Первоначальные результаты "чистки", осуществленной Комиссией Фигатнера, оказались печальными для Библиотеки АН СССР и для ряда других учреждений, таких как Пушкинский дом. Распоряжением от 15 августа 1929 года из БАН были уволены 22 ведущих сотрудника, 22 августа список был пополнен еще двумя сотрудниками, после чего комиссия покинула город. Фигатнер уехал отдыхать на Кавказ.
Скромные результаты числа уволенных из АН сотрудников показались Сталину недостаточными. Ему был нужен иной результат. Независимо функционирующая организация Академии, в состав которой входило много крупных ученых, оставалась потенциально опасной. Сотрудники академии были не марионетками, они разбирались как в механике действий властей, так и во внутренних пружинах, приводивших к результатам властной политики. Сталин понимал, что через какое-то время придется принимать конституцию страны, проводить выборы, выражать отношение к индустриализации промышленности и коллективизации сельского сектора. Это был не рядовой, не обычный год — через месяц (7 ноября) он сам назовет в статье 1929-й год "годом великого перелома". Академия наук в целом представляла собой потенциально мощной силой, которая могла публично раскритиковать его борьбу на политическом и экономическом полях. Предусмотрительней было бы всемерно ослабить консорциум "слишком умных".
Поэтому 14 октября 1929 г. доверенный человек в окружении Сталина, Авель С. Енукидзе, дружащий со всеми членами его семьи, знающий и мать, и других родственников Сталина, занимающий в тот момент пост секретаря Президиума ЦИК, вызвал Фигатнера из отпуска для "завершения в срок работы" его Комиссии (хотя Фигатнеру казалось, что работа уже завершена, о чем он даже напечатал статью в советской печати).
Однако приказ есть приказ, и члены комиссии возвратились в Ленинград, о чем сообщила 24 октября 1929 г. ленинградская "Красная газета". В заметке об этом приезде содержался необычный даже по тем временам призыв: всем читателям предлагалось немедленно сообщить комиссии любые сведения, компрометирующие сотрудников академии.
О том, что в Кремле запланировали масштабные действия против Академии наук говорило и то, что вскоре после приезда в Ленинград членов Комиссии Фигатнера, в город прибыли зав. отделом народного образования СНК Е. П. Воронов и зам. начальника научно-технического управления ВСНХ В. М. Свердлов, которых члены комиссии информировали о своих "находках".
Комиссия обнаружила множество хранящихся в библиотеке АН и в других институтах АН документов, относящихся ко времени царского правления. Важно подчеркнуть, что никакой тайны в хранении всех этих документов в библиотеке не было: о всех них знали специалисты-архивисты. Более того, в 1917 году Библиотеку в сопровождении Бонч-Бруевича посетил Ленин, ему показали многие раритеты, и он одобрил их хранение в надежном и правильном месте (15). Интересно заметить, что всё тот же М. Н. Покровский, который помимо руководства Социалистической академией числился директором Государственного Архива советской республики, много раз безуспешно пытался завладеть этими документами. Но, поскольку специалисты-историки относились к Покровскому с нескрываемым скепсисом (не раз в этой связи упоминалось горячечное изречение горе-историка Покровского, что "История — это политика, обращенная вспять"), все его потуги на этот счет оказались тщетными.
Как только Фигатнер увидел первые такие документы (в частности, собственноручно написанный царем манифест о своем отречении от престола) он потребовал немедленного созыва Президиума АН СССР, а через чекистские каналы телеграфировал в Москву о своем "открытии".
Срочное заседание Президиума Академии удалось собрать 30 октября, однако ночью перед ним ГПУ провело массивные аресты ученых. За решеткой оказались ученый секретарь Археографической Комиссии (ответственной за сохранение архивов) профессор А. И. Андреев и ведущий работник президиума Г. Н. Соколовский.
В "Правде" 7 ноября появилось сообщение о том, что Академия наук якобы незаконно прятала в своих архивах царские документы с целью восстановления в СССР самодержавия. Дальнейший осмотр фондов Библиотеки АН СССР удивил агентов ГПУ еще больше. Оказалось, что в ней хранятся архивы Департамента полиции и секретных служб царского правительства и многие бумаги из личного архива царя. С. М. Киров немедленно уведомил Сталина об этих находках (14), что вызвало достаточно странную реакцию вождя: он не скрыл своего волнения и приказал немедленно отправить в Ленинград представительную бригаду высших чинов сыска из аппарата госбезопасности под предводительством Якова Агранова и Якова Петерса. Соедственная комиссия ГПУ под началом Я. Х. Петерса начала работать в Академии наук 3 ноября (через несколько лет и Петерса и Агранова расстреляли; Ю. П. Фигатнер был также арестован, безосновательно обвинен в контр-революционной деятельности 25 мая 1937 года и расстрелян 20 сентября того же года; сегодня неизвестно, узнали ли все трое что-то такое, что могло представлять опасность для Сталина). Обыски в разных институтах Академии были проведены незамедлительно. Огромные кипы документов извлекли из библиотек гуманитарных институтов (видимо, для отвода глаз была также обыскана и опечатана библиотека Института химии). Немедленно были арестованы еще многие сотрудники Академии, особенно из числа тех, кто в разные годы знакомился с бумагами Охранного отделения и департамента полиции царского правительства. Донесения о допросах этих людей немедленно шли в офисы Сталина и Молотова. Мог ли быть случайным такой интерес обоих к архивам царской охранки оставалось загадкой, хотя позже некоторые историки задавались вопросом: а не испугались ли Сталин и Молотов лично, что их связи с царской охранкой до революции могут вскрыться и стать достоянием общественности? (16).
А 10-го ноября Фигатнер выступил на собрании сотрудников Академии и сообщил, что, якобы начиная с 19 октября, на имя комиссии начали поступать доносы от сотрудников Академии с указанями на то, где следует искать "припрятанные" сокровища, благодаря чему удалось обнаружить документы исключительно важного политического значения:
"Были найдены оригиналы манифестов об отречении от престола императора Николая II и его брата Михаила, документы отделения императорской канцелярии, корпуса жандармов, охранного отделения, личный архив бывшего московского губернатора, позднее товарища (заместителя по нынешней терминологии) министра внутренних дел и директора департамента полиции В. Ф. Джунковского, а также переписка Николая II с генералом Треповым по поводу событий 1905 г. и составленный для департамента полиции исторический обзор революционного движения в России с 1900 по 1910 г. Были найдены материалы, относящиеся к планам обороны Петрограда во время первой мировой войны, архивы ЦК партии кадетов (1905–1915) и ЦК партии эсеров (по 1918 г. включительно), список членов Союза русского народа, протоколы подпольного съезда меньшевиков, состоявшегося в 1918 г., данные о тайных агентах политической полиции с их подлинными именами и сведениями об оплате их услуг, шифры жандармского управления, материалы Учредительного собрания и комиссии по его роспуску, часть личного архива Керенского и некоторые другие документы. Были также обнаружены архивы ряда большевистских организаций дореволюционного времени" (17).
