На волне неуверенности в завтрашнем дне и нищенской зарплаты произошел массовый отток профессиональных сыщиков. Специалисты готовы были работать, но хотели получать зарплату, соответствующую вложенным в работу силам. Уходя в отставку, кадровые сотрудники заполняли вакансии охранных структур, которые возникали в бесчисленном множестве для оказания услуг по обеспечению безопасности в коммерческих и некоммерческих структурах. Владельцы и руководители предприятий отдавали предпочтение бывшим оперативным работникам. Зарплата в таких структурах порой многократно превышала должностной оклад по месту прежней службы.
Вместе с кадрами уходил, а порой и совсем утрачивался уникальный опыт, связанный с нюансами, тонкостями розыскной работы, в частности, по методике сбора доказательств для разоблачения преступников, по использованию разнообразных форм учета, которые всегда имел под рукой опытный оперативник, но самое главное — были утрачены оперативные позиции в криминальной среде.
В 1990-е и начале 2000-х годов продолжалась реорганизация подразделений ГУВД и создание новых подразделений, которые были необходимы для новых реалий. На рубеже конца 1980-х — начала 1990-х годов XX века проблема защиты исторического и культурного наследия народов России от различного рода преступных посягательств, хищений, незаконных перепродаж и вывоза за пределы государства приобрела особую остроту. Анализ совершенных преступлений показывал, что они становились все более дерзкими, а в большинстве случаев имели тщательную подготовку и носили заказной характер. Все чаще действия преступников были сопряжены с насилием над личностью и разнообразием объектов преступного посягательства. Если в 1989 году в России было зарегистрировано 375 хищений антиквариата, то в 1993 году — 4796 преступлений. Если материальный ущерб от преступных посягательств в 1995 году (только по официальным цифрам) составил около 10 миллиардов рублей, то в 1996 году он превысил уже 155 миллиардов, а с позиции утраты национального и культурного наследия ущерб был просто невосполним.
Постановлением Правительства РФ № 266 1992 года и последующим приказом МВД РФ № 49 от 5 февраля 1993 года было принято решение о создании в системе министерства специализированных подразделений уголовного розыска по борьбе с хищениями культурных и исторических ценностей. 8 апреля 1993 года приказом № 118 начальника ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области генерал-майора внутренней службы Аркадия Крамарева в Управлении уголовного розыска службы криминальной милиции был создан отдел по борьбе с хищениями культурных ценностей на территории города и области.
За пятнадцать лет своего существования вначале 12 отдел, а в настоящее время 9 («антикварный») отдел УУР КМ ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области занимает ведущие позиции среди специализированных подразделений в системе МВД Российской Федерации по борьбе с хищениями культурных ценностей из Государственного Русского музея, Российской национальной библиотеки, Российского этнографического музея, Кунсткамеры, Академии художеств, Военно-исторического музея, Государственного музея истории Санкт-Петербурга, Государственного Эрмитажа, из храмов и частных коллекций. За преданность делу служения России по сохранению культурных и исторических ценностей многие сотрудники отдела были награждены государственными наградами, наградами Русской православной церкви и общественных организаций.
С 5 апреля 1993 года при ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области функционирует Бюро регистрации несчастных случаев, которое является самостоятельным структурным подразделением и подчиняется начальнику криминальной милиции ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области.
В 1990-х годах оперативные подразделения ГУВД вплотную столкнулись с такими дерзкими преступлениями, как заказные убийства, всегда имеющими общественный резонанс. В связи с переделом государственной и частной собственности, разборками по поводу сфер влияния между организованными преступными группировками пик убийств по найму пришелся на 1997 год. Причем из 53 совершенных таких убийств ни одно не было раскрыто. В 1998 году было совершено 38 убийств, имеющих признаки заказа, раскрыто всего лишь 3.
На столь негативную тенденцию не отреагировать было просто нельзя. По инициативе начальника УУР А. А. Смирнова приказом № 175 от 22 марта 1999 года начальника ГУВД генерал-лейтенанта милиции Виктора Власова в структуре Управления уголовного розыска был создан специализированный отдел по раскрытию заказных убийств со штатом 23 сотрудника.
Результат не замедлил сказаться. Уже в 1999 году сотрудники отдела раскрыли 21 заказное убийство (10 — текущего года и 11 прошлых лет). Всего за период с 1999 года и по настоящее время раскрыто 125 убийств по найму и приготовлений к ним.
В августе 1999 года сменила свой адрес специальная средняя школа милиции МВД России. Из Стрельны она переехала в Петродворец, передав Троице-Сергиевской пустыни Санкт-Петербургской епархии здания и сооружения, которые занимала с мая 1954 года.
8 мая 1998 года по инициативе личного состава школы заложен мемориальный камень в память о курсантах и выпускниках школы, погибших при исполнении служебного долга. На гранитной плите золотом высечены фамилии курсантов М. Г. Бороздина и Д. В. Жаткина, старшего лейтенанта милиции О. А. Хаертдинова, майора милиции А. А. Чумаченко. В настоящее время Санкт-Петербургская специальная средняя школа милиции МВД России готовит сотрудников милиции со средним юридическим образованием, оперуполномоченных уголовного розыска и участковых уполномоченных. За годы своего существования школа прошла большой и плодотворный путь, традиционно занимая одно из ведущих мест среди специальных учебных заведений МВД. Тысячи питомцев служили и служат Родине во всех регионах России, отличаясь высоким уровнем профессиональной подготовки, преданностью милицейским традициям и служебному долгу. Тридцать выпускников удостоены высокого звания генералов.
В 2000 году созданы и образованы в ЭКУ — межрайонный отдел милиции при ГУВД по химическому исследованию наркотических веществ, изымаемых из незаконного оборота, и межрайонный отдел по технико-криминалистическому обеспечению оперативных следственных действий; Управление специальной службы милиции при ГУВД — 10 отдел (по борьбе с преступными этническими группами и сообществами).
В период 1994–2000 годов прошли специальную подготовку и были направлены в составе сводных отрядов для выполнения служебно-боевых задач на территории Северо-Кавказского региона более 4 тысяч сотрудников питерской милиции, в том числе из подразделений уголовного розыска. Руководство МВД России и командование Группы управления объединенной группировки войск на территории Северо-Кавказского региона от МВД РФ в своих письмах на имя представителя Президента России в Северо-Западном регионе, губернаторов Санкт-Петербурга и Ленинградской области, руководства ГУВД неоднократно отмечало умелые и решительные действия сотрудников милиции региона.
За образцовое выполнение служебного долга в условиях, сопряженных с риском для жизни, государственными наградами награждены: орденом Мужества — 122 человека, медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» — 163, медалью «За отвагу» — 324, медалью «За отличие в охране общественного порядка» — 376, нагрудными знаками «Ветеран боевых действий на Кавказе», «За службу России», «За службу на Кавказе», «За образцовое выполнение долга», «За отличную службу в МВД РФ», «За верность долгу», «За доблесть в службе» и другими — более 2 тысяч человек.
