Несмотря на осуждение Ария в Никее, он позднее был прощен, а в 335 г. его идеологию реабилитировали. В течение большей части IV в. сыновья Константина с благосклонностью относились к его теологическим определениям. Это имело серьезные последствия и для тех, кто поддерживал декреты Никеи, и для распространения христианства среди неримских племен. В 340-х гг. готский лидер Ульфила (Вульфила) посетил Константинополь и был посвящен в сан епископа арианскими властями. Позже он изобрел алфавит, чтобы иметь возможность представить устный язык готов в письменной форме, и перевел Евангелия. Готы были не единственным народом, принявшим арианские определения христианства; то же самое сделали почти все прочие германские племена. Так что, когда Римская империя на западе пала под натиском варваров, остготы, вестготы, свевы, бургунды и вандалы принесли с собой свои арианские верования, которые неоднократно осуждались церковными соборами. В процессе этого пришельцы столкнулись с упорным противодействием христиан, не приемлевших учения Ария. В Равенне Теодориха сохранились Арианский баптистерий и баптистерий православных, а также церкви двух противоборствовавших христианских групп. В Северной Африке вандалы были намного менее терпимыми и вели гонения на неарианских христиан. Арианство окончательно искоренили только в VI в., когда войска Юстиниана навязали ортодоксальную веру всему населению империи. Постепенно свевы, вестготы и бургунды отказались от своего проарианского прошлого в пользу вероучения, одобренного Вселенскими соборами и имевшего более «римский» характер.
Хотя большинство сохранившихся источников являются христианскими по происхождению, ясно, что языческие культы не исчезли быстро. Философские школы, дававшие высшее образование в Александрии, Афинах и Антиохии, продолжали функционировать в дохристианской среде. Для интеллигентных молодых людей это был единственный способ получить «продвинутые» знания. С этой культурой неразрывно связаны имена четырех великих восточных святых, почитаемых как греческие Отцы Церкви, – Василий, Григорий Богослов (Григорий Назианзин), Григорий Нисский и Иоанн Златоуст. Св. Августин, ставший одним из главных латинских Отцов Церкви, тоже получал образование по языческой программе. Василий, впоследствии ставший епископом Кесарии, вместе с будущим императором Юлианом посещал лекции по античной философии, которые читал в Афинах платоновский эксперт Прохересий. Юлиан, став в 361 г. императором, попытался оживить поклонение языческим богам, однако этому помешала его безвременная смерть всего лишь 18 месяцами позже. Движение умерло вместе с лидером. Тем не менее многие ученые оставались приверженцами языческих культов, а сельские жители, которых вообще никак не затронули христианские доктрины, продолжали жить по древним обычаям и поклонялись своим привычным богам.
Императоры упорно боролись с древними культами, для чего использовали всеобщие собрания епископов, клеймившие язычество и ересь. Постепенно складывалась твердая христианская иерархия. Феодосий I созвал собор в Константинополе в 381 г. Под его эгидой 150 епископов подтвердили решения, принятые в Никее, еще раз осудили арианство и добавили важные меры, направленные против языческих культов. Также они прояснили формулировку Символа веры, которую должны были повторять все христиане. Феодосий также настоял на повышении статуса епископских престолов в Константинополе и Иерусалиме до такого же, каким обладали высшие духовные чины в Риме, Александрии и Антиохии (епархии в этих городах основали апостолы). Иерусалим почитался как место служения Христа и его смерти на Кресте, который был обнаружен матерью Константина Еленой. Претензия Константинополя на выдающееся положение основывалась на том, что он стал столицей Римской империи, где находилась резиденция императора.
Возвышение Константинополя, конечно, оспаривалось Римом. Но в 451 г. на Халкедонском соборе, когда собрание 381 епископа признали II Вселенским собором, такое положение Константинополя было утверждено окончательно. Таким образом, Новый Рим поднялся на тот же уровень, что и старый, пусть даже последний и сохранил почетное первенство – все же его церковь была основана св. Петром. За старым и Новым Римом следовали Александрия, Антиохия и Иерусалим. Их епископы сидели в порядке старшинства по правую руку от императора и в том же порядки подписывали акты собора. К концу V в. Константинополь также приобрел известность как «Новый Иерусалим» – явный признак его претензии на высшую духовную власть.
Эти пять центров – Рим, Константинополь, Александрия, Антиохия и Иерусалим, каждый под руководством предстоятеля, который назывался патриархом или папой, – составляли пентархию, отвечавшую за поддержание правильной веры и церковной дисциплины во всей христианской вселенной (oikoumene). Постепенно они создали систему церковного управления, основанную на канонах, принятых Вселенскими соборами. Соперничество между Александрией и Константинополем усилило теологические разногласия на II и IV соборах, которые проходили в Эфесе в 431 г. и в Халкидоне в 451 г. Патриарх Константинополя Несторий (428–431) инициировал спор относительно роли Девы Марии, утверждая, что ее следует именовать матерью Христа – Христородицей (по-гречески Christotokos), а не Богородицей. Но на Эфесском соборе епископы решили, что термин «Богородица» – Theotokos – является правильным, и осудили Нестория за то, что тот подчеркивал человеческую природу Христа.
Это решение не помешало дальнейшим обсуждениям относительно двух элементов сущности Христа – человеческого и Божественного. Его двойственная природа всегда оставалась предметом повышенного внимания. Патриарх Кирилл Александрийский (412–444) усложнил теологию этого союза в личности Христа, использовав термин «ипостась» – hypostasis. Позднее этот ипостасный союз, «Воплощенное Слово Божье», стали смешивать с определениями Христа, который есть ousia и physis. Так появилась отдельная группа христиан – позднее их назвали монофизитами, от греческих терминов «один» (monos) и «природа» (physis). Но на IV Вселенском соборе, созванном в Халкедоне императором Маркианом и его супругой Пульхерией в 451 г., чтобы урегулировать проблему, было торжественно объявлено, что в Иисусе Христе две природы – Божественная и человеческая, каждая из которых совершенная и особенная, а вместе они соединены в одной ипостаси – Слова. Это определение было поддержано папой Львом I в послании, которое часто называют «томос». Отказ монофизитов согласиться с решением собора навсегда сделал Халкедон символом разделения и привел к росту отдельных церквей, особенно в Сирии и Египте, где Коптская церковь до сих пор придерживается веры в «единство в одной природе».
Поскольку большая часть основной истории христианства имела место в восточной части империи и была записана на греческом языке, она оставалась доступной византийцам. А на Западе имелся неадекватный перевод греческих теологических определений, не отражавший тонкостей восточных споров о сущностной природе Христа. В дополнение к официальным заявлениям благодаря народному энтузиазму христиан были придуманы неофициальные истории и культы, часто сосредоточенные на особенных святых людях. Вера в сверхъестественное была распространена очень широко – чудеса являлись неотъемлемой чертой деяний Иисуса, и люди, нуждавшиеся в лечении, совершали паломничества к святыням христианских целителей. Кости св. Мины, к примеру, погибшего на римской арене, были известны своими чудодейственными качествами. Люди, совершавшие паломничества к его могиле, расположенной к западу от Александрии, часто уносили с собой небольшие сосуды с землей. Эти склянки украшали изображения святого, стоявшего между двумя верблюдами, с воздетыми ввысь руками. Такие сосуды циркулировали по всему христианскому миру вместе с рассказами об их целительских возможностях. Подобные места паломничества имелись не только на востоке, но тем не менее многие истории о ранних христианских святых были написаны сначала на греческом языке, а позднее переведены на латынь.