Началось ухудшение отношений Шен Ши Цая с Советским Союзом и улучшение отношений с режимом Чан Кайши. Армия дубаня, насчитывавшая около 20 тысяч солдат, в 1942–1944 годах еще более увеличилась за счет перевода частей четырех новых дивизий Новой 2-й армии из Ганьсу в Синьцзян. В конце 1944 года в Синьцзян были направлены две дивизии дунганской конницы из провинции Цинхай. К 1945 году личный состав войск Гоминьдана в Синьцзяне насчитывал почти 100 тысяч войск, главным образом ханьцев и дунган.
Режим Шен Ши Цая в Урумчи отличался жестокостью. Поданным уйгурских историков, с 1934 по 1944 годы под предлогом пресечения «попыток восстаний» было арестовано более 120 тысяч человек, из которых 80 тысяч казнено. Дунганское сопротивление было окончательно разгромлено, тяжелые удары получил тюркский мусульманский национализм на юге Синьцзяна. Просоветская позиция диктатора позволила нейтрализовать деятельность коммунистического подполья. По словам видного уйгурского коммуниста, министра просвещения Восточно-Туркестанской республики, члена политбюро ЦК КПК Сайфуддина Азизи, «… в тот период мы — вернувшаяся после обучения в СССР молодежь — доверяли советскому правительству и преклонялись перед сталинской идеологией.
В Синьцзяне было много образованной молодежи, которая мыслила одинаково с нами. Оставаясь на этих позициях, мы считали, что все поддержанное советским правительством и особенно Сталиным — правильно, поэтому Шен Ши Цай не может ошибаться, а его дела — правильны».
Пользуясь невозможностью режима Чан Кайши оказать Шен Ши Цаю серьезную военную помощь, оппозиционные силы, при поддержке СССР, начали восстание, в ходе восстания китайские войска были полностью изгнаны с трех округов Синьцзяна — Илийского, Алтайского и Тарбагатайского. Шен Ши Цай был свернут (в 1948 году он погиб при невыясненных обстоятельствах).
12 ноября 1944 года в городе Кульдже была образована «Восточно-Туркестанская республика» (ВТР). Руководство правительства ВТР во главе с муллой Алихан-Тюре (Алихан Тура Сагони), узбеком по национальности, организовавшим в 1943 году в Кульдже «Организацию свободы Восточного Туркестана», было настроено антикитайски и промусульмански. 5 января 1945 года на четвертом заседании Временного правительства ВТР был принят «Манифест 9 пунктов», согласно которому: на территории Восточного Туркестана ликвидировалось господство китайцев; на территории Восточного Туркестана создавалась суверенная республика с равенством всех национальностей; провозглашалась необходимость развития промышленности, сельского хозяйства, животноводства, частной торговли, повышение материального благосостояния народа; поддержка ислама, как религии большей части населения Восточного Туркестана; свобода и защита других религий; развитие культуры, образования и здравоохранения; установление дружественных отношений со всеми демократическими государствами, в особенности с правительством граничащего с Восточным Туркестаном СССР; установление связи с правительством Китая в экономической и политической областях; организация армии из всех национальностей Восточного Туркестана; национализация банков, почт, телеграфа, леса и природных недр; ликвидирование вредных проявлений индивидуализма, бюрократизма, национализма, алчности и коррупции.
После ухода с политической арены Алихан-Тюре (он был арестован советскими органами безопасности, вывезен в СССР и до своей смерти в 1976 году жил в Ташкенте, где написал книгу о пророке Мухаммеде) Временное правительство было реорганизовано, к власти пришли просоветские группы. Армия республики, насчитывавшая около 30 тысяч человек, находилась под советским контролем. В 1944–1946 гг. в Синьцзяне действовала оперативная группа наркомата госбезопасности СССР во главе с начальником отдела специальных заданий генерал-майором Владимиром Егнаровым, его заместителем был начальник 4-го отдела 1-го (разведывательного) управления НКГБ генерал-лейтенант Александр Лангфанг.
