На расстоянии 30 лиг юго-восточнее Реалейи, за Леоном, находился стратегически важный колониальный город Гранада. Расположенный недалеко от Тихого океана, он имел прямую морскую связь с городами Порто-Бело и Картахена через озеро Никарагуа и по реке Десагвадеро (ныне река Сан-Хуан). Из-за своего относительного благосостояния и благодаря тому, что к городу было легко подойти с обоих «морей», Гранада несколько раз подвергалась пиратским набегам. Крупный рогатый скот и (сельскохозяйственные продукты, доставляемые из Никарагуа в Перу и в Картахену, соответственно транспортировались либо через Реалейю, либо по реке Сан-Хуан. Кроме скота и сельхозпродуктов, важными товарами колониальной торговли были хлопчатобумажная ткань, смола и всевозможная корабельная оснастка.
В горах к северо-востоку от Реалейи в верховьях реки Сеговия (или Кокосовой реки) находился город Нуэва-Сеговия (ныне Окотал), промышлявший добычей золота. Это был самый северный город колониального Никарагуа, который являлся источником поставки хвойной смолы для судовой верфи Реалейи, а также для ее последующего экспорта в Перу.
Еще одной гаванью в пределах колониальной провинции Гватемалы был залив Амапала, или залив Фонсека. Внутри залива главным якорным местом для испанских судов был порт Мартин-Лопез, расположенный недалеко от современного портового города Ла-Юнион, находящегося вблизи старого поселения Сан-Мигель. Другим единственным испанским городом недалеко к востоку от берегов залива был Жерес-де-Хулутека. Острова Мингера и Амапала были заселены обращенными в христианство индейскими племенами. Испанские суда довольно часто заходили в залив, чтобы загрузиться смолой, какао и другими товарами для транспортировки в Перу и Мексику. Между портом Мартин-Лопез и городом, который теперь носит название Пуэрто-Моразан в Никарагуа, во избежание длинного сухопутного перехода по болотистым берегам на мулах было хорошо налажено водное сообщение. Несмотря на принадлежность испанской короне, залив Амапала в период с 1684-го по 1721 год широко использовали иностранные суда.
Другим очень важным колониальным морским портом, несмотря на ряд его недостатков, одним из которых была незащищенность бухтой, являлся город Акахутла. Судовая верфь, построенная там в начале 1530-х годов, вскоре начала сдавать свои позиции в пользу верфи Реалейи. Затем порт Акахутла сделался загрузочным пунктом торговых судов, курсировавших между Мексикой и Перу и перевозивших какао (шоколад), который в изобилии рос в окрестностях города. Это был главный тихоокеанский порт всей провинции Гватемала, включая территорию, которая в наши дни носит название Эль-Сальвадор. Вблизи Акахутлы находился испанский город под названием Ла-Сантисима-Тринидад-де-Сонсонат, а в некотором отдалении от него – города Санта-Ана и Сан-Сальвадор. Помимо основного вида деятельности – сбора бобов какао, – довольно большая часть населения занималась натуральным сельским хозяйством и животноводством. Согласно документу, датированному 1562 годом, ежегодно из Акахутлы в Мехико перевозилось 50000 каргас какао.
Побережье между Амапалой и Гуатулько было лишено защищенных мест для якорной стоянки судов, по недалеко от морских берегов находилось несколько испанских городов, среди которых были Чикимула, Хуэхуэтлан и Теуантепек.
