Ракетным войскам ГСВК предписывалось быть в готовности в случае нападения и только по сигналу из Москвы нанести ядерный удар по запланированным целям. Для этого привлекалось три полка ракет Р-12 (24 пусковые установки) и два полка ракет Р-14 (16 пусковых установок). Всего 40 ракетных установок с дальностью действия ракет от 2,5 до 4,5 тысячи километров. Дальность полета ракет обеспечивала надежное поражение важнейших объектов на территории возможного агрессора.
Войска противовоздушной обороны (две дивизии ПВО) должны были не допустить вторжения в воздушное пространство Кубы иностранных самолетов-нарушителей и нанесения ими ударов по войскам ГСВК и важнейшим кубинским объектам. Задача уничтожения целей в воздушном пространстве между зонами поражения дивизионов возлагалась на истребительную авиацию наших войск и кубинских ВВС.
Сухопутные войска (четыре отдельных мотострелковых полка) имели задачу – прикрывать ракетные, другие технические части и управление ГСВК, а также оказать помощь кубинцам в уничтожении контрреволюционных банд, морских и воздушных десантов противника. Для непосредственной обороны ракетных частей от нападения диверсионно-разведывательных групп и десантов выделялось по одному мотострелковому батальону на каждый ракетный полк. Мотострелковые полки должны были располагаться отдельно и на большом расстоянии друг от друга, ведение ими совместных боевых действий не предусматривалось. Для каждого полка назначалась зона боевых действий шириной до 200 километров по фронту и глубиной 30-150 километров, то есть от северного до южного побережья острова. Три отдельных дивизиона тактических ракет «Луна» планировалось применять совместно с мотострелковыми полками, поэтому их решено было оперативно подчинить соответственно командирам трех мотострелковых полков, дислоцированных в западной и центральной частях острова.
Военно-воздушным силам ГСВК, включавшим истребители-перехватчики, фронтовые бомбардировщики, вертолеты и два полка фронтовых крылатых ракет, ставилась задача во взаимодействии с сухопутными войсками, силами ВМФ и соединениями кубинских РВС уничтожать морские и воздушные десанты противника, а также в случае начала боевых действий нанести удары по военно-морской базе Гуантанамо.
Силам Военно-морского флота, включавшим ракетные катера, береговой ракетный полк и бригаду дизельных подводных лодок, ставилась задача совместно с ВВС и сухопутными войсками ГСВК уничтожать боевые корабли и десантные средства противника, не допуская высадки морских десантов, а также охранять наши транспорты на подходе к Кубе.
Частям тыла ставилась задача обеспечивать боевую деятельность советских войск всем необходимым, содержать трехмесячные запасы продовольствия и горючего. Солдаты, сержанты и офицеры (кроме моряков) должны были иметь два комплекта одежды: гражданский – для маскировки и военный, так называемый «южный», который предполагалось носить только после особого распоряжения.
Общая численность советских войск на Кубе должна была составлять 53 тысячи человек. Командующим ГСВК был назначен общевойсковой военачальник, участник Великой Отечественной войны генерал армии Исса Александрович Плиев. На самом высоком уровне был утвержден руководящий состав группы: первый заместитель командующего – генерал-лейтенант П. Б. Данкевич, член Военного совета – начальник Политуправления – генерал-майор П. М. Петренко, начальник штаба – генерал-лейтенант П. В. Акиндинов, заместитель командующего по ракетным войскам – главный инженер генерал-майор В. П. Слизнев, заместитель командующего по ПВО – генерал-лейтенант авиации С. Н. Гречко, заместитель по ВМФ – вице-адмирал Г. С. Абашвили, заместитель по тылу – генерал-майор Н. Р. Пилипенко, заместитель по боевой подготовке – генерал-майор Л. С. Гарбуз, заместитель командующего, главный военный советник при министре обороны РВС Кубы – генерал-майор А. А. Дементьев.
Военно-стратегическая операция «Анадырь» в своем развитии прошла три основных этапа:
1. Подготовка войск к «учениям на отдаленной – северной – территории» и стратегические морские переброски войск на Кубу.
2. Создание ГСВК и приведение ее в боевую готовность.
3. Снятие боевой готовности и эвакуация войск с Кубы.
Главным требованием к подготовке и проведению операции стала скрытность и секретность. Если бы в США узнали заранее о готовящихся в СССР планах переброски войск на Кубу, Вашингтон мог бы политико-дипломатическими и военными мерами воспрепятствовать им. Военно-политическое руководство СССР осознавало, что рано или поздно США узнают о советских ракетах и войсках на Кубе, однако это должно было произойти только после того, как планируемая к размещению на Кубе группировка советских Вооруженных сил, включая и средства РВСН, достигнет степени полной боевой готовности.
Забегая вперед, отметим, что именно так все и произошло…
Согласно плану операции «Анадырь», передовая рекогносцировочная группа во главе с генералом И. А. Плиевым отправлялась на Кубу первым техническим рейсом самолета Ту-114 10 июля 1962 года по маршруту Москва-Конакри-Гавана. Этим рейсом открывалась новая международная линия «Аэрофлота» Москва-Гавана. Рекогносцировочная группа направлялась под видом специалистов сельского хозяйства СССР, инженеров и техников по ирригации и мелиорации.
На первом этапе операции «Анадырь» выделенные для участия в ней соединения и части должны были передислоцироваться в порты и погрузиться на суда Морского флота СССР. Из разных районов страны в порты Черного, Балтийского и Баренцева морей потянулись многочисленные воинские эшелоны. В целях стратегической маскировки в вагоны, а затем и суда помимо техники грузились лыжи, полушубки, валенки, печки-буржуйки и другие предметы северного назначения. Сосредоточение войск проводилось в ночное время. Режим был жестким. Личный состав, оказавшись на погрузочной площадке, уже не имел права выйти за ее пределы. Любая связь с внешним миром пресекалась: ни писем, ни телеграмм, ни телефонных переговоров.
Погрузка тяжелой и сложной по конфигурации военной техники на океанские сухогрузы требовала точного расчета, большой сноровки и жесткого соблюдения требований техники безопасности. Никаких навыков у «сухопутчиков» в этом не было.
На погрузку одного морского транспорта с использованием портальных и судовых кранов в среднем уходило двое-трое суток. Тяжелая техника (танки, САУ, спецмашины) грузилась ночью – в нижние трюмы, автомобили и тракторы днем – на верхнюю палубу под видом сельскохозяйственных машин. Ракетные катера, размещенные на палубе, обшивались досками и обивались металлическими листами, становясь недоступными для инфракрасной аппаратуры. Для перевозки мотострелкового полка требовалось три грузовых и два пассажирских судна.
Серьезной проблемой стало размещение личного состава. В твиндеках для этих целей строились многоярусные нары. В течение всего перехода морем личный состав, как правило, находился внизу, температура в твиндеках достигала плюс пятидесяти градусов. Выход на палубу для прогулки осуществлялся обычно только по ночам. Пища выдавалась два раза в сутки и тоже только в темное время. Морская болезнь от океанской качки очень скоро свалила практически весь личный состав. Океанский переход, продолжавшийся в среднем 15–20 суток, изматывал людей до предела.