* * *
Именно в этом неспокойном районе в 1946 году специальным решением Сталина Эйтингону было поручено проведение операции по оказанию помощи органам безопасности Компартии Китая в подавлении сепаратистского движения уйгуров, которых финансировали и снабжали оружием гоминьдановцы и английская разведка.
Совместно с китайскими коммунистами были образованы диверсионные группы под общим командованием сотрудника разведки Героя Советского Союза полковника Николая Прокопюка. Деятельность советских спецслужб по организации противодействия мятежникам успешно завершилась, К 1949 году уйгурские сепаратисты потерпели поражение.
Эйтингон к началу 1947 года вернулся в Москву.
В Синьцзяне дальнейшие события развивались следующим образом.
К середине 1949 года, к моменту вооруженной победы китайских коммунистов в гражданской войне, позиция СССР изменилась. Москва опасалась создания в Синьцзяне исламского государства, под влиянием Англии и США. Еще ранее под давлением СССР руководство ВТР было вынуждено пойти на соглашение с Мао Цзэдуном, который, как и все лидеры КПК, был противником независимого Синцзяна и допускал лишь его автономию. Тем не менее политические силы, выступавшие за суверенный Восточный Туркестан, сохраняли влияние.
В ходе переговоров было принято решение о направлении делегации Синьцзяна на заседание Политического консультативного совета для обсуждения и принятия совместной программы. Выехавшая для участия в конференции в Пекине 27 августа 1949 года из Кульджи в Алма-Ату возглавляемая бывшим президентом ВТР, заместителем председателя коалиционного правительства Ахметжаном Касими (имеются данные о его пребывании в тюремном заключении в СССР в конце 1930-х годах, после чего он был завербован НКВД и переправлен в Синьцзян) делегация Синьцзяна погибла в авиационном катастрофе на самолете ИЛ-12 в районе Иркутска. В делегацию также входили генералы Исхак-бек и Далельхан, бывший вице-президент ВТР Абдукерим Аббасов (по мнению уйгурских историков, сотрудник советской разведки под псевдонимом «Иран»), переводчик А. Иминов, адъютант Г. Керимов, племянник Касими и советский вице-консул в Кульдже Василий Борисов, которого уйгурские историки считают резидентом НКВД в Синьцзяне. Существует версия, принятая некоторыми уйгурскими историками, что на самом деле члены делегации были доставлены в Москву и там убиты.
По словам Сайфудина Азизи, через несколько дней после отъезда делегации из Кульджи советский консул сообщил ему, что делегация из Алма-Аты вылетела в Новосибирск; затем поступило сообщение о прибытии делегации в Иркутск. Вплоть до 3 сентября никакой информации не было. 3 сентября советский консул вызвал С. Азизи и сообщил полученную из Москвы срочную телеграмму следующего содержания:
«Самолет с находящейся на его борту возглавляемой Ахметжаном Касими делегацией вылетел из Иркутска и в скором времени упал в районе Забайкальских гор, из-за отвратительной погоды натолкнувшись, к несчастью, на гору; все находящиеся на борту 17 человек потерпели крушение».
Когда делегация ВТР в составе Сайфудина Азизи, Сюй Чжи и Алимжана, выехавшая из Кульджи 8 сентября, прибыла в Иркутск, Азизи встретился с двумя советскими офицерами (полковник и подполковник) «по их просьбе». Как рассказали эти офицеры, самолет с делегацией в течение трех дней находился в Иркутске; на третий день, когда погода улучшилась, он вылетел, но над озером Байкал не смог набрать необходимую высоту из-за сильного урагана и получил приказ вернуться на аэродром. Самолет начал разворот, развернулся на 60 градусов, и связь с ним неожиданно прекратилась. На место предполагаемой катастрофы вылетели поисковые самолеты и в одной из глубоких расщелин обнаружили участок с обгоревшими деревьями. По приказу из Москвы в этот район был направлен поисковый отряд альпинистов, который в течение недели пытался добраться до места гибели самолета, но безуспешно. По словам полковника, они организовали второй поисковый отряд и в ближайшие дни направят его. Как вспоминает Сайфудин, когда они пролетали над этим районом, он видел в бинокль место аварии и «возможно, трупы», лежащие «в значительном удалении от обломков самолета».
