Сам же Алексеев, как и многие военные и политики того времени, оценивал период «великого отступления» с горечью и сожалением. Его предвоенные планы и расчеты на прочное удержание войск крепостными линиями не оправдались. Гарнизоны крепостей, составленные не из кадровых частей, а из ополченских команд, оказались недостаточно подготовленными. Проведенное накануне войны ошибочное сокращение фортификационных работ существенно снизило готовность русских крепостей к устойчивой, длительной обороне. Известный русский военный инженер генерал-лейтенант Л.В. Шварц вспоминал, например, что «в Новогеоргиевск были посланы две второочередные, разбитые перед тем дивизии, дополненные 20 000 новобранцев, взятых прямо от сохи и не только не обученных и не обмундированных, но даже не вооруженных. Покойный генерал Алексеев говорил мне: “Где только мог, я наскреб и послал туда 100 000 ртов”».
В письме к сыну, описывая результаты «великого отступления», Михаил Васильевич отмечал: «Мне приходится изображать из себя рака в опасности: приходится пятиться назад с жестокими боями, в тяжелой опасности. Немцы заранее уже праздновали победу и чуть не пленение где-либо около Седлеца всей русской армии. Они ошиблись, но какою ценою для меня! Пришлось покинуть Вислу, Варшаву, все свои отлично подготовленные железные дороги, шоссе. Вот уже два месяца тянутся непрерывные бои на фронте… и пополнений мне не дают, и патронов мало, и помощники мои часто доставляют мне горе великое…
В этой душевной тяготе живу более двух месяцев, не зная совершенно покоя, мучаюсь отходом, глубоко сознавая, что ничего пока сделать иного нельзя: нет достаточно сильного и готового кулака, чтобы дать этим приятелям сейчас же хороший удар в “морду”… То из одного места, то из другого от своего обширного фронта слышу вопли: “спасите, скорее… скорее присылайте резервы… иначе будет плохо…” Мои командующие армий — большинство — думают, что у меня везде — до бесконечности — резервы, что по искалеченным дорогам их можно в 2—3 часа подать сколько угодно. Умение править, упорство они все заменяют этими воплями и часто творят глупости».
В условиях острой нехватки резервов проблему пополнений пытались решить и посредством переформирований и реорганизаций существующих на фронте частей. Так, 13 и 20 июня 1915 г. Алексеев обращался с телеграммами в Ставку к генералу Янушкевичу, высказывая свое мнение о допустимости перевода штатных четырехбатальонных пехотных полков в трехбатальонные, а артиллерийских батарей — в четырехорудийные. Из освободившихся подразделений предполагалось составить новые воинские части, а ополченские дружины из призванных резервистов определить как пехотные полки. Посредством переформирований отчасти решалась также проблема крепостных гарнизонов, переводимых в статус отдельных пехотных батальонов. «Недостаток винтовок и пополнений не позволяет рассчитывать на восстановление войсковых организмов 3-й и 13-й армий… Отсюда ясно, какого громадного количества боевых организмов в поле лишается вверенный мне фронт. Вот главный мотив переформирования. Что касается ополчения, то, повторяю, один факт переименования в полевые полки поставит все дружины фронта на путь улучшения». Правомерно отмечалась важность реорганизации артиллерии, ссылаясь, в частности, на опыт союзников: «Французы ведут всю войну четырехорудийными батареями, не жалуясь на недостаток могущества; германцы теперь постепенно переходят к таким же батареям. Могущество скорострельной артиллерии зиждется па количестве снарядов, а не на числе орудий в каждой батарее. В конечном выводе передо мной стоит неотложный важный вопрос предназначения почти всем крепостям гарнизонов. Разрешайте вопрос или фронт лишится примерно пяти корпусов из шести своих основных армий, не считая растрепанных 3-й и 13-й армий; или же создаст эти гарнизоны из четвертых батальонов, сохраняя все боевые организмы. Решение это не допускает промедления». При этом можно отметить, что еще до начала войны признавалась громоздкость 8-орудийной батареи, в частности, и из-за того, что такое количество орудий не позволяло в полной мере использовать скорострельность наших орудий. С начала войны происходил перевод на 6-орудийные батареи, и 2 января 1915 г. утверждены были штаты новых 6-орудийных батарей. При этом, однако, нужно иметь в виду, что подобное «перераспределение» орудий несколько ослабило огневую мощь пехотной дивизии в целом, поскольку при прежнем штатном количестве батарей общее число орудий сократилось на 12 стволов. В августе 1915 г. были преобразованы мортирные дивизионы: из двух 6-орудийных батарей они были развернуты в три 4-орудийные. Общее количество сформированных за годы войны полевых батарей составляло 583 (в это число вошли пешие, конные, горные и гаубичные) из 2292 орудий. Общее число полевой артиллерии составило 1482 батарей, в сравнении с 899 батареями, с которыми Россия войну начинала.
Несколько примечательных фактов дополняют военную биографию Алексеева в период его командования Северо-Западным фронтом. В тяжелых боях «великого отступления» часть 13-го армейского корпуса, которым командовал генерал накануне войны, оказалась в плену. Но из оставшихся на фронте кадров 1-й и 36-й пехотных дивизий и запасных батальонов были образованы новые части. 27 июня 1915 г. Алексеев издал приказ, в котором отмечал: «Твердо верю, что чины этих запасных батальонов подтвердят, что, несмотря на постигшее по превратностям войны несчастье, они те же славные софийцы, нарвцы, звенигородцы, дорогобужцы и каширцы. О певцах, капорцах и можайцах я не говорю: ряд кровавых боев восстановил славу их полков».
В отношении к подчиненным, когда того требовали интересы фронта, Алексеев мог быть и весьма жестким. По воспоминаниям Лемке: «Когда-то на Северо-Западном фронте Алексеев приказал по телефону полковнику Амбургеру, ведавшему передвижением войск и грузов, экстренно подвезти куда-то и какие-то орудия. Тот заявил, что это невозможно, так как движение невозможно нарушить без вреда для дела. Алексеев спокойно ответил ему: “Ну, хорошо. Если батарея не придет в срок, вы будете повешены”… Батарея была на месте на полтора часа раньше назначенного времени. И все это сказано было тихо, без шума».
Интересные штрихи его штабной работы во время начавшегося «великого отступления» вспоминал Б. Суворин. Описывая свою первую встречу с генералом в Седлеце, он особо отмстил то пристальное внимание, которое уделял Михаил Васильевич не столько самим боевым операциям, сколько их должной подготовке, прочности тыла, геополитическому положению Восточного фронта, общественному доверию:
«Он сразу стал говорить мне о роли печати и общественной помощи во время войны: “надо понять, сказал он, что у нас совершенно не понимают, что понято Германией и Францией, что начинает понимать Англия, что эту войну ведут не армии, а народы”. Война доказала полную неподготовленность к такой борьбе, и общество должно положить все силы, чтобы прийти на помощь армии.
Он говорил очень горячо, набрасывая план военно-промышленных комитетов, и требовал, чтобы печать вся прониклась важностью минуты. Он предвидел крупные неудачи.
Без снарядов, без действительной мобилизации промышленности мы были бессильны. Надо будет спасать армию, и перед важностью этой задачи должны быть забыты географические названия. Он очевидно предсказывал падение Варшавы и всей западной укрепленной нашей линии.