В январе 1954 г. главнокомандующий ВМС подписал акт, в котором отмечалось, что аппаратура поиска подводных лодок на Бе-6 работоспособна. Система «Баку» успешно прошла испытания и в 1955 г. была принята на вооружение.
Последней модификацией гидросамолета Бе-6 стал самолет Бе-6 «Лайнер» (изделие «КЛ»), на котором в 1965–1967 гг. проводились работы по установке системы связи с погруженными подводными лодками (тема «Лайнер»). В 1965 г. была разработана конструкция антенн, в январе 1966 г. завершилась сдача рабочих чертежей установки аппаратуры «Лайнер». Летом начался монтаж нового оборудования на серийном Бе-6, но в июне работы приостановили с тем, чтобы их продолжить на другом самолете (серийный № 4601403).
Получение этой машины значительно затянулось, и антенны установили лишь в январе — феврале 1967 г. Доработанный Бе-6 был передан на испытания в 318-й отдельный противолодочный авиационный полк ЧФ в Донузлаве. По результатам испытаний тема была закрыта.
Помимо авиации ВМФ Бе-6 послужили на «гражданке» — в Полярной авиации. В период с 1955 по 1957 г. семь летающих лодок прошли переоборудование на заводе № 86 в Таганроге. С них снималось все вооружение и устанавливались дополнительные топливные баки.
В 1959–1960 гг. после необходимой подготовки около 20 машин были переданы из наличия ВМФ в Китай. Специалисты ОКБ Г М. Бериева участвовали в этом процессе в составе специальной рабочей группы. По окончании командировки многие были представлены к правительственным наградам.
Китайские Бе-6 надолго пережили своих собратьев в Советском Союзе. В 2003 г. в 3-м отдельном авиационном полку морской авиации КНР еще числилось две машины. Еще одна (с бортовым номером 98706) находится в авиационном музее. Подробности о службе китайских летающих лодок неизвестны, но следует отметить, что «родные» АШ-73 были заменены на ТВД местного производства, а сам Бе-6 в известной степени послужил китайским специалистам прототипом при создании гидросамолета SH-5.
22 августа 1951 г. приказом Военно-морского министра дальний морской разведчик Бе-6 был принят на вооружение. За месяц до этого первый опытный самолет поступил из НИИ-15 авиации ВМС в 403-й одрап Северного флота, базировавшийся в губе Грязная.
В целом производство новой машины разворачивалось довольно медленно, из-за чего перевооружение строевых частей затянулось на несколько лет. Так, к сентябрю 1953 г. в морской авиации числилось всего 20 серийных Бе-6.
В этом же месяце начал переучивание на новую технику личный состав 17-й омдраэ Балтийского флота. Через год в эскадрилье числилось уже десять самолетов.
На Черноморском флоте к освоению новой летающей лодки приступил в начале 1953 г. 977-й одрап. Экипажи этого полка в период с 20 июля по 18 августа 1954 г. перегнали 18 Бе-6 на Тихоокеанский флот. Перегон проходил по маршруту: озеро Палеостоми — Таганрог — Пермь — Красноярск — Якутск — Софийск — гидроаэродром Суходол.
Новые летающие лодки постепенно меняли в частях «Каталины», и к середине 1955 г. на всех флотах переучивание летного состава на Бе-6 в основном завершилось. Хотя тихоокеанский 289-й авиационный полк полностью перешел на новые машины только к августу 1957 г.
Начав свою службу в морской авиации как дальние разведчики, Бе-6 сразу включились в разворачивающееся советско-американское противостояние на море. Тихоокеанцы, летавшие на разведку в Японское море, сразу стали объектами перехвата со стороны истребителей 7-го флота США. Янки дали новичку свое кодовое обозначение «Madga».
В курс боевой подготовки подразделений разведывательной авиации ВМФ традиционно входило бомбометание днем и ночью в простых и сложных метеоусловиях и высотное торпедометание. Теперь центр тяжести учебы стал смещаться в сторону разведподготовки и полетам на поддержание оперативного режима в зоне ответственности своих флотов.
Такие полеты длились обычно по 8—10 часов, но в полках имелись самолеты с дополнительными баками, которые могли находиться в воздухе до 20 часов. В этом случае на борту находилось два экипажа. Тактический радиус Бе-6 позволял обследовать значительные по площади акватории. Североморские летающие лодки часто в таких полетах достигали острова Шпицберген.
Экипажи разведывательного полка Северного флота привлекались к обеспечению проводившихся в пятидесятых годах испытаний ядерного оружия на архипелаге Новая Земля. Их задачей была воздушная разведка над прилегающими к полигону акваториями, но иногда Бе-6 ставилась задача по забору проб воздуха из радиоактивного облака. Каких-либо средств индивидуальной защиты члены экипажа не имели.
Несмотря на успешное начало, карьера Бе-6 как морского разведчика оказалась недолгой. С появлением в 1954 г. реактивных Ил-28Р летающая лодка в этом качестве перестала устраивать командование морской авиации. Но когда перед флотом остро встала задача борьбы с подводными лодками, наиболее предпочтительным кандидатом на роль самолета ПЛО стал Бе-6.
Задача поиска подводных лодок ставилась перед Бе-6 и раньше, однако машина имела лишь РЛС, а успех в поиске субмарин противника могло принести только применение новой техники — радиогидроакус-тических буев и магнитометра.
Именно поэтому была создана специальная модификация Бе-6ПЛО, о которой упоминалось выше. Бе-6ПЛО могли применяться как в поисковом, так и в ударном варианте. В поисковом варианте самолет нес РГБ на 16 узлах внешней подвески. При выполнении ударных задач на их место подвешивались кассеты с глубинными бомбами ПЛАБ-МК, каждая из которых вмещала 57 бомб.
Переоборудование Бе-6 в противолодочный самолет началось на Черноморском и Балтийском флотах в 1954 г., на Севере — в 1955 г., на Тихом океане — в 1956–1957 гг.
Оснащение самолетов специальными средствами поиска сразу поставило новые вопросы. Не было опыта применения этих систем, не была отработана тактика поиска и взаимодействие между противолодочной авиацией и корабельными поисково-ударными группами (КПУГ). Полки, перевооружившиеся на новые машины, до 1959 г. следовали устаревшему «Курсу боевой подготовки разведывательной авиации» в редакции 1955 г.
Постепенно авиаторы-противолодочники накапливали необходимый опыт, разрабатывали схемы поиска и слежения, проводили многочисленные исследовательские учения. Именно на Бе-6 впервые были отработаны ставшие впоследствии стандартными для противолодочной авиации такие тактические приемы, как «крест» и охватывающий барьер из РГБ.
Совершенствовалось и бортовое оборудование летающей лодки. В 1960–1962 гг. на самолетах авиации ЧФ и СФ был установлен автоматический навигационный прибор АНП-1 «Азов», обеспечивающий счисление пути самолета и дающий возможность выхода в точку включения прибора. С применением АНП-1 появилась возможность прицеливания при атаке лодки в подводном положении, а после установки на нескольких машинах доплеровских измерителей путевой скорости и угла сноса ДИСС-1 выполнение боевых маневров еще более упростилось.
На Бе-6 проходил опытную эксплуатацию первый вариант прицельно-вычислительного устройства ПВУ-С «Сирень». Впоследствии, после существенных доработок, эту систему установили на Бе-12. Начиная с 1962 г. на Бе-6 стали устанавливать новые, более чувствительные магнитометры АПМ-60 «Орша».
