Жуков назначил своим преемником в Контрольном совете генерала Соколовского и отбыл в Москву.
Отзыв из Берлина не был простой кадровой перестановкой. Жуков в эти берлинские дни совершил одну непростительную ошибку. Свидетелем этого стал Эйзенхауэр, о чём впоследствии написал в мемуарах: «Жуков резко обошёлся со своим политическим советником Андреем Вышинским, предложив ему выйти из комнаты, чтобы мы могли конфиденциально переговорить». Такое Сталин прощал Жукову только на фронте, и то не всегда.
Жуков возвращался в Москву, уже зная, что его должность — первого заместителя наркома обороны — упразднена, что вместо неё введена должность заместителя по общим вопросам и на неё назначается Булганин. Начальником Генерального штаба — Василевский. А ему предстоит занять должность главнокомандующего Сухопутными войсками.
Когда Жуков приступил к исполнению обязанностей главкома Сухопутных войск, он сразу же почувствовал к себе настороженное отношение многих влиятельных лиц, в особенности из числа высокопоставленных партийцев.
Элла Георгиевна вспоминала, что семья заметила «перемену в настроении отца». «Казалось, что-то его постоянно угнетает и тревожит, он был задумчив и молчалив. Из услышанных разговоров мне запомнилась неоднократно повторённая им фраза: “Если Сталин такой умный человек, то почему он верит наветам?”».
В один из дней Потсдамской конференции Василий Сталин, в то время полковник, командир 286-й истребительной авиадивизии 16-й воздушной армии, встретился с отцом и в откровенном разговоре рассказал ему, почему в авиационных строевых частях «бьётся много лётчиков». После разговора изложил причины большой аварийности письменно: «Командование ВВС принимает от авиапромышленности дефектные истребители Як-9…» Сигнал полковника Василия Сталина подтвердил авиаконструктор А. С. Яковлев. Яковлеву вождь благоволил, всячески его поддерживал и поощрял, и потому его мнение стало решающим. 6 сентября 1945 года Яковлев направил на имя Сталина служебную записку, в ней выражал «серьёзную тревогу» по поводу отставания Советского Союза от США «в развитии реактивной и дальней авиации». Виновником отставания Яковлев назвал наркома авиационной промышленности А. И. Шахурина.
Возможно, полковник Сталин не опустился бы до кляузы. Дело с браком самолётов удалось бы решить, как говорят, «в рабочем порядке». Но тут произошёл случай, который взвинтил самолюбивого Василия. Жуков пригласил его и Серова на охоту. Появилось свободное время, и Жуков предался любимой с юности забаве. На охоте Василий хорошенько выпил и начал стрелять по бутылкам. Старые охотники знают, как отличить дилетанта, случайно взявшего в руки ружьё, от настоящего охотника. Первое: охотник в лесу никогда не напьётся; второе: не будет палить впустую. Жуков прекратил развлечение Василия грубым окриком: «Прекратить!» Василий не боялся никого. Мог нагрубить даже Берии. Но боялся двух человек: отца и Жукова.
Василий покорно прекратил стрельбу. Но злобу затаил. И доложил отцу о бракованных самолётах вскоре после той охоты.
Сталин поручил разобраться в этом деле начальника Смерша В. С. Абакумова. Ведомство генерала Абакумова работало оперативно. Начались аресты, допросы с пристрастием. Среди арестованных оказались: нарком авиационной промышленности А. И. Шахурин, командующий ВВС Главный маршал авиации А. А. Новиков, заместитель командующего и главный инженер ВВС А. К. Репин, член Военного совета ВВС Н. С. Шиманов, начальник ГУ заказов ВВС Н. П. Селезнёв и др.
Маршал Новиков впоследствии рассказывал: «Арестовали по делу ВВС, а допрашивают о другом… Я был орудием в их руках для того, чтобы скомпрометировать некоторых видных деятелей Советского государства путём создания ложных показаний. Это мне стало ясно гораздо позднее. Вопросы о состоянии ВВС были только ширмой… С первого дня ареста мне систематически не давали спать. Днём и ночью я находился на допросах и возвращался в камеру в 6 часов утра, когда в камерах был подъём… После 2–3 дней такого режима я засыпал стоя и сидя, но меня тотчас же будили. Лишённый сна, я через несколько дней был доведён до такого состояния, что был готов на какие угодно показания, лишь бы кончились мучения».
Следствие дало нужный результат в кратчайшие сроки — не прошло и месяца. Уже в апреле 1946 года Абакумов направил в Совет министров СССР на имя Сталина документ, который диктатор давно ждал.
Из заявления Главного маршала авиации А. А. Новикова на имя И. В. Сталина, написанного в апреле 1946 года в заключении:
МИНИСТРУ ВООРУЖЁННЫХ СИЛ СССР
И. В. СТАЛИНУ
От бывшего главнокомандующего ВВС,
Ныне арестованного НОВИКОВА
Лично перед Вами виновен в преступлениях, которые совершались в Военно-воздушных силах, больше чем кто-либо другой.
Помимо того, что я являюсь непосредственным виновником приёма на вооружение авиационных частей недоброкачественных самолётов и моторов, выпускавшихся авиационной промышленностью, я, как командующий Военно-воздушных сил, должен был обо всём этом доложить Вам, но этого я не делал, скрывая от Вас антигосударственную практику в работе ВВС и НКАП.
Я скрывал от Вас безделье и разболтанность ряда ответственных работников ВВС, что многие занимались своим личным благополучием больше, чем государственным делом, что некоторые руководящие работники безответственно относились к работе. Я покрывал такого проходимца, как Жаров, который, пользуясь моей опекой, тащил направо и налево. Я сам культивировал угодничество и подхалимство в аппарате ВВС.
Всё это происходило потому, что я сам попал в болото преступлений, связанных с приёмом на вооружение ВВС бракованной авиационной техники. Мне стыдно говорить, но я также чересчур много занимался приобретением различного имущества с фронта и устройством своего личного благополучия…
Только теперь, находясь в тюрьме, я опомнился и призадумался над тем, что я натворил. Вместо того чтобы с благодарностью отнестись к Верховному Главнокомандующему, который для меня за время войны сделал всё, чтобы я хорошо и достойно работал, который буквально тянул меня за уши, — я вместо этого поступил как подлец, всячески ворчал, проявлял недовольство, а своим близким даже высказывал вражеские выпады против Министра Вооружённых Сил.
Настоящим заявлением я хочу Вам честно и до конца рассказать, что, кроме нанесённого мною большого вреда в бытность мою командующим ВВС, о чём я уже дал показания, я также виновен в ещё более важных преступлениях.
Я счёл теперь необходимым в своём заявлении на Ваше имя рассказать о своей связи с Жуковым, взаимоотношениях и политически вредных разговорах с ним, которые мы вели в период войны и до последнего времени.
Хотя я теперь арестован и не моё дело давать какие-либо советы, в чём и как поступать, но всё же, обращаясь к Вам, я хочу рассказать о своих связях с Жуковым потому, что мне кажется, пора положить конец такому вредному поведению Жукова, ибо если дело так далее пойдёт, то это может привести к пагубным последствиям.
За время войны, бывая на фронтах вместе с Жуковым, между нами установились близкие отношения, которые продолжались до дня моего ареста.