Роль Сталина в экспроприации остается недоказуемой, хотя многие в партии считали его «эксом». Беспримерное по своей дерзости ограбление тифлисского казначейства на Эриванской площади в Тифлисе в 1907 г., совершенное через полтора месяца после Лондонского съезда, организовал и провел Камо (Тер-Петросян). Об участии в этом Сталина ничего не известно. Известно только, что до и после ограбления Сталин ездил в Берлин и встречался с Лениным. Сам Сталин не подтверждал слухов о своем участии в экспроприации, но и не опровергал их.
Летом 1907 г. Коба переезжает в Баку, где сохранилась Бакинская организация большевиков (руководили ей Шаумян, Джапаридзе, Енукидзе). Профессиональный союз также находился под руководством большевиков. Большевики руководили организацией стачечного движения, а осенью — избирательной кампанией в III Государственную думу. Коба предпочитал работу в подпольном комитете, пытаясь подчинить себе популярных лидеров Шаумяна и Джапаридзе, чем вызывал естественное недовольство.
Сам он так вспоминал об этом периоде своей жизни: «Три года революционной работы среди рабочих нефтяной промышленности закалили меня как практического борца и одного из практических местных руководителей. В общении с такими передовыми рабочими Баку, как Вацек, Саратовец, Фиолетов и др., с одной стороны, и в буре глубочайших конфликтов между рабочими и нефтепромышленниками — с другой стороны, я впервые узнал, что значит руководить большими массами рабочих. Там, в Баку, я получил, таким образом, второе свое боевое революционное крещение. Там я стал подмастерьем от революции».
25 октября 1907 г. на общегородской большевистской конференции Коба был избран членом Бакинского комитета РСДРП. После почти полугода работы в составе комитета 25 марта 1908 г. он был арестован и помещен в Баиловскую тюрьму в Баку. По воспоминаниям социалиста-революционера Верещака, находившегося вместе с Кобой в тюрьме, переполненной арестантами, Коба отличался грубостью, но держался твердо, нервы у него были железные, в тюрьме он изучал язык эсперанто.
9 ноября 1908 г. Иосифа отправляют в ссылку. В январе 1909 г. состав со ссыльными прибыл в Вологду. Местом пребывания ссыльного Кобы был определен город Сольвычегодск. Перенеся возвратный тиф, он добрался 27 февраля до этого города и оставался там до своего побега в июне 1909 г. Судя по скудным свидетельствам, сбежав, Сталин отправился в Петербург, где, встретившись с С.Я. Аллилуевым, отправился в Баку. В Баку он начал восстанавливать издание газеты «Бакинский пролетарий». Очередной номер газеты вышел 1 августа, в нем была напечатана его статья под названием «Партийный кризис и наши задачи». Главной задачей Коба назвал создание общерусской газеты в России, а не за границей.
В ноябре — декабре 1909 г. Коба написал серию статей под заголовком «Письма с Кавказа» для газеты «Социал-демократ», издававшейся в эмиграции.
23 марта 1910 г., на другой день после заседания Бакинского комитета, Джугашвили, действовавший тогда под фамилией Меликянц, был арестован. Он снова попал в Баиловскую тюрьму, а в сентябре был опять выслан в Сольвычегодск. Уже после ареста вышла из печати его статья, посвященная Августу Бебелю.
В июне 1911 г., когда закончился срок ссылки Кобы (ему было запрещено возвращаться на Кавказ, в обе столицы и в фабрично-заводские центры), он остался в Вологде, откуда в начале сентября уехал нелегально в Петербург, чтобы установить связи с местной партийной организацией. 9 сентября, после встречи с С.Я. Аллилуевым, он был вновь арестован и в декабре высылан в Вологду на три года.
