышку длительностью в пятнадцать лет, прежде чем печелинги вновь стали бороздить воды Тихого океана. Филипп III был слишком занят войнами в Европе, чтобы думать о защите или укреплении тихоокеанского побережья, но вице-король Новой Испании взял инициативу в свои руки и в 1601 году отправил кое-какую артиллерию из города Пуэбло длинной дорогой через залив Теуантепек в Акапулько. Два года спустя голландский капитан с живописным уменьшительно-ласкательным именем Swarthy Tony (Смуглый Тони), или по кличке Черный Энтони, совершил набег на юге Чили, но мы не знаем наверняка, достигла ли весть об этом его деянии Мексики.
В 1609 году война между Голландией и Испанией официально завершилась, и лица, которые несли ответственность за безопасность перуанских судов и манильских галеонов, груженных серебром, вздохнули с облегчением и позволили себе некую долю беспечности. Также была официально признана невозможность прекращения сверхрентабельной торговли между Мексикой и Перу, и после 1609 года двум судам, перевозящим серебро на общую сумму 300 тысяч песо, было разрешено раз в год легально совершать круизы без охраны и сопровождения из Кальяо в Акапулько. Кроме того, еще перевозилось значительное количество контрабандного китайского товара, который в основном оплачивался перуанскими слитками драгоценных металлов. И в этот самый момент голландцы, в нарушение перемирия с Испанией, готовились выслать большую военную экспедицию в воды Тихого океана.
