В 1538 году Микулинский-Пунков стоял в Передовом полку «против Ростиславля», в 1540 командовал Большим полком на Рязани. Следующее лето стало настоящим испытанием для полководца. Еще весной, откликаясь на просьбы казанцев избавить их от крымского ставленника Сафа-Гирея, разорявшего и Казань, и русские земли, Москва послала в помощь Казанской земле войско. Вскоре стало известно, что крымский хан Сагиб-Гирей, разорвав мир, двинулся на Русь со всей ордой, оставив в ханстве только «стара и мала». Под знаменами Сагиб-Гирея стояли также турецкие войска с пушками и пищалями, белгородские татары с Днестра, азовцы, ногайцы и астраханцы.
Станичник Андрей Кутуков, подкравшийся к вражескому войску близ Дона, рассказывал, что ханские полки шли по степи весь день, а конца им не видать. Орда не задерживалась на небольших крепостях. Назар Глебов, отбившийся с горожанами в Осетре, взял языков, поведавших об огромных силах хана, что идет «на Русь с великою похвалою, хотя потребити христианство». Сагиб-Гирей мнил себя новым Батыем.
30 июля орда выкатилась на берег Оки, рассчитывая, что московские воеводы не успеют собрать полки. Сопротивление татарской переправе оказывал только Передовой полк Ивана Ивановича Турунтай-Пронского. Под градом татарских стрел, под огнем турецкой артиллерии и янычар Передовой полк, по выражению летописца, «дрогнул». Орда начала переправу.
Но тут, откуда ни возьмись, «поспели своим полком» — гарнизоном Зарайска — князья Семён Иванович Микулинский-Пунков и Василий Семёнович Серебряный-Оболенский «да стали на берегу». В жестокой битве отважные воеводы не позволили орде переправиться через реку и дождались подхода основной армии. Татары подивились «русских сынов храбрости», хан же, увидев красоту и порядок московских войск, людей «цветных и доспешных», «в станы своя отъиде, в великом размышлении быв». Ночью, услышав, как русские подвозят к берегу пушки, орда двинулась в отход.
Хан хотел, спасая честь, взять стоящую в Диком поле крепость Пронск. Прокладывая себе дорогу огнём, орда бросилась на стены, но горожане «всеми людьми и женским полом» отбили приступ с великим уроном для неприятеля. Приготовления к новому штурму оказались тщетными: на помощь Пронску стремительно скакали князья Микулинский и Серебряный с храбрецами из Зарайска и охотниками-добровольцами из всех полков. «Мы идем к городу наспех и хотим с царём (крымским ханом. — Авт.) дело делати!» — извещали воеводы.
Как узнал об этом от пленного Сагиб-Гирей, устремился в бегство, потеряв осадные орудия и пушки, так что до самого Дона гнавшиеся за ним воеводы не увидали главных крымских сил, порубив и пленив только множество отставших.
Получив за этот подвиг дорогую шубу и почетный кубок, Семён Иванович Микулинский-Пунков на следующий год вновь оказался на южной границе, в Рязани. Он первый бросился за войском крымчаков, налетевшим было на русскую украйну, за ним последовали многие пограничные воеводы. На Куликовом поле воеводы вырубили и пленили татарский сторожевой отряд, а главные силы преследовали далеко в Диком поле, аж до Красивой Мечи. Затем Микулинский-Пунков командовал Передовым полком в Коломне, в 1543 году стоял у Нижнего Новгорода, охраняя его от казанского хана, и, видимо, год провел в увольнении от дел.
* * *
Поход 1545 года на Казань был блестящей военной операцией, основанной на быстроте и точном взаимодействии частей. Немалую роль играло доверие воевод друг к другу. Командуя Большим полком, Семён Иванович получил себе в товарищи славного Ивана Васильевича Большого-Шереметева, командира Передового полка, а Сторожевой полк возглавил мужественный князь Давыд Фёдорович Палецкий. Едва сошел лед, струги с русской ратью заскользили вниз по Волге от Нижнего Новгорода прямо к сердцу Казанского ханства.
Ещё более сложная задача легла на плечи четвёртого товарища-воеводы — Василия Семёновича Серебряного. Собрав рать и построив струги, он по полой воде поплыл реками Вяткой и Камой на соединение с основными силами. Несмотря на то что в пути князю не раз пришлось биться с казанцами, Серебряный встретился с Микулинским, Шереметевым и Палецким «на Казанском устие в неделю на Шествие Святого Духа во един час, яко из единого двора!» Объединившись, воеводы дружно напали на растерявшегося противника под Казанью.
Хан Сафа-Гирей не сумел оказать серьёзного сопротивления. Избегая обижать казанских жителей, воеводы разорили ханские владения на Свияге и пленили знатных мурз, а иных перебили. Внезапное нападение окончилось полным успехом. Семён Иванович с товарищами ушел на Русь, не видя за спиной преследователей.
О том, какое значение имела в этом походе согласованность действий русских дружин, говорит судьба запоздавшего по каким-то причинам войска пермского воеводы Внучка Львова. Появившись на своих судах под Казанью после условленного срока, оно полностью погибло вместе со своим воеводой.
Поход 1545 года сильно подействовал на настроения в Казани. Сторонники союза с Москвой подняли головы, а хан исполнился недоверием к своим мурзам, считая, что блистательным успехом русские могли быть обязаны только измене. Многие мурзы были казнены, другие бежали на Русь и в иные земли. Долго так продолжаться не могло. 29 июля в Москве было получено письмо знатных казанцев — мурзы Кадыша и Чуры Нарыкова — с предложением выдать хана с его приближенными-крымцами. Из Москвы последовало одобрение и обещание прислать помощь, если хан будет свергнут.
Казанцы слов на ветер не бросали. 27 декабря 1545 года Абеюрган-сеит, князь Кадыш и Чура Нарыков прислали в Москву посольство от всей Казанской земли, прося великого князя гнев свой от Казани отложить, потому что Сафа-Гирей изгнан из города. Казанцы, сообщали послы, хотят вновь на царство внука хана Ахмата по имени Шах-Али, ранее сидевшего на казанском престоле (в 1518–1521 годах) и вынужденного бежать на Русь. При этом Казань соглашалась дать присягу присланному из Москвы чиновнику.
Весной Шах-Али был отпущен в Казань и 13 июня 1546 года воссел на престоле, но вскоре верх одержала другая, прокрымская группировка, вновь утвердившая на престоле Сафа-Гирея. Шах-Али лишь чудом удалось скрыться. Узнав об этом, русские послали в Дикое поле Льва Андреевича Салтыкова, а на Вятку Алексея Даниловича Басманова встречать хана, который нашелся и был вновь препровожден в Москву. Чура Нарыков, князь Кадыш и многие другие сторонники союза с Россией были убиты, 76 знатных казанцев сумели бежать на Русь. Предстояла большая война.
Тем временем великий князь развлекался как мог. Выступив в Коломну, якобы против крымского хана, Иван Васильевич «тешился» играми, а когда к нему пришла делегация новгородских «пищальников» (стрельцов из пищалей), велел её прогнать. Возмущенные пехотинцы стали «шибать дворян грязью», те ударили в сабли и гнали пехоту до городской стены. Там народ поддержал обиженных, и развернулся настоящий бой: дворян лупили ослопами (дубинами), слышалась пальба, летели стрелы. Царь искал виновных — а ему нашептали на невинных, сводя придворные счеты. Князю Ивану Кубенскому и двоим Воронцовым отрубили головы, иных сослали, других бросили в тюрьму.