24 апреля от имени младенца-императора всем этим лицам зачитали указ под названием «Объявление прощения», в котором содержались обвинения в том, что они, способствуя продвижению Бирона на должность регента, действовали «противно должности своей и присяги». Особая «оплеуха» предназначалась Миниху, самому активному из пособников Бирона, возмечтавшему о должности генералиссимуса, которая, согласно предписанию Петра Великого, могла заниматься только принцами или коронованными особами. В конце текста указа говорилось, что, вопреки перечисленным преступлениям, эти лица получали прощение. Фактически указ, содержавший «компромат», предупреждал всех этих сановников, чтобы они сидели тихо и не «высовывались». На Бестужева же указ не распространили.
Примечательно, что имя вице-канцлера Остермана в «Особом прощении» отсутствовало, что свидетельствовало о том, что инициатором расследования и автором указа был именно он. Он получил наконец-то шанс безраздельно править страной. Он вошёл в доверие к Анне Леопольдовне и принцу Антону-Ульриху и держал всех своих соперников одних — в тюрьме, других — на крючке и реализовывал этот шанс с присущими ему энергией, «тонким подходом» и коварством.
Против Бестужева было только то, что он написал проект указа о регентстве Бирона, что он якобы на совещаниях по этому вопросу больше всех говорил и выступал в пользу Бирона и что он получил от Бирона в подарок конфискованный у казнённого А.П. Волынского дом. Последний пункт был, конечно, самым отягчающим положение Бестужева. «Судьба, видимо, преследовала этого человека, видимо, смеялась над ним жестокою насмешкою, — писал Соловьёв. — После стольких усилий, хлопот пробился он, наконец, вперёд, для того, чтоб, заплативши за кратковременную честь страшным беспокойством, бессонными ночами, попасть из кабинет-министров под арест и ожидать самого печального решения своей участи».
Правда, в самом начале блеснула искра надежды: Кёнигсфельс дважды приезжал к супруге Алексея Петровича и спрашивал её, не хотела ли бы она следовать за мужем и сыном в ссылку. Анна Ивановна ответила утвердительно, а адъютант Миниха утешал её и говорил, что его начальник клянётся и божится, что будет её мужу истинным другом. К самому Бестужеву явился другой адъютант Миниха, полковник Х.Г. Ман-штейн
[41], и тоже объявил, что Анна Леопольдовна приказала сослать его в недалёкую ссылку. Бестужев изъявил желание увидеться с Минихом, но Манштейн ответил, что тому недосуг. Бестужев попросил Манштейна передать Миниху просьбу, чтоб тот его не оставил в беде.
Главенствующий после Ушакова на допросах и пострадавший от Бирона А. Яковлев проводил следствие жёстко, последовательно и дотошно. Э. Финч пишет, что Бестужев сознался на следствии, что его подпись под документом, в котором была сформулирована коллективная рекомендация Анне Иоанновне назначить Бирона регентом малолетнего Ивана Антоновича, была подложна и сделана не по его совету. Признал он и другие «вины», сломленный угрозами и замученный тюрьмой.
Обвинение бывшему кабинет-министру составили достаточно нелепое, оно включало теперь в себя следующие пункты: а) находясь в Копенгагене, он имел переписку с Бироном, а по приезде в Петербург ходатайствовал через временщика о получении «кавалерии Александра Невского» и об увеличении жалованья; вернувшись в Данию, получил стараниями Бирона ранг тайного советника и обещание назначить кабинет-министром; б) предпринимал усилия о получении у датского двора для Бирона княжеского титула; в) производство в кабинет-министры по приезде из Копенгагена в Петербург; г) услуга по предоставлению Бирону регентства. К делу можно было «пришить» лишь последний пункт, остальные были просто надуманы: по ним можно было осудить несколько десятков здравствовавших сановников и министров.
Бестужев яростно защищался, он решительно отмежевался от Бирона, и его первые показания были полны резких обвинений в адрес герцога-временщика. Однако, если верить сохранившейся записке Бирона, во время очной ставки с ним Бестужев просил прощения у него за клевету и наветы, которые возводил на него по наущению Миниха, поддавшись уверениям фельдмаршала в том, что только таким путём он спасёт себя и свою семью. «Несправедливо обвинил я герцога, — сказал Бестужев, увидев в камере Бирона, — прошу господ кригс-комиссаров взнесть слова мои в протокол: торжественно объявляю, что одни только угрозы, жестокое обращение со мной и обещание свободы фельдмаршалом Минихом, если я буду лжесвидетельствовать, могли исхитить гнусную клевету, от которой ныне отказываюсь». Кригс-комиссары попытались запутать его, но Бестужев оправдался. И Бирон, и Бестужев единодушно показывали, что главную роль в назначении Бирона регентом играл Миних, что, впрочем, соответствовало действительности.
Скоро Миниха из состава следственной комиссии исключили, и Алексей Петрович признался, что без этой меры он никогда бы не смог говорить на следствии правду. Очевидно, что всесильный фельдмаршал оказывал на ход следствия решающее значение и запугивал Бестужева тяжкими бедами, если тот будет давать неугодные ему показания. Следствие всё-таки выявило, что в установлении регентства Бирона Миних сыграл большую роль, нежели кто иной из сановников, но, как утверждал принц Брауншвейгский, следственная комиссия взяла в своих обвинениях Бестужева и Бирона такой резкий тон и зашла так далеко, что о вынесении им мягкого приговора не могло быть и речи. В одном из обвинений, предъявленных Бирону, говорилось: «Вы Бестужева всегда фаворитом имели и в Кабинет министров ввели с великим презрением и поношением прежних министров». По всей видимости, в виду имелись отставленный от должности Остерман и казнённый Волынский.
17 (по другим данным, 27) января 1741 года так называемая Генералитетская комиссия в составе графа Чернышева, Хрущова, Лопухина, Бахметева, Новосильцева, Яковлева, Квашнина-Самарина и Соковнина приговорила Бестужева-Рюмина к четвертованию. Привлечённые же к делу Бирона фельдмаршал граф Миних, канцлер и кабинет-министр князь Черкасский, шеф Тайной канцелярии генерал Ушаков, обер-шталмейстер князь Куракин, адмирал граф Головин, генерал-прокурор князь Трубецкой, обер-маршал Левенволь-де, тайные советники бароны фон Менгден и фон Бреверн и генерал-майор Альбрехт 24 апреля 1740 года от имени малолетнего Ивана Антоновича получили, как уже упоминалось выше, помилование. К каждому из помилованных можно было бы применить все или часть пунктов обвинения, предъявленных А.П. Бестужеву-Рюмину, но не применили.