Вести о прибытии в регион еще одного врага вызвали вполне предсказуемую реакцию в Новой Испании. Гарнизоны в нескольких прибрежных городах были усилены, а владельцам ранчо был отдан приказ немедленно увести весь рогатый скот в глубь страны. Вице-король отправил небольшое судно, чтобы предупредить об опасности манильский галеон, который в
181 то время должен был отправляться на Восток. Это судно подошло к Сан-Лукасу и 25 февраля 1687 года вернулось обратно в Акапулько, не встретив ни пиратов, ни галеона, так как поход последнего был отменен.
Пираты на островах Лас-Трес-Мариас нашли для себя прекрасное убежище, а также использовали их как плацдарм для набегов на материк. Острова были необитаемы и редко посещались испанцами, у которых к тому же было недостаточно судов для таких вояжей. На островах была пресная вода, огромное количество рыбы, дичи и «густые рощи из больших кедровых деревьев», которые можно было использовать для построения пирог. Там же были удобные гавани и подходящие берега для кренгования судов. Мыс Корриентес, расположенный прямо по курсу следования манильских галеонов, находился на расстоянии 70 миль от островов. Буканьеры могли преодолеть это расстояние всего за один день.
Очевидно, ремонтируя свое небольшое судно и пополняя флот пирогами, пираты провели на островах несколько месяцев. Есть сведения, указывающие на то, что на острова прибыло еще одно судно с группой пиратов и присоединилось к ним. По всей видимости, около 40 французских буканьеров, обогнувших Южную Америку в начале 1687 года на 100-тонном судне, в сентябре присоединились к группе пиратов с островов Лас-Трес-Мариас. Более поздние испанские источники оценивают количество буканьеров от 80 до 100 и более человек. Первые активные действия со стороны пиратов в источниках, дошедших до наших дней, были датированы 1687 годом, то есть через год после их прибытия. Эти источники упоминают о двух набегах, один на Масатлан (точная дата неизвестна), а другой на Навидад в сентябре того же года. «Более ста» пиратов (согласно испанской версии) высадились в порту Масатлан и пошли в сторону форта. Маленький гарнизон отступил, а буканьеры, овладев поселением, находились в нем еще в течение трех дней. В ответ на отказ испанцев выплатить требуемый выкуп пираты перед возвращением на свои суда сожгли церковь и все дома поселения. Это противоречит частым утверждениям де Люссана, что французские пираты уважали религию и церкви. Возможно, в этой группе буканьеров находилось несколько англичан. Второй набег произошел в заливе Навидад в середине сентября. Восемь пирог с пиратами вошли в порт и взяли несколько заложников, потребовав за их освобождение 40 коров.
Узнав о набегах, вице-король на поимку пиратов направил три судна, на борту которых находилось 207 солдат и офицеров. Эта эскадра покинула Акапулько 15 ноября 1687 года и, не добившись намеченной цели, возвратилась в начале января следующего года. Ввиду того что властям не было известно о том, что вояж манильского галеона, который должен был плыть на восток, был снова отложен, два из этих судов вышли в море, чтобы охранять его. Они дошли лишь до мыса Корриентес и возвратились в Акапулько 13 февраля.
В июне 1688 года буканьеры, войдя в Калифорнийский залив, проследовали в Нижнюю Калифорнию, в залив Ла-Пас, где и провели три месяца, кренгуя свои суда. 14 ноября того же года они напали на город Акапонета. Согласно испанским источникам, в нападении участвовало около 80–90 пиратов, высадившихся с одного судна среднего размера, одного маленького судна с одной палубой и одной мачтой и баркаса. Затем они прошли в глубь материка и напали на город. Они убили несколько человек и покинули город с добычей в 20 каргас, что соответствует эквиваленту веса груза, поднимаемого одним осликом, серебра, а также увели с собой пленников. Среди них было 40 женщин и два священника. Затем буканьеры спрятались на близлежащем острове Палмито и запросили выкуп за заложников в размере 100 тысяч песо.
