Сюжет, абсурдный с точки зрения житейской логики, естественно продолжал мотивы «Сталкера» и «Ностальгии». Любимые приемы, сюжетные, этические и фабульные мотивы Тарковского как бы включают «Жертвоприношение» в единую канву снятых им фильмов.
Фабульная основа — семейные отношения, отцовство, детство, дом. Господин Александер (герой истории) — модификация образа Отца, Учителя, Провидца, Мессии — человека не от мира сего и именно потому прозревающего, видящего «очами души своей» мирские грехи. Чудак-фанатик, воспринимающий самопожертвование как священный долг человека.
Фильм начинается с долгого, бесконечно широкого плана: маленькие человеческие фигурки копошатся у сухого дерева. Сквозь титры проступает из темноты экрана старое живописное полотно: старик протягивает сосуд младенцу, возлежащему на руках Мадонны, — «Поклонение волхвов» Леонардо да Винчи, хранящееся в галерее Уффици. Звучание баховских «Страстей по Матфею» усугубляет настроение вдохновенной сосредоточенности, переходя в крики чаек, шум моря. Этой прелюдией открывается за титрами пейзаж зеленеющей равнины под серым небом и вьющаяся по берегу свинцового моря дорога. На дороге появляется велосипедист Отто — некий странный персонаж, отчасти родственный Доменико из «Ностальгии». Все это подано с многозначительной замедленностью ритма, должной настроить зрителя на серьезность действа.
В прелюдии уже заложена завязка мотивов: младенец, принимающий из рук волхва свое удивительное и страшное будущее. В смысловой ряд, как эпиграф, вписывается главный тезис: ЕГО жертва во имя человечества и поправшее смерть Вознесение. Репродукция «Поклонения волхвов» висит в кабинете Александера. Еще не раз лица людей будут отражаться в стекле картины, как бы наслаиваясь на изображение Леонардо и напоминая о младенце, которому преклоняются как будущему мученику и искупителю.
Алекс купил дом, где родился его сын по прозвищу Малыш и в котором он теперь живет со всей семьей. Здесь и плетется запутанный клубок семейных отношений, многозначительных и малопонятных.
Две женщины Александера — англичанка Аделаида и итальянка Евгения — экзотические, экстравагантные, откровенно психически ненормальные, превращают жизнь героя в клубок боли и обид, сюжет — в напряженную смесь мало проясненных эпизодов. В эту атмосферу странного дома вторгается чуждый элемент — маргинальный персонаж Отто. Появляются и две простоватые служанки — Мария и Юлия, женщины из села, сочувствующие напряженному настроению в семье. Дурной дом, странная семья, странные отношения — здесь легко можно потерять рассудок. Или, теряя рассудок, нырнуть в глубины духа, прозревая беды и катастрофы. Присутствие необъяснимого, как в «Сталкере», обозначается странными звуками, от которых начинают дрожать стеклянные предметы — посуда в буфете, оконные стекла. Этот звук сопровождает сдвиги в реальности: сон Александера как бы продолжает развитие семейной драмы и незаметно вплетается в реальность. Герой слышит по радио объявление о начале ядерной войны. Он потрясен и впервые в жизни обращается к небу с мольбой, «потому что война эта — последняя, страшная, после которой не останется уже ни победителей, ни побежденных; ни городов, ни деревень; ни травы, ни деревьев, ни воды в источниках, ни птиц в небе…». В трансе самопожертвования Александер обещает Господу отказаться от всего — от семьи, от любимого сына, стать немым, «лишь бы все сделалось как прежде».
И снова наваждение — сон во сне, в котором является Отто и предлагает Александеру выход: поехать на хутор и переспать со служанкой Марией. Это деяние, по его словам, — единственный способ спасти мир.
Еще на родине Тарковский задумал фильм, в котором человек исцеляется от рака благодаря ночи, проведенной с ведьмой. Здесь тема самоспасения преобразилась в притчу о человеке, который, жертвуя собой, спасает мир. Несмотря на странность предложения, Александер, вооружившись пистолетом, на велосипеде Отто спешит на хутор. Эпизод у Марии не менее странен как в контексте самопожертвования, так и для смыслового усиления главной темы. Пожилой, совершенно не одержимый эротическими настроениями человек объясняет простой женщине, почему должен лечь с ней в постель. Объяснение не убедительно, Мария боится сумасшедшего. Лишь приставив к виску женщины пистолет, герой вымаливает у нее любовь-милосердие. И тут, как и в «Зеркале»: обоюдное самопожертвование поднимает их над постелью. Вознесение? Нарастает, усиливая мощь, все тот же звук, обозначая сдвиг в реальности.
Господин Александер просыпается в своем кабинете и не может понять, что ему приснилось, а что произошло на самом деле. Режиссер оставляет непроясненными оба варианта. Утренний семейный завтрак на траве так привычен в своей детальной обыденности. Но и он не убеждает Александера в фантастичности его видений. Он начинает готовиться к незамедлительному исполнению своего обета. Облачившись в халат с даосскими символами на спине, он отсылает всех на прогулку. Затем сваливает на террасе мебель и поджигает свое имущество. Занялось нешуточно. Всепожирающий огонь не вынесла камера.
За шесть минут, пока длился эпизод, дом сгорел полностью. А ведь на фоне пожара должно состояться прибытие санитарной машины, увозящей Александера в сумасшедший дом. Идея имитации пожара для Тарковского была неприемлема — все должно быть настоящим, особенно этот жертвенный огонь. Пришлось за несколько дней заново возвести дом и снова его поджечь. Эпизод удалось снять полностью: горит неподдельным пламенем любимый дом Александера. Спешит неведомо кем вызванная скорая, деловитые санитары вяжут и увозят героя под мощное звучание Баха. Аделаида, обессилев, оседает в непременную лужу.
Вслед за этим возвышенным и нелепым финалом, словно пародирующим самого себя, как и в «Ивановом детстве», возникает эпилог — сухое дерево, под которым лежит поливший его Малыш. Камера медленно поднимается. Сухое дерево, сквозь сучья которого видны море и небо, зацветает.
Основная сюжетная линия задуманной Александером жертвы сплетена с другой — его отношениями с сыном. Александер — не простой обыватель. Это интеллигент высшей степени образованности и духовности. Прототип Александера — конечно же, переосмысленный в русле главной идеи фильма — Арсений Тарковский. Александер — эссеист, теоретик искусства, университетский преподаватель. Однажды, гуляя со своим сыном, он втыкает в землю сухую корягу и рассказывает притчу о монахе, который в течение пяти лет поливал мертвое дерево, и оно расцвело, ибо духовная сосредоточенность и жертвенность всегда вознаграждаются свыше. Малыш, перенесший операцию на горле, не может говорить. Он лишь внемлет речам отца, глубоко осмысливая, по-видимому, сказанное.
«Фильм продолжил русло моих прежних картин. Но здесь я более старался объединить эпизоды поэтическим смыслом. Поэтому повествование обрело форму поэтической притчи, хотя в нем много автобиографического, — пояснял Тарковский Эрланду Йозефсону. И дом, построенный у моря, — это история нашего дома в деревне. И все персонажи в этом фильме из нашей жизни. Малыш — это я… В этом фильме главный герой очень любит мальчика и постоянно говорит с ним на разные, очень серьезные темы, смысл которых мальчик даже не понимает… Вообще, между отцом и мной тоже были подобные разговоры — когда я еще был маленький и мы часто ходили с ним гулять. (…) У меня это воспоминание осталось на всю жизнь, эти прогулки, когда он говорил со мной».