Участвовал в осаде своего родного города Лиона, восставшего против Республики, а затем в подавлении крестьянских волнений на Юге Франции. В это время Сюше быт убежденным якобинцем.
В сентябре 1793 года произведен в подполковники и назначен командиром 4-го батальона волонтеров департамента Ардеш. Во главе этого батальона участвовал в осаде и взятии Тулона, взял в плен английского генерала О’Хара и был отмечен среди особо отличившихся офицеров.
Тогда же впервые познакомился с Наполеоном Бонапартом, возглавлявшим артиллерию армии, осаждавшей Тулон. С 1794 года сражался в рядах Итальянской армии. В составе дивизии генерала А. Массены участвовал в Итальянском походе Наполеона Бонапарта 1796—1797 годов. Отличился в сражениях при Дего, Лоди, Кастильоне, Арколе и Риволи, дважды был ранен, за боевые отличия произведем в полковники.
После заключения Кампоформийского мира (17 октября 1797 года) назначен командиром 18-й линейной полубригады. Участвовал в Швейцарском походе генерала Г. Брюна, от имени Французской республики подписал конвенции с кантонами Берн и Фрейбург. В награду за его подвиги в этом походе Брюн командировал Сюше в Париж, поручив доставить Директории 28 трофейных знамен. Сюше выполнил это поручение и был произведен Директорией в бригадные генералы (март 1798 года).
В августе 1797 года назначен начальником штаба Итальянской армии (Г. Брюн). Стремился поднять упавшую дисциплину в войсках и наладить их организационное устройство. Достигнуть этого Сюше в полной мере не удалось. Предпринятая им в этом направлении попытка натолкнулась на противодействие влиятельных сил, привела к обострению отношений, а затем и ссоре с комиссарами Директории. В результате Сюше был заочно оклеветан и снят с должности.
Прибыв в Париж, он оправдался перед Директорией, и в феврале 1799 года был назначен начальником штаба армии, осаждавшей мощную крепость на Рейне, — Майнц.
В апреле 1799 года переведен в Швейцарскую армию генерала А. Массены, который назначил Сюше командиром отдельного отряда в Граубиндене. Упорно защищался там против перешедших в наступление австрийцев, был отрезан от главных сил армии и спасся от неминуемой гибели или плена только благодаря смелому и решительному маневру, завершившемуся рискованным переходом через замерзшее озеро, лед на котором уже начал таять.
Массена назначил Сюше начальником штаба Швейцарской армии. Но в июле 1799 года, по желанию своего друга генерала Б. Жубера, вступившего в командование Итальянской армией, Сюше переходит к нему на должность начальника штаба армии, произведен в дивизионные генералы (10 июля 1799 года). Участвовал в сражении при Нови 15 августа 1799 года и после гибели в нем Жубера сохранил свою должность при генерале Ж. Моро, а затем — генерале Ж. Шампионне.
С вступлением в командование Итальянской армией генерала А. Массены (ноябрь 1799 года) Сюше вместе с генералом Н. Сультом стал его заместителем и возглавил левое крыло армии, прикрывавшее Ривьеру.
С этого времени начинается слава Сюше как военачальника. Во главе 7-тысячного отряда, лишенного всего необходимого, даже продовольствия, отрезанный от главных сил армии, блокированных австрийцами в Генуе, он около полутора месяцев геройски держался против превосходящих сил противника. В ходе этой упорной обороны Сюше несколько раз пытался перейти в наступление, стойко оборонял покрытые снегом горные вершины и ущелья, не позволяя противнику прорваться к французской границе. И только после того, как австрийский генерал М. Мелас двинул против него свои главные силы, Сюше был вынужден отступить за реку Вар. В конце мая 1800 года, получив подкрепления, он перешел в наступление с целью деблокировать Геную. Разбив высланный против него сильный австрийский отряд генерала А. Эльсница, Сюше развернул наступление на Геную. Однако в ходе этого успешно развивавшегося наступления он узнал, что принужденный голодом к капитуляции Массена уже сдал Геную, получив право на свободный выход из города. 7 июня в районе Савоны (40 км от Генуи) войска Сюше соединились с остатками армии Массены. После сражения при Маренго в соответствии с заключенной в Алессандрии конвенцией Сюше занял Геную. Затем он командовал корпусом в Итальянской армии. 25 декабря 1800 года разбил близ Поцало австрийский корпус и деблокировал окруженную противником дивизию генерала П. Дюпона.
