Интерес Уайны Капака к крупномасштабной архитектуре не иссяк с завершением строительства Саксауамана. Он много ездил по своим владениям, и «куда бы он ни приезжал, везде приказывал строить жилища и крепости, проекты же чертил собственной рукой». Треугольная площадь в Кахамарке, единственная в своем роде, свидетельствует о его оригинальном подходе к архитектуре. Но он, как и его дед, был также блестящим администратором. Сьеса де Леон пишет: «…он пересмотрел границы многих провинций таким образом, чтобы их невозможно было изменить силой оружия. Его войска, несмотря на многочисленность, были настолько дисциплинированны, что не выходили за пределы своих лагерей; куда бы они ни шли, везде местные жители обеспечивали их нужды так обильно, что оставалось больше, чем использовалось. В одних местах он строил бани; в других устраивал охотничьи заповедники, а в пустынях строил большие дома. Где бы он ни проходил, он оставлял за собой столь заметные следы деятельности, что сама их совокупность внушает изумление».
Уайна Капак унаследовал от отца упорядоченное и покорное владение. Единственная реальная оппозиция инкскому правлению исходила, похоже, лишь с только что завоеванного севера. Присоединение к империи народа кито в Эквадоре, столь же развитого и столь же воинственного, как и инки, Прескотт описывает как «наиболее важное приообретение, сделанное со времен основания династии Манко Капака». Важнейшими из результатов его правления были введение языка кечуа в качестве основного, развитое земледелие и завершение строительства Андского шоссе от Кито до Куско. И все же Уайна Капак провел значительную часть своего тридцатичетырехлетнего правления на севере. К моменту своей смерти в 1527 году он находился в Кито с двумя своими лучшими военачальниками, Кискисом и Чалькучимой, вместе с самыми опытными и закаленными воинами империи.
Прескотт утверждает, что Уайна Капак сам разделил империю. Некоторые хронисты утверждают, напротив, что он умер, не назначив наследника. Как бы то ни было, империя оказалась расколота, Атауальпа взял во владение новые территории на севере, Уаскар – остальную часть империи с центром в Куско. «Уаскар был сыном Уайны Капака, так же как Атауальпа. Уаскар был младшим, Атауальпа старшим. Уаскар был сыном Койи, сестры его отца; Атауальпа был сыном женщины из Килаки по имени Тапак Палья. Оба они родились в Куско, а не в Кито, как кое-кто говорил и даже писал, не зная фактов». Далее Сьеса де Леон пишет, что «это подтверждается тем фактом, что Уайна Капак был занят завоеванием Кито и тех земель около двенадцати лет, а Атауальпе было за тридцать, когда он умер». И он добавляет: «Уаскар родился в Куско, и Атауальпа был на четыре или пять лет старше его. Это правда, и я в это верю». Тем не менее предположение, что Атауальпа родился на севере, возможно, в самом Кито, до сих пор окончательно не опровергнуто.
Уаскар неизбежно должен был унаследовать борла, непосредственно королевские владения, ибо он являлся, без сомнения, законным наследником и в момент смерти отца находился в Куско, в окружении всей бюрократической имперской знати. Атауальпа, с другой стороны, был в Кито с отцом, когда тот умер. «Он был хорошо сложен для индейца, с хорошей осанкой, не слишком коренастый, приятной внешности и с серьезным лицом…» Сьеса де Леон пишет: «Атауальпа был любим старыми военачальниками его отца и солдатами, поскольку еще ребенком ходил с ним на войну, и потому что Уайна Капак так любил его, что не позволял есть ничего, кроме того, что он оставлял на своей тарелке. Уаскар был милосерден и набожен; Атауальпа беспощаден и мстителен; при этом оба бывали великодушны, но Атауальпа был человеком большей целеустремленности и предприимчивости».
Трудно сказать, что было на уме у Уайны Капака, сам ли он поделил империю таким образом или позволил этому произойти, так и не назвав своего преемника. В последние несколько лет его жизни плававшие на бальсовых плотах торговцы и путешественники рассказывали ему о том, что происходит на севере за пределами его империи. Как бы ни были неточны результаты подобной разведки, император не мог оставаться в полном неведении об опасности, возникшей в связи с походом испанцев в Мексику и на юг на Дарьен. До него должны были доходить и рассказы о бороздящих моря кораблях, везущих бородатых людей. Гарсиласо полагает, что им владели дурные предчувствия и что, подобно Моктесуме, он стал свидетелем многих дурных предзнаменований. Например, его мудрецы предвещали катастрофу, когда орел упал с небес после атаки канюков во время праздника Солнца.
«Последовали землетрясения такой необычайной силы, что огромные скалы раскалывались на части, а горы падали. Море стало яростным, затопило берега и захватило землю, причем небеса рассекали многочисленные кометы, сея ужас. Мистический страх охватил [людей] по всему Перу, когда однажды необычно ясной ночью новая луна появилась с ореолом из трех больших колец; первое было цвета крови, второе зеленовато-черное, а третье, казалось, было сделано из дыма».
Предсказатели утверждали, что кольцо цвета крови предрекает войну между потомками Инки, и добавляли: «Черное кольцо угрожает нашей религии, нашим законам и империи, которая не переживет этих войн и смерти твоих людей; и все, что ты сделал, и все, что сделали твои предки, исчезнет в дыму, как показывает третье кольцо».
И все же нам трудно принять версию, похоже разделяемую Прескоттом, что Уайна Капак приказал своим вождям подчиниться бородатым чужакам, чей приход был предсказан Инкой Виракочей. Каким бы суеверным фаталистом он ни был, он являлся абсолютным правителем всего мира инков, и миру этому пока ничто всерьез не угрожало. Раскол же империи по его согласию гораздо более вероятен. Осознав надвигающуюся с севера опасность, он сделал все, что мог, чтобы передать свои армии под командование единственного сына, на чьи способности как военного лидера он мог положиться.
Год смерти Уайны Капака был годом прибытия маленького суденышка Писарро в Тумбес.
Возможно, Уайна Капак надеялся, что Атауальпа немедленно воспользуется возможностями своей закаленной армии, утвердится в качестве Инки и устранит Уаскара, как Пачакути устранил своего брата Урко. Однако Атауальпа, похоже, не был склонен спешить. Он, очевидно, чувствовал, что нуждается во времени для укрепления своих позиций; Уаскар же оказался слишком беспечен, чтобы намеренно ускорить события и бросить вызов своему сводному брату на севере. Только пять лет спустя после смерти отца Атауальпа почувствовал себя достаточно сильным, чтобы сделать первый ход. Даже тогда проявленная им жестокость свидетельствует о сомнениях, вызванных его положением не вполне законного наследника.
Свою первую победу он одержал в 1532 году при Амбато, примерно в шестидесяти милях к югу от Кито. Он атаковал город Тумебамба, перебил его обитателей и сровнял город с землей, после чего продолжал опустошать провинцию Каньярис в назидание прочим сторонникам Уаскара. Он действовал как человек, который должен победить или потерять все. Продвигаясь по прибрежной дороге, он был остановлен островитянами Пуны, но оставил их на расправу жителям Тумбеса и по соединительной дороге ушел в Анды. Была весна, и Писарро уже высаживал свое войско позади линии войск индейцев, когда Атауальпа бросил свою армию в решающее сражение при Куско, оставаясь при резервных войсках в Кахамарке. Его дисциплинированные, закаленные воины разгромили наспех собранное ополчение Уаскара. Тем не менее сражение продолжалось весь день. Убитые насчитывались тысячами. Сам Уаскар был взят в плен.