Заключение в Тильзите 7 июля 1807 года договора «о мире и дружбе» с Францией нанесло по репутации российского императора еще более тяжкий удар. Всего лишь несколько месяцев назад было издано «Увещание от Святейшего Синода к православным христианам», где о Наполеоне говорилось: «Это тварь, сожженная собственною своею совестью, от которой и благость Божия отступила! И желает он с помощью помощников злодейства его, иудеев, похитить священное имя Мессии». Данное «Увещание» повелено было читать по воскресным дням по всем церквям России вместо проповеди. И вот после серии таких чтений вдруг приходит официальное известие о том, что российский император встретился с этой «тварью» на Немане, обнимался с нею, обменивался орденами, вел переговоры и заключил договор. Русские расценили все это как унижение своего национального достоинства. Курс Александра I на сближение с недавним врагом России окончательно оттолкнул от него его друзей-реформаторов, членов бывшего «Негласного комитета».
О том, насколько затруднительным было положение Александра I, свидетельствует и сообщение шведского посланника в Петербурге Штединга своему королю Густаву IV, датированное 28 сентября 1807 года: «Недовольство императором все более и более растет, повсюду говорят такое, что страшно слушать… Раздаются публичные речи о необходимости перемены правления… Говорят, что вся мужская линия царствующего дома должна быть отстранена от власти, а так как императрица-мать и императрица Елизавета не обладают соответствующими данными, то на трон хотят возвести великую княгиню Екатерину (сестру Александра I. — В. Т.)».
Нетрудно представить, как должны были восприниматься подобные разговоры Александром, знавшим, что нечто сходное говорилось о его отце после того, как он пошел на союз с Наполеоном, тогда еще первым консулом. Приехавший с Александром в Тильзит Н. Н. Новосильцев однажды прямо заявил ему: «Государь, я должен вам напомнить о судьбе вашего отца». Трагическая участь Павла I и в самом деле была во многом предопределена его сближением с Францией.
По условиям Тильзитского договора Россия присоединялась к континентальной блокаде Англии — страны, с которой имела длительную и прочную торговлю. Теперь эта торговля расстраивалась, вследствие чего русское купечество и дворянство принуждены были нести крупные убытки. Цены на внутреннем рынке в результате выросли, экономическое положение населения ухудшилось. Распространившееся в русском обществе недовольство Тильзитским договором неизбежно приобретало поэтому устойчивый характер.
Сперанский, в отличие от большинства русских сановников, симпатизировал Франции и ее императору. Он не порицал Тильзитского договора, и этот факт имел для Александра I немаловажное значение.
Осенью 1807 года его величество включил Сперанского в состав своей свиты для поездки в Витебск на смотр 1-й армии. Особого значения данное мероприятие не имело, но это была первая поездка, в которой Михайло Михайлович сопровождал государя.
19 октября 1807 года император уволил Сперанского из Министерства внутренних дел, сохранив за ним звание своего статс-секретаря. Этим он сделал еще один шаг по пути приближения к себе способного чиновника.
24 ноября 1807 года с поста министра внутренних дел ушел в предоставленный ему государем «бессрочный отпуск» В. П. Кочубей. Незадолго до этого Александр I самолично, не поставив графа даже в известность, отдал под суд за злоупотребление властью его приятеля — саратовского губернатора Белякова. Виктор Павлович нашел для себя данный поступок императора оскорбительным и именно на него сослался, объясняя свое нежелание быть министром.
Сперанский между тем продолжал получать новые назначения, награды и другие знаки монаршей милости. 29 ноября 1807 года он был назначен членом созданного в этот день «Комитета для изыскания способов усовершенствования духовных училищ и к улучшению содержания духовенства». Помимо статс-секретаря Михаилы Сперанского в его состав вошли: Амвросий, митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский; Феофилакт, епископ Калужский; обер-священник Иоанн Державин, обер-прокурор Святейшего Синода князь Александр Голицын.
26 июня 1808 года императору Александру было представлено на утверждение от имени данного комитета «Начертание правил об образовании духовных училищ». Текст этого документа, содержавший план реформы системы духовного образования в России, был целиком написан Сперанским. В соответствии с ним предполагалось создание духовных учебных заведений четырех ступеней: академии, семинарии, уездные училища и приходские школы. Для руководства всей системой духовного образования при Святейшем Синоде учреждалась «Комиссия духовных училищ». Каждая из 36 епархий, существовавших на тот момент в России, должна была иметь одну семинарию, 10 уездных училищ и до 30 приходских школ. В каждом из четырех духовно-учебных округов должна была действовать одна духовная академия (в Санкт-Петербурге, Москве, Киеве, Казани). При каждой из четырех духовных академий создавалась «Конференция по поощрению учености», главным образом в области богословских наук.
В день утверждения императором «Начертания правил об образовании духовных училищ» представивший его «Комитет для изыскания способов усовершенствования духовных училищ и к улучшению содержания духовенства» прекращал свою деятельность, а его члены переводились в состав нового органа — «Комиссию духовных училищ». Главной задачей данной комиссии становилась на первых порах разработка уставов для учебных заведений всех ступеней. Выполнение данной задачи было возложено на Сперанского. Он написал введение к уставам и первую часть Устава духовных академий. Занятость государственными делами не позволила ему закончить эту работу. Передав ее для завершения Рязанскому архиепископу Феофилакту (Русанову), Михайло Михайлович занялся разработкой проектов новых государственных преобразований.
Деятельность «Комиссии духовных училищ», характер которой был во многом определен Сперанским, впоследствии высоко оценивалась историками Церкви. Так, по словам профессора Киевской духовной академии Ф. Титова, благодаря этой комиссии в рамках системы духовного образования в России была создана: «школа идейная, возбуждавшая в своих питомцах дух самосознания, философского, серьезного отношения ко всему окружающему, располагавшая их к критическому свободному обсуждению всяких запросов духа и жизни».
В полной мере осознавая, что качество духовного образования зависит не только от характера преподавания наук в духовных учебных заведениях, но и от того, насколько прочна их материальная, финансовая основа, Сперанский предложил императору Александру передать на содержание духовных школ доходы от продажи церковных свечей. Его величество дал на это свое согласие. Кроме того, Сперанским были предложены и другие меры для финансовой поддержки духовных учебных заведений, позволявшие получить для этой цели к 1814 году капитал в 25 миллионов рублей. Так, по его плану Святейший Синод должен был положить в банк часть церковного имущества общей стоимостью в 1 миллион 200 тысяч рублей сроком на шесть лет, к этой сумме предполагалось добавить 1 миллион 800 тысяч рублей из государственной казны и 3 миллиона рублей из доходов от годовой продажи свечей.