В январе 1912 г. на фоне поднимающегося рабочего движения в России после 7 лет реакции большевиками была организована VI Всероссийская конференция РСДРП в г. Праге. Представляя менее половины партийных организаций РСДРП, конференция все же провозгласила себя всероссийской и общепартийной в роли верховного органа партии. Руководство конференцией единолично осуществлял Ленин. Он поставил две основные задачи: изгнать из партии своих основных политических конкурентов — меньшевиков — ликвидаторов и в рамках РСДРП установить контроль обновленного и преданного ему руководства. Во время конференции Ленин внес предложение о том, чтобы во вновь избираемый ЦК вошел и кавказский большевик, находившийся в то время в ссылке в Вологде. Однако это предложение было отклонено, вероятно, потому, что кандидат не был широко известен среди партийного актива, находившегося в эмиграции. На конференции был избран ЦК из семи человек с пятью кандидатами. От Кавказа в состав ЦК вошли Г.К. Орджоникидзе и С. С. Спандарян.
На Пленуме ЦК уже в конце конференции по настоянию Ленина в его состав были дополнительно кооптированы Я.М. Свердлов, Г.И. Петровский, И.С. Белостоцкий, а также Коба (Иванович).
Коба познакомился с решениями Пражской конференции в феврале 1912 г., когда по поручению Ленина к нему в Вологду прибыл Орджоникидзе. Вскоре Коба написал листовку, в которой высоко отзывался об итогах конференции и призывал партийные организации сплотиться вокруг ЦК. Листовка была подписана им от имени Центрального Комитета РСДРП.
Совершив побег из ссылки, Коба в марте 1912 г. появляется в Москве, а 10 апреля прибывает в столицу России Петербург. Здесь он провел только 12 дней на свободе, участвуя в издании большевистского органа «Звезда». В Санкт-Петербурге застают его события Ленского расстрела рабочих, и он пишет в газету статью: «Ленские выстрелы разбили лед молчания». Именно тогда эта газета начала дискуссию с Лениным, нападая на него за борьбу против примирения между фракциями. По воспоминаниям Троцкого, Коба вел двойную политику — поддерживал Ленина в борьбе против ликвидаторов, и поддерживал примиренцев — в борьбе против Ленина. Заявления Кобы того периода свидетельствовали о том, что он не поддерживал решение Пражской конференции о ликвидаторах. Для первого номера «Правды» им была написана передовая статья «Наши цели», в которой он открыто и однозначно высказался за примирение фракций. «Мощное и полное жизни движение немыслимо без разногласий, — писал он, — только на кладбище осуществимо «полное тождество взглядов»!»
После выхода первого номера газеты «Правда» Сталин был арестован и в начале июля 1912 г. сослан в Нарымский край. Проведя там полтора месяца, он бежал в Петербург. Здесь он участвует в кампании по выборам в IV Государственную думу, хотя ранее высказывался за бойкот этих выборов, и занимается изданием газеты «Правда». Фактическое руководство газетой осуществляет Ленин из Кракова, присылая Сталину свои статьи и инструкции. Однако Сталин не всегда им следовал. Наталкиваясь на сопротивление Сталина, занимающего примиренческую позицию, Ленин пишет негодующие письма и вызывает Сталина в Краков.
После возвращения из Кракова в Россию Сталин в одной из статей в «Правде» пытался как-то сгладить остроту противоречий. В политическом воззвании, подготовленном в декабре, он призывал рабочих к единому выступлению. В конце декабря Сталин получил письмо от Крупской, которая от имени Ленина просила его вновь приехать в Краков на совещание ЦК РСДРП с партийными работниками, туда же должны были прибыть шесть большевистских депутатов Думы. На этом совещании была рассмотрена деятельность «Правды». Свердлову было поручено приступить к работе в газете, чтобы усилить большевистские позиции. Отстраненный таким образом от дел Коба некоторое время оставался в Кракове, а в конце января уехал в Вену. Здесь по просьбе Ленина и под его руководством Коба пишет статью по национальному вопросу для теоретического журнала партии «Просвещение». В помощь Сталину был направлен Н.И. Бухарин, который переводил для него специальную литературу с немецкого языка, прежде всего труды австрийских марксистов. (Сталин не знал иностранных языков.) В столице Австро-Венгрии он вновь встретился с Троцким. Статья «Марксизм и национальный вопрос» вышла в 1913 г. за подписью К. Сталин, а в 1914 г. была издана отдельной брошюрой и приобрела большую известность среди марксистов. Ленин с одобрением отзывался об этой работе, он писал А.М. Горькому: «У нас один чудесный грузин засел и пишет для «Просвещения» большую статью, собрав все австрийские и пр. материалы».