Порт Гуатулько, или Хуатулько, который активно использовали испанцы, был первым морским портом, основанным ими на мексиканском тихоокеанском побережье. Он находился в очень удобном и защищенном заливе, который идеально подходил для судов, используемых в течение всего колониального периода, и был самой лучшей естественной гаванью на протяжении 900 миль между Амапалой и Акапулько, о чем можно найти свидетельство в «Навигационном руководстве» гидрографического общества. Карта гидрографического общества приводит старое название залива Порт-Гуатулько, хотя местные жители называют этот залив Бахиа-де-Санта-Круз. Соседний же залив, находящийся восточнее, в наши дни носит название Бахиа-Чагуей. Залив был удобным местом для якорной стоянки судов, имел пологие и гладкие берега для подхода лодок, и на его прибрежной части имелась пресная вода. Тропа, пролегающая через горные хребты в глубь материка на 125 миль, соединяла Гуатулько с Оахакой и далее сливалась с главной дорогой, ведущей в Мехико. На расстоянии 9 миль к северо-западу от порта находилась индейская деревня Санта-Мария-Хуатулько, у которой порт и позаимствовал свое название. Деревня Санта-Мария-Хуатулько в XVIII столетии была переселена на 18 миль в глубь страны, на место, где она сейчас и находится.
Порт Гуатулько, несмотря на его значительную удаленность от столицы, испанцы начали использовать гораздо раньше, чем Акапулько, потому что было намного проще несколько улучшить существующую индейскую тропу, ведущую из Оахаки в Мехико, чем прокладывать новую дорогу через труднопроходимую пересеченную местность между Куэрнавакой и Акапулько. Таким образом, Гуатулько на самом раннем этапе колонизации тихоокеанских берегов Центральной Америки стал самым крайним северным пунктом судоходства между Новой Испанией и Перу. Город также активно развивал местную торговлю с различными городами Центральной Америки. Между 1537-м и 1540 годами Гуатулько начали заселять испанские судостроители, торговые агенты, владельцы магазинов и государственные чиновники. В порту работало много индейцев-чернорабочих, а на выстроенной судовой верфи было все необходимое для постройки и переоборудования судов. К 1542 году поселение приобрело настолько важное значение, что уже имело своего коррехидора (позже алькальд-мэра). В поселении была церковь, большая таможня, склады и несколько сотен плетеных хижин.
Расцвет Гуатулько пришелся на период с 1540-го по 1575 год. Обычно ежегодно между Гуатулько и Перу курсировало три или четыре крупных судна и множество мелких судов, занятых в местной торговле с разными городами Центральной Америки. Торговля в основном заключалась в бартерном обмене товарами: одежду, домашний скот и черных рабов, которых везли из Новой Испании, обменивали на плоды какао, доставляемые из Акахутлы. Корабли, покидающие Гуатулько и направлявшиеся в Перу, везли разнообразный мексиканский товар, а возвращались с серебром и ртутью, экспортируемыми из Перу. К 1562 году через порт Гуатулько ежегодно проходил товарообмен на сумму 400 тысяч песо.
После того как приблизительно в 1574 году Акапулько стал главным портом вице-королевства в Южном море, Гуатулько стал терять былое значение. Порт Акапулько, собственно, и был основан для ведения через Тихий океан торговли со странами, где происходила конечная перегрузка товаров с одних судов на другие с последующей дальнейшей транспортировкой. Какое-то время суда, курсирующие между Перу и Центральной Америкой, продолжали заходить в порт Гуатулько, но их число неуклонно сокращалось, и к 1586 году денежные поступления в таможенную службу порта снизились до 1000 песо в год. К тому же в 1579 году Гуатулько подвергся нападению Дрейка, а в 1587-м был разграблен Кавендишем. Они увезли с собой все ценности, найденные в городе. Кавендиш же, покидая Гуатулько, поджег город, который сгорел дотла. Эти нападения стали возможны потому, что город был лhишен каких бы то ни было фортификационных укреплений и защиты, если не считать небольшого количества испанцев, которые могли там находиться. Возможно, для того, чтобы лишить пиратов подобного соблазна, в 1616 году вице-король приказал разрушить порт Гуатулько, снести все постройки, а индейскому населению было приказано переселиться в глубь страны, в Санта-Марию. Возможно, именно с того времени порт Гуатулько и прекратил свое официальное существование.