Вице-король снова решил прибегнуть к силе. На этот раз для поимки пиратов он выслал один корабль, на борту которого находилась команда из 143 солдат и офицеров под командованием генерала Антонио де Мендосы. Покинув Акапулько 17 декабря, испанцы встретили один из манильских галеонов под названием «Nuestra Senora del Pilar» («Нуэстра Сеньора дель Пилар») и узнали, что вслед за ним шел еще один галеон, который значительно превосходил последний своими размерами. 23 января 1689 года корабль Мендосы подошел к пиратскому судну. Завязавшийся бой длился с 9 утра до 2 часов дня, после чего в течение двух дней испанцы преследовали пиратов, пока те не скрылись из вида. Затем Мендоса вошел сначала в Матанчел, а затем в Навидад, где встретил только что прибывший из Манилы второй галеон под названием «Santo Christo de Burgos» («Санто Кристо де Бургос»). Несмотря на то что Мендоса знал, что пираты скрывались на островах Лас-Трес-Мариас, он решил сопровождать галеон на его пути в Акапулько, куда они и прибыли 15 февраля. Пиратский источник говорит, что 22-орудийный испанский военный корабль скрылся после сражения, в котором французы потеряли 2 человек убитыми и 18 ранеными.
Тем временем пираты подошли к городу Росарио и оставили там сообщение о том, что, если власти без промедлений не выплатят им выкуп, они казнят всех заложников. В начале мая 1689 года до Гвадалахары дошло душераздирающее письмо от падре Агуилара, который был одним из заложников. Буканьеры отрезали ему уши и нос, и несчастный священник просил, чтобы его пленителям выдали то, что они просят: деньги и табак. Остальные же испанцы, которых пираты держали в заложниках на островах, сумели бежать в лес, где они построили лодку и добрались до Чамелы. Один из них находился в плену у пиратов в течение года и восьми месяцев. С его слов, команда буканьеров насчитывала 92 человека и имела маленькое судно с 8 орудиями и большое каноэ с 24 веслами. Пираты сказали ему, что были посланы в эти края королем Франции, также им был подслушан разговор, из которого он узнал, что буканьеры собираются вернуться в Перу, а затем плыть на Филиппины.
Но, судя по данным, дошедшим до нас, пираты сконцентрировали свое внимание на небольшом регионе, находящемся в непосредственной близости от островов Лас-Трес-Мариас. В середине 1689 года епископ Гвадалахары писал, что их набеги опустошили провинции Акапонета и Сентикпак, которые «теперь почти разрушены, хотя прежде они были очень богаты и процветали», и что они причинили большой ущерб руднику в Росарио.
В мае 1689 года французы покинули берега Акапонеты, освободив всех пленников, за исключением трех мужчин, одним из которых был францисканский священник. Нам неизвестно, получили ли они требуемый выкуп. Позднее в том же месяце они подошли к берегам Салагуа, где освободили францисканца и еще одного заложника.
18 июля 1689 года флот вице-короля снова вышел из Акапулько. На этот раз эскадра состояла из трех судов, на борту которых под командованием генерала Андреса де Арриолы находилось 327 солдат и моряков. Флоту был дан приказ захватить пиратов любой ценой. Они зашли в Салагуа и Навидад, 18 августа подошли к мысу Корриентес, затем вошли в воды залива Бандерас и поплыли к островам Лас-Трес-Мариас. Здесь они провели три дня, тщательно осматривая гавани, но буканьеры исчезли. 24 августа в Матанчеле до Арриолы дошли слухи, что незадолго до этого пиратов видели на реке Яки и что затем те направились в Ла-Пас, в Нижнюю Калифорнию. Испанский флот устремился на север и в середине сентября подошел к реке Яки. Там он был настигнут ураганом и отнесен назад к реке Синалоа. Вероятно, Арриола решил не преследовать пиратов в Калифорнии. Он возвратился на юг, еще раз подошел к островам Лас-Трес-Мариас в конце октября, а 20 ноября бросил якорь в Акапулько. Он пришел к мнению, что пираты уже покинули эти края и находятся на пути к Перу. Манильский галеон, по всей видимости, без всякого эскорта достиг берегов Акапулько 19 декабря 1689 года.
