7-е — выявление и разработка антисоветских организаций учащейся молодежи, системы Наркомпроса, детей репрессированных;
8-е — обслуживание системы Наркомздрава и его учебных заведений;
9-е — обслуживание системы Наркомюста, Верховного суда, Прокуратуры, Наркомсобеса и их учебных заведений;
10-е — борьба с церковно-сектантской контрреволюцией;
11-е — обслуживание системы физкультурных организаций, добровольных обществ, клубов, спортивных издательств;
12-е — обслуживание Осоавиахима, милиции, пожарной охраны, военкоматов, начсостава запаса.
Федотов возглавлял СПО до февраля 1941 г., когда при образовании НКГБ Секретно-политический отдел упраздненного ГУГБ НКВД СССР вошел в состав вновь созданного наркомата в качестве 3-го (секретно-политического) управления. Начальником управления был назначен комиссар ГБ 3 ранга Соломон Рафаилович Мильштейн, ранее возглавлявший Главное транспортное управление НКВД (уже 11 марта 1941 г. его сменил зам. начальника управления Николай Дмитриевич Горлинский).
Будучи хорошим специалистом, Федотов по совместительству с марта 1939 г. был председателем предметно-методической комиссии и лектором Высшей школы НКВД СССР по агентурно-оперативной работе.
В этот период он был награжден орденом «Знак Почета» (апрель 1940 г. вместе с группой чекистов «за выполнение заданий правительства по охране госбезопасности») и медалью «XX лет РККА» (1938 — первой из 6 медалей, полученных им за службу).
26 сентября 1940 г., оставаясь начальником 2-го отдела, комиссар ГБ 3 ранга (с марта 1940 г.) Федотов возглавил контрразведку — 3-й отдел ГУГБ НКВД СССР. С этого началось объединение контрразведки общей и секретно-политической, которое затем проводилось еще раз в 1943 году.
Федотов после реорганизации с 25 февраля 1941 г. становится начальником 2-го Управления НКГБ СССР (КРУ), одновременно, с апреля того же года, входит в Центральную наградную комиссию НКГБ СССР.
Его заместителями были назначены Т.Н. Корниенко, Л.И. Новобратский, Л.Е. Влодзимирский, Н.Д. Горлинский, Т.М. Борщев. После объединения НКГБ и НКВД 31 июля 1941 г. контрразведка стала именоваться 2-м управлением НКВД. Начальником контрразведки в течение всей войны был П.В. Федотов, его первым заместителем — Леонид Федорович Райхман (в июле 1945 г. обоим было присвоено воинское звание «генерал-лейтенант»), В случае падения столицы Федотов должен был остаться на нелегальном положении в Москве и координировать работу всех 36 диверсионно-разведывательных групп, организованных чекистами для подпольной работы против фашистов. Эти группы насчитывали 243 человека, из них 78 — готовили для выполнения актов индивидуального террора и 32 — для диверсий.
Представление о задачах советской контрразведки во время войны дает структура 2-го управления НКВД СССР (май 1942 г., 227 сотрудников по штату):
руководство (начальник и его заместители);
секретариат;
оперативно-учетная группа.
1-й отдел (начальник П.П. Тимофеев) :
1-е отделение (очистка освобождаемых от немецко-фашистских захватчиков городов и районов от нацистской агентуры и организация собственной агентурной работы в этих районах), начальник М.В. Подольский (33);
2-е отделение (учет и разработка нацистских разведорганов и осуществление контрразведывательных комбинаций);
3-е отделение (выявление, разработка и ликвидация агентуры разведорганов противника в г. Москве);
4-е отделение (агентурно-оперативная работа в лагерях военнопленных и интернированных; наблюдение за разработками местных органов НКВД);
5-е отделение (учет и оперативный розыск агентуры противника, предателей и пособников немецко-фашистских оккупантов);
6-е отделение (следственное);
2-й отдел:
1-е отделение (японская линия);
2-е отделение (китайская и монгольская линии);
3-е отделение (следственное);
3-й отдел:
1-е отделение (английское);
2-е отделение (американское);
3-е отделение (Турция, Иран, Афганистан);
следственная группа;
4-й отдел:
1-е отделение (польское, чешское, югославское, греческое, шведское и норвежское посольства и миссии, колонии, военные миссии и атташат);
2-е отделение (организация работы по линии польских нелегальных организаций в генерал-губернаторстве, польская ссылка и лагеря, польские колонии);
3-е отделение (следственное);
4-е отделение (представительство свободной Франции и испанская эмиграция);
5-е отделение (работа по закордону);
5-й отдел (специальные мероприятия);
1-е отделение;
2-е отделение;
Группа наружного наблюдения и установки;
Группа по обслуживанию ИККИ;
6-й отдел (охрана дипломатического корпуса):
1-е отделение (охрана дипломатических представительств — Англии, США, Японии и Швеции);
2-е отделение (охрана дипломатических представительств — Болгарии, Турции, Ирана, Афганистана, Китая, Югославии, Польши, Чехословакии, полпредств Монголии и Тувы; эпизодическая охрана иностранных правительственных делегаций и наружное наблюдение за посетителями иностранных посольств);
3-е отделение (наружное наблюдение за сотрудниками посольств Англии, Америки, Швеции, Польши и Чехословакии);
4-е отделение (наружное наблюдение за сотрудниками посольств Японии, Турции, Ирана, Китая, Югославии, Монголии, Тувы);
5-е отделение (хозяйственно-финансовое; автоколонна);
Аппарат офицеров связи при командовании польской армии (Г.С. Жуков).
Аппарат офицеров связи при командовании чешской бригады.
Во время битвы за Москву, когда существовала угроза захвата советской столицы немцами, Федотов готовился остаться в окулированном городе в качестве руководителя подполья (это известно из воспоминаний П.А. Судоплатова). Тогда же сотрудники КРО УНКВД по Московской области под руководством СМ. Федосеева выявляли и обезвреживали немецких парашютистов.
В период наступления Красной Армии перед контрразведкой были поставлены новые задачи. На освобожденных территориях немецкие спецслужбы оставляли агентов и диверсантов, которых необходимо было выявлять и обезвреживать; также выявлять и передавать в руки правосудия гражданских лиц, сотрудничавших с оккупационными властями. Специальным оперативным группам предварительно поступала информация о действовавших в этих районах немецких разведывательных и карательных органах. Группы вступали в освобождаемые районы вместе с передовыми частями армии и не давали возможности агентам и изменникам скрыться.
