В отсутствие генерал-губернатора в Сибири неограниченно правили местные губернаторы: иркутский, томский, тобольский. Главную роль в проведении своей политики пребывавший в столице генерал-губернатор отводил иркутскому губернатору Н. И. Трескину. Николай Иванович был, кажется, полным единомышленником своего начальника в том, что касалось методов управления губернией. В. И. Штейнгейль писал о них: «Пестель и Трескин строго держались истины: "Кто не за нас, тот против нас"; а кто против, того надобно душить… и душили, как говорится, в гроб. Все, что с этой стороны можно сказать в их извинение, так разве одно то, что в них было некоторого рода предубеждение, на благонамеренности основанное: они боялись, что без сильных мер и без введения во все места людей преданных и, как говорится, надежных не успеют ничего путного сделать для Сибири. По крайней мере, я неоднократно слышал подобное суждение из уст Трескина. Ни Пестеля, ни Трескина нельзя назвать злыми людьми. Они, кажется, по совести думали, что душат негодяев, злодеев, ябедников "для блага целого края"».
По свидетельству М. М. Геденштрома, служившего чиновником в администрации Н. И. Трескина, «все делалось по личному усмотрению, народ принимался за малолетних, наказания были строгие, пьянства и преступлений не было».
Один из чиновников губернского правления в Тобольске, лично знавший сибирского генерал-губернатора И. Б. Пестеля, вспоминал впоследствии о нем: «Отдавая должную справедливость достоинствам Пестеля, нельзя скрыть, что он был властолюбив, восприимчив и желчен; отсюда проистекали все порывы самовластия его. По ложному расчету он хотел управлять более страхом. Будучи сам деятелен и честен, он не любил в службе ленивых и взяточников: первых называл трутнями и удалял от дела, а последних — пиявицами и преследовал их до могилы… Но при сем том я убежден, что он не был злонамеренным начальником. Другие дела и другие люди — он управлял бы справедливее и умереннее, потому что был умен, деятелен и бескорыстен, в чем отдают ему справедливость самые враги его; даже бывший министр юстиции И. И. Дмитриев».
Одним из результатов политики, проводившейся И. Б. Пестелем и его сторонниками в Сибирском управлении, стало резкое ограничение господства купечества. Самые влиятельные из купцов, посмевшие выступить против генерал-губернатора и его ставленников на постах губернаторов в Иркутске, Тобольске и Томске, были отданы под суд. Судебное преследование сибирских купцов облегчалось тем, что в стремлении к наживе они преступали не только закон, но и элементарные нормы морали. Они беззастенчиво грабили местное население, повышая цены на свои товары и навязывая ему некачественные продукты.
Господство купечества в Сибири сменилось в период правления генерал-губернатора Пестеля господством чиновничества. Эта перемена выразилась в снижении на какое-то время цен на хлеб и другие продукты питания, а также в заметном повышении материального благосостояния работников Сибирской администрации.
Конфликты сибирских властителей с различными группами местного населения и с чиновниками, находившимися в подчинении министерств, а не генерал-губернатора, порождали потоки жалоб на имя государя императора. 10 октября 1813 года его величество повелел учредить при Комитете министров специальный комитет под председательством В. П. Кочубея «для рассмотрения поступивших от Сибирского генерал-губернатора представлений по делам тамошнего края». В состав Комитета по делам Сибирского края вошли: государственный контролер Б. Б. Кампенгаузен, главноуправляющий делами иностранных исповеданий князь А. Н. Голицын. И. Б. Пестель относил их к числу своих «величайших врагов». Включенные позднее в состав данного комитета член Государственного совета (государственный секретарь до 30 августа 1814 года) А. С. Шишков и министр полиции А. Д. Балашов также считались недоброжелателями И. Б. Пестеля.
Собирался Комитет по делам Сибирского края от случая к случаю и действовал до 4 февраля 1819 года. Он рассматривал на своих заседаниях представления генерал-губернатора И. Б. Пестеля, а также разного рода жалобы на действия сибирских губернаторов.
И. Б. Пестель был ярым сторонником реформы системы Сибирского управления. О том, какой мыслилась ему эта реформа, можно судить по его записке графу Аракчееву, составленной после 1810 года. В ней говорилось: «Трудно удержать благоустройство в той государственной части, которая управляется несколькими лицами. Точно так, как в частном быту, если в одном доме находится несколько хозяев, один от другого не зависящих, никогда почти не бывает доброго устройства. Управляемый мною Сибирский край, к несчастию, обретается точно в сем состоянии. Край сей не только по качеству населения своего и по отдаленности от верховного правительства, но даже по самому натуральному положению долженствует иметь единого главного правителя или хозяина, не подверженного опасению, чтобы частные тамошние правители или его помощники могли противопоставлять ему действия свои, а тем паче вовсе отделяться от целого».
Намерение отрешить И. Б. Пестеля от должности генерал-губернатора Сибири император Александр проявил первый раз еще в апреле 1817 года. Вместе с ним его величество хотел отправить в отставку и томского губернатора Д. В. Илличевского. На пост нового сибирского генерал-губернатора планировался тогда командующий войсками, расположенными в Сибири, генерал-лейтенант Г. И. Глазенап. Но граф Аракчеев отговорил государя от этих намерений.
Поступившие к Александру весной 1818 года новые доносы на Н. И. Трескина, и в особенности доклад С. А. Гор-новского, в котором содержалась просьба к государю назначить для расследования деяний иркутского губернатора специальную комиссию с участием в ней иркутского совестного судьи и директора гимназии П. А. Словцова, заставили его величество принять решение по проблеме Сибирского управления.
Один из вариантов разрешения данной проблемы разработал председатель Комитета министров П. В. Лопухин. Он предложил осуществить две меры: 1) направить в Сибирь с задачей ревизии деятельности местной администрации двух сенаторов и 2) учредить специально для Сибири уголовный и гражданский департаменты Сената. По его мнению, данных мер вполне достаточно, чтобы прекратить беспрерывный поток жалоб из Сибири в столицу.
Министр внутренних дел О. П. Козодавлев был сторонником другого варианта решения проблем Сибирского управления. В его записке, переданной 24 октября 1818 года графу Аракчееву и показанной затем императору Александру, говорилось о том, что направление в Сибирь сенаторов для ревизии местного управления совершенно бесполезно. Вместо этого необходимо создать в самой Сибири Верховный совет, состоящий частью из чиновников, назначаемых правительством, частью из членов, избираемых из сибирских жителей разных сословий. При этом предполагалось, что именно совет будет уполномочен принимать решения по важнейшим вопросам управления Сибирью, а генерал-губернатор займет пост председателя этого совета с полномочием приостанавливать исполнение его решений. Кроме того, О. П. Козодавлев предлагал создать в Сибири настоящее городское самоуправление с широкими полномочиями, позволяющими управлять торговлей, промышленностью и системой образования.
Ни один из этих проектов не был принят даже к рассмотрению Комитетом министров.
