Вероятно, из Италии он вернулся в Салон, где попытался вернуться к работе. Борьба партий тем временем продолжалась, хотя королева попыталась усмирить ее, проводя политику веротерпимости. Недовольные этим вожди католиков во главе с Франсуа де Гизом удалились от двора и начали формировать свою армию. В свою очередь, протестанты под началом освобожденного из тюрьмы принца Конде собирали своих вооруженных сторонников в Орлеане. В разных концах страны вспыхивали столкновения между партиями. В Эксе первым консулом был избран ярый католик Дюран де Понтев, сеньор де Флассан, пообещавший очистить Прованс от протестантов. Его сторонники — уже не толпы крестьян с палками, а хорошо вооруженные головорезы, — начали набеги на соседние города, устраивая «зачистки» гугенотов. Волна жалоб заставила короля отправить на юг следственную комиссию во главе с графом Антуаном де Крюссолем. Тем временем король (то есть Екатерина Медичи) 23 ноября издал секретный приказ о взятии Нострадамуса под арест — по догадкам историков, целью этого было спасение астролога от бессудной расправы. 16 декабря губернатор де Танд специально явился в Салон и увез Нострадамуса в свой замок, где тот оставался в достаточно комфортабельном заточении в течение двух месяцев. Правда, граф запретил ему сочинять предсказания, что, без сомнения, должно было смягчить гнев католиков.
17 января 1562 года Королевский совет утвердил Сен-Жерменский эдикт о религиозной терпимости, по которому протестанты получали право свободно исповедовать свою веру. Среди городов, где эдикт был отвергнут, оказался и Экс, что заставило де Крюссоля повести на город войска. Под угрозой штурма столица Прованса сдалась и лишила Флассана должности консула. Он со своими сторонниками бежал на восток, истребляя по пути протестантов. Крюссоль осадил его в городке Баржоль, который был взят штурмом; сотни мятежников погибли в бою или были казнены, но сам Флассан сумел бежать. В Эксе был оставлен гарнизон во главе с протестантом Антуаном Марком, другом Нострадамуса. Известен анекдот, по которому Крюссоль, проезжая через Салон, спросил пророка, каковы его шансы на успех. Тот боялся сделать ошибочный прогноз и в привычном туманном стиле сообщил графу, что он «оставит деревья отягченными новыми плодами». Когда в Баржоле пленные католики были повешены на деревьях, разнесся слух, что Нострадамус имел в виду именно это. Впрочем, во время карательной экспедиции его в Салоне не было, так что эта история явно выдумана.
В феврале, когда обстановка в провинции временно успокоилась, Нострадамус был освобожден из-под ареста и вернулся в Салон. Там он ссудил еще 100 экю инженеру Крапону, который упрямо продолжал строительство канала. Тогда же он написал письмо клирикам кафедрального собора расположенного неподалеку города Оранж — они обратились к нему с просьбой найти похищенную церковную утварь. Нострадамус составил и послал им гороскоп, призванный указать на вора, сопроводив его письмом — одним из немногих сохранившихся автографов. В нем туманно сообщалось, что серебро похитили двое каноников этого же храма и что вскоре оно будет найдено. Вполне разумно он решил запугать преступников, чтобы они сами вернули украденное, не дожидаясь небесной кары: «Имейте в виду, достопочтенные господа, что на тех из вас, кто знает, когда кража священных предметов была совершена, если они не будут возвращены полностью… обрушатся величайшие несчастья, какие когда-либо случались с человеком, и на них, и на их семьи. Более того, к вашему городу подойдет чума и распространится среди его стен, поэтому пусть они не противятся». Неизвестно, были ли возвращены похищенные сосуды, но ответ вполне устроил церковников.
1 марта Францию облетела весть об очередной трагедии: солдаты герцога Гиза напали на гугенотов в городке Басси в Шампани. Окружив большой амбар, где протестанты совершали богослужение, они открыли по собравшимся огонь из аркебуз, а потом набросились на них с оружием; погибло 23 человека, десятки были ранены. Это было открытое объявление войны, после которого Гиз двинулся в Фонтенбло и захватил там не ожидающих нападения короля и королеву-мать, вынудив их отменить Сен-Жерменский эдикт. В ответ на это Конде и его соратники захватили Орлеан и ряд приморских городов, попросив помощи у протестантской Англии. В свою очередь, на сторону католиков встал король Филипп II, стремившийся искоренить протестантство во всех странах Европы.
В этой обстановке Нострадамус собрался в какое-то опасное путешествие. Вернувшись из Авиньона, он составил 18 марта нотариальный акт, согласно которому в случае, если он не вернется, нотариус Жозеф Роше должен был собрать воедино пергамент, который астролог разрезал на три части, отдав их нотариусу, жене Анне и своему брату Жану. Если три куска совпадут, жена получит наследство, спрятанное в надежном месте — очевидно, это место и сумма наследства были названы в запечатанном письме, врученном мэтру Роше. Куда собирался Нострадамус, осталось тайной — есть версия, по которой это было связано с секретным заданием королевы Екатерины, с которой астролог продолжал переписку (ни одно из этих писем не сохранилось). Несомненно, королева делала все, чтобы сохранить власть за своими сыновьями; вполне возможно, что она привлекала Нострадамуса к выполнению этой задачи, поручив ему, например, наладить связь между вождями католиков и протестантов, манипулируя ими путем предсказаний. Впрочем, обо всем этом мы можем только гадать.
В апреле, когда пророк снова оказался в Салоне, король под влиянием Гизов сместил с поста губернатора Прованса графа де Танда, слишком лояльного к протестантам. Его заменили сыном, Оноре Савойским, который был ярым католиком; как нередко бывает в гражданских войнах, вскоре сын и отец начали друг с другом вооруженную борьбу. Воспрянувшие после отстранения де Танда католики изгнали из Экса Антуана Марка и впустили обратно Флассана, который отметил возвращение новым избиением гугенотов. В мае еще более жестокие протестантские погромы разразились в Тулузе. В ответ протестанты заняли Лион, где устроили расправу над католиками и разорили их храмы.
Столкновения охватили и Салон, откуда бежали многие протестанты. Нострадамус, однако, остался, о чем писал своему немецкому корреспонденту Лоренцу Тюббе: «Был назначен новый губернатор, и в течение четырех дней все сторонники религии были вынуждены уехать, в то время как паписты поднимали войска. Совсем недавно мы узнали, что христиане взяли Лион». Снова обращает на себя внимание то, что «сторонниками религии» и «христианами» он называет именно гугенотов, что характерно для лексикона протестантов, именовавших католиков «папистами» или «идолопоклонниками». «Что касается нового гороскопа, — продолжает он, — то мои секретари еще не смогли его переписать; если я его не высылаю, то только потому, что я пока не успел его окончательно отредактировать, в чем мне мешают религиозные войны… Заподозренные в принадлежности к христианской религии бежали; я остался один со своей семьей… по причине народного бешенства». По всей видимости, Тюббе, который тоже был протестантом, заказывал у Нострадамуса гороскоп для кого-то из немецких князей — сторонников Реформации. Но почему пророк, всегда такой осторожный, в этот раз не покинул Салон? Скорее всего, за услуги королева-мать выдала ему столь внушительную «охранную грамоту», что ни один католический фанатик не решился ее нарушить.
