И. О. Селифонтов был наделен правомочием назначать на должности в Сибирском управлении и смещать с них всех чиновников, кроме губернаторов, вице-губернаторов и начальников губернских палат, имевших свои «особенные начальства» в столице. На генерал-губернатора Сибири возлагался надзор за снабжением продовольствием населения и войск. Однако командование как военно-сухопутными, так и военно-морскими силами оставлялось при этом в подчинении военных.
Из-за малочисленности сибирского дворянства в Сибири не были сформированы предусмотренные «Учреждениями для управления губерний Всероссийской империи» органы дворянского самоуправления. Данное обстоятельство в сочетании с большой удаленностью сибирских губерний от столицы давало генерал-губернатору Сибири возможность действовать совершенно произвольно. В этих условиях российскому императору «не осталось иного делать, как избрать особу, заслуживающую доверие, и снабдить довольною властью разрешаться сами собою во всем том, что не терпит отлагательства».
Основываясь на результатах своей поездки в Сибирь в качестве «особенного чиновника», Селифонтов выступил с предложением об организации здесь в дополнение к Иркутской и Тобольской губерниям Томской губернии. Решение об этом было принято государем 6 июня 1803 года. 26 февраля 1804 года император Александр издал Указ «Об учреждении Томской губернии», гласивший: «Повелеваем: 1. Все пространство, составляющее ныне Тобольскую губернию, разделить… на две части, из коих первая, из девяти уездов, составлять будет губернию Тобольскую, а вторая, из восьми уездов, составит губернию Томскую».
Создание министерств по Указу от 8 сентября 1802 года привело к возникновению в местном управлении административных органов, подотчетных соответствующим министерствам и не подчинявшихся генерал-губернатору. Это порождало условия для конфликтов между двумя ветвями власти. Особенно остро подобные конфликты должны были протекать в Сибири, где генерал-губернатор считался «хозяином» и обладал самой широкой властью.
И первый крупный конфликт такого рода разразился в 1804 году, когда генерал-губернатор Селифонтов захотел удалить из своего края строптивого иркутского прокурора С. А. Горновского. На защиту последнего встал министр юстиции П. В. Лопухин, заявивший: «Я с моей стороны никак не позволю себе располагать участью чиновников, мне вверенных, при всем уважении к донесениям управляющих губерний, по одному их взгляду, по одному поверхностному обозрению». Министр внутренних дел В. П. Кочубей, которому непосредственно подчинялся Селифонтов, в ответ выразил мнение, что генерал-губернатор «есть первый и главный прокурор вверенных ему губерний». Одновременно он пояснил П. В. Лопухину: «Составляя в министерстве одно целое, мы не можем действовать раздельно, и как нет в губерниях ни ваших, ни моих чиновников, а все они служат равно Государю и Отечеству».
Стремление генерал-губернатора Селифонтова усилить свою власть и распространить ее на все сферы сибирского общества превратило его правление в борьбу всех против всех. Раздорами были охвачены даже его отношения с губернаторами. Особенно сильно конфликтовал он с руководителями Иркутской губернии, поскольку именно в Иркутске находилась резиденция генерал-губернатора. С 1802 по 1806 год на должности иркутскою губернатора побывало шесть человек.
Император Александр всерьез обеспокоился состоянием дел в Сибирской администрации в начале 1805 года. 20 мая указанного года его величество направил отправлявшемуся в Китай главе российского посольства графу Ю. А. Головкину секретное письмо, в котором сообщил, что до него дошли вести о беспорядках и злоупотреблениях в Иркутске. Государь поручил Головкину понаблюдать за действиями сибирского генерал-губернатора. В своих инструкциях ревизору Александр I заявлял: «Отдаленность сего края и особенные местные его положения делают весьма уважительными все способы, кои могут представиться к точнейшему познанию его нужд и к лучшему его устройству».
Ознакомившись на месте с деятельностью сибирской администрации, Ю. А. Головкин пришел к выводу о том, что Сибирью невозможно управлять на основании «Учреждений для управления губерний Всероссийской империи» и что поэтому этот край должен стать «отдельною и особливою частию в общем государственном управлении». По его мнению, Сибирью необходимо управлять не как губернией, а в качестве казенного поместья.
Данный вывод был сделан на основе весьма поверхностного обозрения Сибирского края и под влиянием бытовавших тогда в столичном обществе убеждений, согласно которым этот край населен отсталыми в своем развитии народами.
Недостатки сибирского управления связывались в донесении Головкина с личностью генерал-губернатора. Поверив данному донесению, император Александр не мог найти ничего лучшего для исправления недостатков, как отстранение И. О. Селифонтова от должности за допущенные им злоупотребления своей властью.
Между тем злоупотребления властью со стороны сибирского генерал-губернатора были при тех условиях неизбежными. Назначенный управлять огромным краем, он не имел четких инструкций, определявших его полномочия. Он не обладал правом издавать имевшие юридическую силу на вверенной ему в управление территории постановления или инструкции, изменять численность штатов административных органов, распоряжаться финансовыми средствами. Поэтому даже в «чистых» делах ему приходилось нарушать законы. А без их нарушения управлять было невозможно.
Поставленный в такие условия генерал-губернатор опирался, в сущности, только на доверие государя. Именно поэтому недруги генерал-губернатора старались в борьбе с ним разрушить доверие, которым он пользовался у императора.
В связи с этим и главным средством данной борьбы были жалобы, доносы на генерал-губернатора его императорскому величеству.
В этих условиях генерал-губернатор вынужден был предпринимать специальные меры для того, чтобы прекратить поток порочивших его доносов в столицу. С другой стороны, он мог управлять при таких обстоятельствах, только опираясь на всецело преданных ему людей, создавая в своем окружении атмосферу страха и рабской покорности. Иначе говоря, любой заступавший на пост генерал-губернатора Сибири человек неминуемо обрекался на постоянную борьбу за свою власть, которую он должен был сначала завоевать, а потом постараться удержать в своих руках.
3 марта 1806 года на должность сибирского генерал-губернатора был назначен вместо И. О. Селифонтова И. Б. Пестель. Перемена личности на этом посту ничего не переменила в характере управления Сибирью. Заняв должность сибирского генерал-губернатора, Иван Борисович развернул во вверенном ему в управление крае борьбу против всех, кто не позволял или был в состоянии не позволить ему властвовать так, как ему хотелось. Краткое описание его деятельности на этом посту, данное в мемуарах И. И. Дмитриева, напоминает сводку боевых действий: «Сенатор и Сибирский генерал-губернатор Иван Борисович Пестель, человек умный и вероятно бескорыстный, наклонный к раздражительности и самовластию, в короткое время пребывания своего в Сибири сделался грозою целого края, преследуя и предавая суду именитых граждан, откупщиков и гражданских чиновников. Он уничтожал самопроизвольно контракты частных людей с казною, ссылал без суда за Байкальское озеро; служащих в одной губернии отправлял за три тысячи верст в другую и отдавал под суд тамошней Уголовной Палаты, наконец, восстал и против своих губернаторов, из коих два, по его представлению, были отрешены от должности и судимы Сенатом».
