За время своего функционирования в 1949–1957 годах на «закрытом» отделении мехмата МГУ прошли обучение около 200 человек. Их приход в начале 1950-х годов в криптослужбу в значительной мере способствовал процессу «математизации» советской криптологии. Наряду с разработкой новых методов криптоанализа шифросистем существенное развитие получила теоретическая криптология, в которой одну из ведущих ролей стал играть математический аппарат.
В конце 1952 года И. Сталин еще раз захотел реорганизовать разведку и контрразведку, санкционировав образование в МГБ Главного управления разведки, которое имело бы в своем составе разведывательное и контрразведывательное управление. Однако 5 марта 1953 года он умер, потому эта реорганизация была остановлена. Первым заместителем Председателя СМ СССР и министром внутренних дел был назначен Л. Берия.
В тот же день на совместном заседании Пленума ЦК КПСС, СМ и ПВС СССР было принято решение о возвращении МГБ в состав МВД. 23 апреля 1953 года приказом МВД № 00142 ответственность за шифровально-дешифровальное дело было возложено на 8-е Управление МВД. Его начальником стал полковник Иван Тихонович Савченко (1908–1999), а его заместителем — генерал-майор А. И. Копытцев. Также в Управлении был создан Научно-технический совет (далее — НТС), к которому перешли функции Ученого совета ГУСС.
В том же году 8-м Управлением МВД были изданы две части учебника по криптологии: «Часть первая. Курс раскрытия шифров замены, гаммирования и перестановок» (автор М. И. Соколов) и «Часть вторая. Курс раскрытия кодируемых текстов и их осложнений» (авторы: Б. А. Аронский, В. Ф. Самсонов, И. В. Гусаков, В. И. Садиков, Н. А. Цыганков и А. Г. Выгодский).
24 апреля 1953 года ГУСС Постановлением РМ СССР была ликвидирована и разделена на три части: Специальная служба органов госбезопасности (8-ое Управление МВД), Специальная служба ГШ СА и Специальная служба Главного штаба ВМФ. ВШК перешла в подчинение 8-го Управления и стала называться Высшей школой 8-го Управления МВД. Однако ее штатное расписание и списки преподавательского и учебно-вспомогательного состава сохранились без изменений.
6 июня 1953 года был арестован министр внутренних дел Л. Берия. Указом ПВС СССР он был лишен полномочий депутата Верховного Совета, снят с должности первого заместителя председателя СМ СССР и министра внутренних дел, лишен всех званий и наград, а дело о его «преступных деяниях» передано на рассмотрение Верховного Суда СССР. Одновременно с Л. Берией были арестованы или отстранены от должности Л. Е. Влодзимирский, С. А. Гоглидзе, В. Г. Деканозов, Б. З. Кобулов, П. П. Лорент, В. Н. Меркулов, Б. П. Обручников, Л. Ф. Райхман, Н. С. Сазыкин, П. А. Судоплатов и ряд других руководителей МВД.
13 марта 1954 года Указом ПВС СССР был создан Комитет государственной безопасности (далее — КГБ) при СМ СССР. 8-е Управление МВД стало 8-м Главным Управлением (далее — ГУ) КГБ. Его начальником стал генерал-майор Василий Андреевич Лукшин (1912–1967), а его заместителем — генерал-майор А. И. Копытцев. «Положение о КГБ при СМ СССР» было утверждено Президиумом ЦК КПСС и введено в действие Постановлением СМ СССР от 23 декабря 1958 года.
16 марта 1954 года в МВД для обеспечения собственной шифрованной связи был создан 2-й спецотдел, начальником которого стал полковник И. И. Филаткин. 24 апреля 1956 года начальником спецотдела приказом МВД № 387 был назначен бывший инструктор Отдела административных органов ЦК КПСС полковник К. Е. Елисеев. По состоянию на 25 марта 1959 года в спецотделе работало 38 человек.
14 февраля 1955 года руководством КГБ было принято решение о выделении шифрованно-документальной связи из системы правительственной связи: телеграфная служба Отдела «С» была передана в 8-й отдел 8-го ГУ КГБ при СМ СССР.
8-е ГУ КГБ должно было выполнять две основных функции: во-первых, разработка шифров и систем криптографии для КГБ и МИД; во-вторых, обеспечение надежности и безопасности специальной связи СССР. Кроме того, персонал его перехватывал и пытался дешифровать радиообмен между иностранными правительственными учреждениями, используя искусственные спутники Земли, специальные суда и аппаратуру, размещенную в зданиях советских посольств.
ГУ в разные периоды времени возглавляли:
1. Лукшин Василий Андреевич (27.03.1954 — 16.03.1961).
2. Лялин Серафим Николаевич (16.03.1961 — 18.10.1967).
3. Емохонов Николай Павлович (02.07.1968 — 08.07.1971).
4. Усиков Георгий Артемович (август 1971 — август 1975).
5. Андреев Николай Николаевич (август 1975–1991).
29 апреля 1954 года начальником 8-го ГУ было утверждено новое «Положение о курсах усовершенствования офицерского состава частей Спецслужбы при Высшей школе 8-го Главного Управления». На Высшую школу (далее — ВШ) дополнительно были возложены функции рабочего аппарата НТС 8-го ГУ, подготовка научных кадров, научно-техническая информация, редакционно-издательская и библиотечная работа. Кроме того, на ВШ была возложена организация и проведение чекистской и языковой подготовки в 8-м ГУ. После отмены подготовки криптологов на дневном отделении ВШ единственным местом их подготовки осталось вечернее отделение.
В июне 1954 года Председатель КГБ Иван Александрович Серов утвердил новое «Положение о вечернем отделении Высшей школы 8-го Главного Управления по подготовке инженеров-криптографов». В этом Положении указывалось: «Вечернее отделение является отделением закрытого типа с 4-годичным сроком обучения и имеет целью подготовку криптографических кадров для работы в 8-м Главном Управлении».
Комплектование вечернего отделения производилось из числа сотрудников 8-го ГУ в возрасте до 40 лет, которые имели законченное среднее образование и опыт практической работы по специальности в дешифровальной службе. Тем, кто окончил вечернее отделение, присваивалась квалификация «инженера-криптографа» по специальности «ручные и машинные шифросистемы».
Значительное место в работе ВШ занимали курсы по подготовке и переподготовке криптологов разных профилей из числа сотрудников, уже занятых на криптологической работе, а главное — для вновь пришедших, в том числе окончивших «закрытое» отделение мехмата МГУ, где с 1954 года спецдисциплины не преподавались. На курсах были группы как для лиц с высшим образованием, так и для лиц, имевших среднее образование. Срок обучения на курсах устанавливался от трех месяцев до полутора лет. Эти курсы функционировали с 1954-го по 1964 год.
На курсах учились не только сотрудники 8-го ГУ, но и проводилась подготовка криптологов для специальных служб ГРУ ГШ СА, ВМФ, а также для Главного управления гидрометеослужбы при СМ СССР.
В январе 1960 года был принят закон «О новом значительном сокращении Вооруженных сил СССР», в соответствии с которым существенно сокращались и кадры КГБ. В связи с этим ВШ 8-го ГУ КГБ, имея в своем составе профилирующие кафедры, аспирантуру, вечернее отделение и курсовую систему, вошла в структуру (в сокращенном виде) ВШ КГБ как 4-й (технический) факультет.
Сначала факультет готовил на вечернем отделении по полной вузовской программе только инженеров-математиков для Государственного комитета по радиоэлектронике. Однако успехи спецслужб быстро поднимали его авторитет, и в 1961 году опять было принято правительственное постановление о подготовке криптологов высшей квалификации.
