Тем не менее в феврале 1999 года, вскоре после потрясающего заявления Али Алатаса, индонезийцы стали вооружать членов местной милиции, выступавших за сохранение Восточного Тимора в составе Индонезии. Запугивание и убийства тех, кто выступал за независимость, стали повседневной практикой. Несмотря на все трудности, 30 августа миссия помощи ООН все-таки провела референдум, в котором приняли участие почти все жители, имевшие право голоса. Когда 4 сентября были оглашены результаты референдума и оказалось, что около 80 % избирателей проголосовало за независимость, Восточный Тимор превратился в настоящий ад. Страна подверглась систематическому, методическому опустошению, а ее население – изгнанию: 25 тысяч жителей сбежали в Западный Тимор, а остальные укрылись в горах.
Уступив колоссальному международному давлению, продолжавшемуся неделю, Хабиби пригласил для восстановления порядка международных миротворцев. Совет Безопасности ООН принял резолюцию о размещении на Восточном Тиморе многонациональных сил. Возглавлять эти силы пришлось, разумеется, Австралии. Австралийский порт Дарвин был ближайшей к Восточному Тимору базой для развертывания многонациональных сил. Австралийцы вновь столкнулись с тем, насколько эмоциональными были их соседи в Индонезии.
Публично правительство Индонезии заявило, что оно предпочло бы размещение на Восточном Тиморе войск стран АСЕАН. В частном же порядке, на более низком уровне, индонезийцы возражали против этого, намекая, что в этом случае были вполне возможны потери. Государственный секретарь США по вопросам обороны заявил, что США пошлют на Восточный Тимор только подразделения, занимающиеся обеспечением связи и тыла, но не боевые части. Возглавлять операцию пришлось Австралии. Не желая, чтобы эти силы рассматривались как армия, состоявшая из четырех тысяч белых австралийских солдат, поддержанных тысячей новозеландцев, главным образом белых, Австралия обратилась за поддержкой к азиатским странам, в основном к странам АСЕАН. На встрече Азиатско-Тихоокеанского экономического совета в сентябре в Окленде премьер-министр Австралии Джон Говард попросил об участии войск Сингапура в операции, и премьер-министр Го Чок Тонг согласился. Правительство Сингапура решило направить в Восточный Тимор военных врачей, военных наблюдателей, офицеров связи и тыла и два десантных корабля – всего 270 человек при населении три миллиона.
Через день после того, как ООН одобрила размещение международных сил в Восточном Тиморе, группа военнослужащих вооруженных сил Сингапура прибыла в Дарвин. Командующий миссией ВСС полковник Нео Киан Хон, вместе с командующим межнациональными силами генерал-майором Питером Косгроувом вылетели в Дили, на Восточный Тимор, для встречи с представителями оперативного командования Индонезии по восстановлению порядка в Восточном Тиморе. Так что когда 20 сентября первая партия межнациональных сил прибыла в Дили, в группе Косгроува был и представитель Сингапура.
28 сентября 1999 года австралийский еженедельник Bulletin написал: «Доктрина Говарда (премьер-министр сам ее так называет), заключается в том, чтобы Австралия играла в регионе роль “заместителя” мирового полицейского – США». Это сообщение газеты вызвало немедленный ответ со стороны заместителя премьер-министра Малайзии Абдулы Лиадавла: «Нет никакой нужды в том, чтобы какая-либо страна играла роль лидера, командира или заместителя. Они (австралийцы) не считаются с нашими чувствами». Официальный представитель Министерства иностранных дел Таиланда высказался более дипломатично, заявив, что было бы неприемлемо, если бы австралийцы назначили себя заместителями американцев по поддержанию безопасности в регионе. Напряженность стала спадать после того, как 27 сентября Говард заявил в парламенте, что Австралия не являлась заместителем США или любой другой державы и что термин «заместитель» был придуман корреспондентом газеты Bulletin.
Премьер-министр Малайзии Махатхир подлил масла в огонь на сессии Генеральной Ассамблеи ООН в Нью-Йорке, подвергнув критике действия австралийских войск как «чрезмерно властные» и приведя в качестве примера действия австралийских военнослужащих, приставлявших дула автоматов к головам подозреваемых членов милиции. Он добавил: «Индонезия вложила в Восточный Тимор значительные средства, и международному сообществу следует позволить Индонезии использовать демократичные методы правления и продемонстрировать жителям Восточного Тимора, что они могут извлечь пользу от интеграции в Индонезию». Лидер Восточного Тимора Хосе Рамос-Хорта, разделивший Нобелевскую премию мира с епископом Карлосом Бело, ответил, что Малайзия «очень плохо показала себя с точки зрения соблюдения прав человека в Восточном Тиморе. Ни у кого не получается наладить сотрудничество с командующим малайзийским контингентом. Это может привести к всеобщей кампании гражданского неповиновения».
Этим заявлением Рамос-Хорта хотел отклонить предложение генерального секретаря ООН о назначении представителя Малайзии командующим миротворческими силами ООН, которые должны были заменить межнациональные силы ООН в Восточном Тиморе в январе 2000 года. Он добавил: «Восточный Тимор не хочет быть частью АСЕАН, мы хотим быть частью Южно-Тихоокеанского форума». Лидеры Восточного Тимора пришли к выводу, что их наиболее надежным соседом являлась Австралия.
Австралия была втянута в конфликт в Восточном Тиморе. Во время Второй мировой войны австралийские войска, сражавшиеся там с японцами, получали помощь со стороны местного населения, которое японцы жестоко карали. Чувство вины австралийцев усугублялось тем, что премьер-министр Гоф Витлэм несколько раз встречался с Сухарто и согласился с его намерением оккупировать и аннексировать Восточный Тимор. (Индонезийцы говорили, что Витлэм даже поощрял Сухарто сделать это.) В 1976 году, во время принятия резолюции ООН по Восточному Тимору, Австралия голосовала на стороне Индонезии. Сингапур тогда воздержался. Когда вслед за оккупацией, случившейся в 1975 году, последовали репрессии, бойцы сопротивления в Восточном Тиморе стали базироваться в Австралии. Этот очаг напряженности тлел на протяжении 24 лет.
Когда Пол Китинг встретился со мной в сентябре 1999 года, он предсказал, что Австралия окажется втянутой в продолжительный конфликт с Индонезией. Он добавил, что письмо, которое Говард направил Хабиби, могло разрушить те хорошие отношения с Индонезией, которые он кропотливо создавал. Эти отношения достигли своей наивысшей точки в 1995 году, когда Сухарто и он подписали пакт безопасности. Как он и предвидел, 16 сентября 1999 года, на следующий день после того, как Совет Безопасности ООН одобрил создание межнациональных сил для размещения в Восточном Тиморе, Индонезия разорвала пакт.
Развитие ситуации в Восточном Тиморе вдохновлялось австралийскими средствами массовой информации и общественностью, португальским правительством, заставлявшим Европейский союз оказывать давление на Индонезию на каждой международной встрече, а также средствами массовой информации США, неправительственными организациями и деятелями Конгресса США. Они выступали с нападками на Индонезию на каждом международном форуме, что затрудняло ее положение. Хабиби полагал, что он сможет избавиться от этого груза с помощью своего предложения. Но ни Австралия, ни Европейский союз, ни США не требовали и не желали предоставления независимости Восточному Тимору. Хабиби не отдавал себе отчета в том, что индонезийские националисты никогда не простят ему предложения провести референдум, единственным результатом которого могло быть только провозглашение независимости Восточного Тимора.