В июле 1801 года первый консул Наполеон Бонапарт назначил Сюше генерал-инспектором пехоты, в 1803-м наградил орденом Почетного легиона, а в 1804-м — командорским крестом этого ордена. С началом кампании 1805 года Сюше был назначен командиром дивизии, входившей в состав 4-го корпуса маршала Н. Сульта (август 1805 года). В октябре 1805 года дивизия Сюше вошла в состав 5-го корпуса маршала Ж. Ланна. Сражаясь в составе главных сил Великой армии, Сюше отличился в сражениях под Ульмом, Голлабрунном и Аустерлицем. За кампанию 1805 года был удостоен высшей награды наполеоновской Франции — Большого креста ордена Почетного легиона. Кроме того, Наполеон пожаловал ему аренду в 20 тыс. франков годового дохода.
Во время войны против Пруссии и России (кампания 1806—1807 годов) Сюше по-прежнему командовал дивизией в корпусе Ланна. Отличился в сражениях при Заафельде, Йене, Пултуске, Голымине и Остроленке. Так, в сражении при Йене, наступая на острие главного удара французской армии, Сюше лично возглавил атаку 17-го легкого полка и взял штурмом деревню Клозевиц — основной опорный пункт противника, где были захвачены 22 пушки и много пленных. В ходе этого боя рядом с ним были убиты или ранены почти все его адъютанты и ординарцы. В сражении при Прейсиш-Эйлау был ранен, но, несмотря на это, вскоре принял участие в сражении при Остроленке.
После заключения Тильзитского мира за заслуги в кампаниях 1806 и 1807 годов Наполеон пожаловал Сюше титул графа Империи (1808). В 1807—1808 годы временно командовал 5-м корпусом, дислоцированным в Силезии. В начале 1808 года повел его в Испанию. Во время осады Сарагосы прикрывал со своей дивизией осадную армию с тыла, а также охранял сообщение с Мадридом. В апреле 1809 года назначен командиром 3-го корпуса французской армии в Испании и получил задачу усмирить Арагон. Активной деятельностью, личным мужеством, справедливостью и строгим соблюдением законности Сюше удалось не только выполнить это трудное поручение, но и приобрести доверие местного населения. В июне 1809 года он разбил вторгшийся в Арагон 20-тысячный испанский корпус генерала Блака. Весной 1810 года Сюше начал свою знаменитую кампанию в Арагоне, Каталонии и Валенсии, продолжавшуюся 4 года и принесшую ему громкую боевую славу. Он последовательно овладел крепостями Лерида, Меквиненца, Тортоса, Таррагона, Сагунто, Валенсия и рядом других, разбил все действовавшие против него войска противника. Осажденную французами крепость Сагунто испанцы пытались освободить от осады, но Сюше 25 октября 1811 года разбил их в ожесточенном сражении. На следующий день гарнизон крепости (2,5 тыс. человек) сдался. В этом сражении находившийся непосредственно в боевых порядках своих войск Сюше был ранен, получив пулевое ранение в плечо, но поля боя не оставил.
Вершиной полководческого мастерства Сюше явилось взятие 9 января 1812 года после 2-месячной осады мощной крепости Валенсия, имевшей на вооружении около 400 орудий. Исчерпав все возможности для продолжения обороны, гарнизон крепости (свыше 19 тыс. человек) капитулировал. В плен сдались 23 генерала и около тысячи офицеров. Чтобы отконвоировать такое количество военнопленных во Францию пришлось задействовать целую пехотную бригаду. Всего же за время боевых действий на Востоке Испании войска Сюше пленили свыше 50 тыс. человек — целую армию!
